mussa_gui_conn_view.hh

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "mussa_gui_subana.hh"
  12
  13 #include <sstream>
  14
  15 class ConnView : public Fl_Box
  16 {
  17   public:
  18     ConnView(int x_top,int y_top,int x_bot,int y_bot) :
  19       Fl_Box(x_top,y_top,x_bot,y_bot)
  20     {}
  21
  22     void setup(string name, int sq_num, int win_len,
  23                vector<Sequence> *, Nway_Paths *);
  24     void scale_paths();
  25
  26     void spawnSeq();
  27     void find_motifs();
  28     void annot_win();
  29
  30     void toggle_bars();
  31     void set_bar_interval(int new_bar_len);
  32     void toggle_lines();
  33     void set_line_interval(int new_line_len);
  34
  35
  36   private:
  37     string ana_name;
  38     int seq_num, window, threshold;
  39     bool win_append, thres_append;
  40
  41   //this data is passed as pointers to the instantiated classes
  42     vector<Sequence> *S;
  43     Nway_Paths *P;
  44
  45     int name_pad, y_pad;
  46     float x_scale_factor;
  47     int y_seq_incre;
  48     int drag_start, drag_end;
  49     float y_drag_start;
  50     int ref_seq_num, max_seq_len;
  51     bool dragging, selected;
  52     list<bool> highlight;
  53
  54   //path data scaled for current view size
  55     list<vector<int> > scaled_pathz;
  56     vector<int> seq_lens;
  57     vector<int> seq_scales;
  58     int bar_interval, line_interval;
  59     bool show_bars, show_lines;
  60
  61   //keeps track of all the motifs the user has inputed
  62     vector<motif> some_motifs;
  63     MotifWindow *motif_find_window;
  64
  65   //keeps track of the colors assigned to each motif type
  66     vector<annot_color> some_annots;
  67     AnnotWindow *annot_color_window;
  68
  69     SeqWindow *a_seq_win;
  70
  71     void draw();
  72     void draw_paths();
  73     void draw_sequence_stuff();
  74
  75     void resize(int x, int y, int w, int h);
  76     int handle(int e);
  77     void check_new_motifs();
  78
  79   //for drawing function debugging
  80     void reporter(string var, int value);
  81     void report_float(string var, float value);
  82 };