mussa_gui_conn.cc

   1 #include "mussa_gui_conn.hh"
   2
   3
   4
   5 void
   6 ConnView::setup(string name, int sq_num, int win_len,
   7                 vector<Sequence> *some_seqs,
   8                 Nway_Paths *some_paths)
   9 {
  10   int i;
  11   Sequence a_seq;
  12
  13   ana_name = name;
  14   seq_num = sq_num;
  15   window = win_len;
  16   S = some_seqs;
  17   P = some_paths;
  18
  19   for(i = 0; i < seq_num; ++i)
  20   {
  21     a_seq = (*S)[i];
  22     seq_lens.push_back(a_seq.len());
  23   }
  24
  25   x_scale_factor = (float) seq_lens[0] / x_max;
  26   cout << "scale factor is " << x_scale_factor << endl;
  27   y_seq_incre = (y_max-20) / (seq_num - 1);
  28
  29   dragging = false;
  30   selected = false;
  31
  32   highlight.clear();
  33 }
  34
  35
  36 void
  37 ConnView::scale_paths()
  38 {
  39   vector<int> a_path;
  40   list<vector<int> >::iterator pathz_i;
  41   int i2;
  42
  43
  44   scaled_pathz.clear();
  45
  46   for(pathz_i = P->refined_pathz.begin(); pathz_i != P->refined_pathz.end(); ++pathz_i)
  47   {
  48     a_path = *pathz_i;
  49     for(i2 = 0; i2 <= seq_num; i2++)
  50       a_path[i2] = (int) (a_path[i2] / x_scale_factor);
  51     scaled_pathz.push_back(a_path);
  52   }
  53 }
  54
  55
  56
  57
  58 void
  59 ConnView::draw()
  60 {
  61   list<vector<int> >::iterator i;
  62   int i2, i3, y_loc, x_loc, x_start, x_end;
  63   vector<int> a_path;
  64   list<annot>::iterator annot_i;
  65   int window_size;
  66   bool rc_color;
  67   int path_start, path_end;
  68   list<bool>::iterator highlight_i;
  69
  70
  71   // clear drawing area and set background to white
  72   fl_color(FL_WHITE);
  73   fl_rectf(x(), y(), w(), h());
  74
  75   // determine which paths to highlight
  76   highlight.clear();
  77   for(i = scaled_pathz.begin(); i != scaled_pathz.end(); ++i)
  78   {
  79     a_path = *i;
  80     // determine if path falls within the selected region and mark it for
  81     // highlighted color
  82     path_start = abs(a_path[1]);
  83     path_end = path_start + a_path[0];
  84     if ( ( (path_start >= drag_start) && (path_end <= drag_end) ) ||
  85          ( (path_start < drag_start) && (path_end > drag_end) ) ||
  86          ( (path_start < drag_start) && (path_end > drag_start) ) ||
  87          ( (path_start < drag_end) && (path_end > drag_end) )          )
  88       highlight.push_back(true);
  89     else
  90       highlight.push_back(false);
  91   }
  92
  93   fl_line_style(FL_SOLID, 1, NULL);
  94   // draw non-highlight paths (ie not in the selection box)
  95   highlight_i = highlight.begin();
  96   for(i = scaled_pathz.begin(); i != scaled_pathz.end(); ++i)
  97   {
  98     a_path = *i;
  99     y_loc = 10;
 100
 101     // get window size to determine line width
 102     window_size = a_path[0];
 103     // make sure width is at least 1  - might be zero to my slack rounding
 104     if (window_size == 0)
 105       window_size = 1;
 106
 107     if (!(*highlight_i))
 108       for(i2 = seq_num; i2 > 1; i2--)
 109       {
 110         // RC case handling
 111         // ugh, an xor...only want blue if one of the nodes is rc
 112         if ( ((a_path[i2] < 0) || (a_path[i2-1] < 0)) &&
 113              !((a_path[i2] < 0) && (a_path[i2-1] < 0)) )
 114           fl_color(FL_CYAN);
 115         else
 116           fl_color(FL_MAGENTA);
 117
 118         fl_polygon((int)abs(a_path[i2]), y_loc + 3,
 119                    (int)abs(a_path[i2])+window_size, y_loc + 3,
 120                    (int)abs(a_path[i2-1])+window_size, y_loc + y_seq_incre - 3,
 121                    (int)abs(a_path[i2-1]), y_loc + y_seq_incre - 3);
 122
 123         y_loc += y_seq_incre;
 124       }
 125     ++highlight_i;
 126   }
 127
 128   // draw highlighted paths (ie in or partially in selection)
 129   // drawing these separately and after other paths so they are on top
 130   highlight_i = highlight.begin();
 131   for(i = scaled_pathz.begin(); i != scaled_pathz.end(); ++i)
 132   {
 133     a_path = *i;
 134     y_loc = 10;
 135
 136     // get window size to determine line width
 137     window_size = a_path[0];
 138     // make sure width is at least 1  - might be zero to my slack rounding
 139     if (window_size == 0)
 140       window_size = 1;
 141
 142     if (*highlight_i)
 143       for(i2 = seq_num; i2 > 1; i2--)
 144       {
 145         // RC case handling
 146         // ugh, an xor...only want blue if one of the nodes is rc
 147         if ( ((a_path[i2] < 0) || (a_path[i2-1] < 0)) &&
 148              !((a_path[i2] < 0) && (a_path[i2-1] < 0)) )
 149           fl_color(FL_BLUE);
 150         else
 151           fl_color(FL_RED);
 152
 153         fl_polygon((int)abs(a_path[i2]), y_loc + 3,
 154                    (int)abs(a_path[i2])+window_size, y_loc + 3,
 155                    (int)abs(a_path[i2-1])+window_size, y_loc + y_seq_incre - 3,
 156                    (int)abs(a_path[i2-1]), y_loc + y_seq_incre - 3);
 157
 158         y_loc += y_seq_incre;
 159       }
 160     ++highlight_i;
 161   }
 162
 163   // draw sequence representation lines
 164   fl_color(FL_BLACK);
 165   fl_line_style(FL_SOLID, 3, NULL);
 166   y_loc = 10;
 167   for(i2 = seq_num - 1; i2 >= 0; i2--)
 168   {
 169     x_loc = (int)(seq_lens[i2] / x_scale_factor);
 170     fl_line(0,y_loc,x_loc,y_loc);
 171     y_loc += y_seq_incre;
 172   }
 173
 174   // draw annotations
 175   fl_color(FL_GREEN);
 176   fl_line_style(FL_SOLID, 9, NULL);
 177   y_loc = 10;
 178   for(i2 = seq_num - 1; i2 >= 0; i2--)
 179   {
 180     for(annot_i = (*S)[i2].annots.begin(); annot_i != (*S)[i2].annots.end(); ++annot_i)
 181     {
 182       x_start = (int)(annot_i->start / x_scale_factor);
 183       x_end = (int)(annot_i->end / x_scale_factor);
 184       fl_line(x_start,y_loc,x_end,y_loc);
 185     }
 186     y_loc += y_seq_incre;
 187   }
 188
 189   // draw selection box
 190   if (selected)
 191   {
 192     fl_color(FL_BLACK);
 193     fl_line_style(FL_SOLID, 2, NULL);
 194     fl_rect(drag_start, y_loc - y_seq_incre-8, drag_end-drag_start, 16);
 195   }
 196 }
 197
 198
 199
 200 int
 201 ConnView::handle(int e)
 202 {
 203   int return_value;
 204
 205   switch(e)
 206   {
 207   case FL_PUSH:
 208     if (Fl::event_button3())
 209     {
 210       spawnSeq();
 211       return_value = 1;
 212     }
 213     break;
 214   case FL_DRAG:
 215     if (!dragging)
 216     {
 217       drag_start = Fl::event_x() -x();
 218       dragging = true;
 219       selected = false;
 220       return_value = 1;
 221     }
 222     fl_color(FL_CYAN);
 223     fl_line_style(FL_SOLID, 1, NULL);
 224     fl_overlay_rect(drag_start, y_seq_incre*(seq_num-1), Fl::event_x()-drag_start, 16);
 225
 226     break;
 227   case FL_RELEASE:
 228     if (dragging)
 229     {
 230       drag_end = Fl::event_x() - x();
 231       dragging = false;
 232       selected = true;
 233       redraw();
 234       return_value = 1;
 235     }
 236     break;
 237   default:
 238     return_value = Fl_Widget::handle(e);
 239   }
 240
 241   return return_value;
 242 }
 243
 244
 245 void
 246 ConnView::spawnSeq()
 247 {
 248   list<vector<int> > selected_paths;
 249   list<vector<int> >::iterator pathz_i;
 250   int i2, i3, y_loc, x_loc, x_start, x_end;
 251   vector<int> a_path;
 252   list<bool>::iterator highlight_i;
 253
 254   // make new list of connections that are highlighted
 255   selected_paths.clear();
 256   highlight_i = highlight.begin();
 257   for(pathz_i = P->refined_pathz.begin(); pathz_i != P->refined_pathz.end(); ++pathz_i)
 258   {
 259     if (*highlight_i)
 260     {
 261       a_path = *pathz_i;
 262       selected_paths.push_back(a_path);
 263       //cout << "bing ";
 264     }
 265     /*
 266     else
 267       cout << "bang ";
 268     */
 269     ++highlight_i;
 270   }
 271
 272   //cout << endl;
 273
 274   Fl_Window *seq_window = new Fl_Window(x_max, y_max, "Mussa Sequence");
 275
 276
 277   SeqView *seq_box = new SeqView(0, 0, x_max, y_max);
 278   seq_box->setup(ana_name, seq_num, S, selected_paths, seq_lens);
 279   seq_box->debug_draw();
 280
 281   seq_window->end();
 282   seq_window->show();
 283 }
 284
 285