mussa_class.hh

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //                        ----------------------------------------
  12 //                          ---------- mussa_class.hh -----------
  13 //                        ----------------------------------------
  14
  15 #include "mussa_nway.hh"
  16 #include "time.h"
  17
  18 string int_to_str(int an_int);
  19
  20
  21 class Mussa
  22 {
  23   friend class MussaOverlord;
  24   friend class ConnWindow;
  25
  26   private:
  27     // Private variables
  28     // parameters needed for a mussa analysis
  29     string ana_name, file_path_base;
  30     int seq_num, window, threshold, soft_thres;
  31     char ana_mode;
  32     double ent_thres;
  33     list<string> seq_files, annot_files;
  34     list<int> fasta_indices, sub_seq_starts, sub_seq_ends;
  35     bool win_override, thres_override;
  36     bool win_append, thres_append;
  37
  38     // sequence data
  39     vector<Sequence> the_Seqs;
  40     // the seqcomp data
  41     vector<vector<FLPs> > all_comps;
  42     // N-way data, ie the mussa results
  43     Nway_Paths the_paths;
  44
  45
  46     // Private methods
  47     string get_Seqs();
  48     void seqcomp();
  49     void nway();
  50
  51
  52   public:
  53     Mussa();
  54
  55     // parameters need to be set before calling this
  56     // w & t are for command line override functionality, set to 0 to ignore
  57     string analyze(int w, int t, char ana_mode, double ent_thres);
  58     void save();
  59     void save_muway(string save_path);
  60     string load(string ana_file);
  61
  62     // clear parameters and initialize data lists
  63     void clear();
  64
  65     // set parameters from a file - 'mupa' ~ mussa parameters
  66     string load_mupa_file(string para_file_path);
  67
  68     // set parameters individually (eg from user input into gui classes)
  69     void set_name(string a_name);
  70     void set_seq_num(int a_num);
  71     void set_window(int a_window);
  72     void set_threshold(int a_threshold);
  73     void set_soft_thres(int sft_thres);
  74     void set_ana_mode(char new_ana_mode);
  75    // sets an individual sequence to a string (no ATCGN checking atm)
  76     void add_a_seq(string a_seq);
  77     // sets info to load a seq and annotations from a fasta file
  78     void set_seq_info(string seq_file, string annot_file, int fa_i, int a_start,                      int the_end);
  79
  80     // deprecated - support bridge for python version of mussa
  81     // these save & load from the old file format
  82     void save_old();
  83     void load_old(char * load_file_path, int s_num);
  84 };
  85