mussa_gui_conn_window.cc

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "mussa_gui_conn_window.hh"
  12
  13
  14 void
  15 load_ana_cb(Fl_Button* o, void* v)
  16 {
  17   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
  18   T->real_load_ana_cb();
  19 }
  20
  21
  22 void
  23 ConnWindow::real_load_ana_cb()
  24 {
  25   char *picked_file;
  26   string a_file_path;
  27   string err_msg;
  28
  29   cout << "Load!  Load!  Load, ye yellow-bellied seadogs!\n";
  30   //picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
  31   picked_file = fl_dir_chooser("Find an Analysis", "", 1);
  32   if (picked_file != NULL)
  33   {
  34     a_file_path = picked_file;
  35     cout << "doo wah diddy diddy dum diddy doo\n";
  36     cout << a_file_path << endl;
  37
  38     // load the analysis
  39     an_analysis = new Mussa();
  40     err_msg = an_analysis->load(a_file_path);
  41     //.substr(0,a_file_path.find(".mu")));
  42
  43     if (err_msg == "")
  44     {
  45       // relabel window with the analysis name
  46       window_name = "Mussa: " + an_analysis->ana_name;
  47       label((const char*)window_name.c_str());
  48       // show the user the analysis
  49       conn_box->setup(an_analysis->ana_name, an_analysis->seq_num,
  50                       an_analysis->window, &(an_analysis->the_Seqs),
  51                       &(an_analysis->the_paths));
  52       conn_box->scale_paths();
  53     }
  54     else
  55     {
  56       fl_alert(err_msg.c_str());
  57       cout << err_msg << endl;
  58     }
  59   }
  60 }
  61
  62
  63 void
  64 do_ana_cb(Fl_Button* o, void* v)
  65 {
  66   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
  67   T->real_do_ana_cb();
  68 }
  69
  70
  71 void
  72 ConnWindow::real_do_ana_cb()
  73 {
  74   char *picked_file;
  75   string a_file_path;
  76   string err_msg;
  77
  78   picked_file = fl_file_chooser("Analysis Config File", "", "", 1);
  79   if (picked_file != NULL)
  80   {
  81     a_file_path = picked_file;
  82
  83     an_analysis = new Mussa();
  84     err_msg = an_analysis->load_mupa_file(a_file_path);
  85
  86     if (err_msg == "")
  87     {
  88       err_msg = an_analysis->analyze(0, 0, 't', 0.0);
  89     }
  90
  91     if (err_msg == "")
  92     {
  93       // relabel window with the analysis name
  94       window_name = "Mussa: " + an_analysis->ana_name;
  95       label((const char*)window_name.c_str());
  96       // show the user the analysis
  97       conn_box->setup(an_analysis->ana_name, an_analysis->seq_num,
  98                       an_analysis->window, &(an_analysis->the_Seqs),
  99                       &(an_analysis->the_paths));
 100       conn_box->scale_paths();
 101     }
 102     else
 103     {
 104       fl_alert(err_msg.c_str());
 105       cout << err_msg;
 106     }
 107   }
 108 }
 109
 110
 111 void
 112 setup_ana_cb(Fl_Button* o, void* v)
 113 {
 114   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 115   T->real_setup_ana_cb();
 116 }
 117
 118 void
 119 ConnWindow::real_setup_ana_cb()
 120 {
 121   an_analysis = new Mussa();
 122   setup_win = new SetupWindow(650,700,"Analysis Setup", an_analysis);
 123
 124   while(setup_win->visible())
 125     Fl::wait(.1);
 126   cout << "Like a warm summer day\n";
 127
 128   if (setup_win->done())
 129   {
 130     // relabel window with the analysis name
 131     window_name = "Mussa: " + an_analysis->ana_name;
 132     label((const char*)window_name.c_str());
 133     // is it this easy?  what if setup window encounters an error...??
 134     conn_box->setup(an_analysis->ana_name, an_analysis->seq_num,
 135                     an_analysis->window, &(an_analysis->the_Seqs),
 136                     &(an_analysis->the_paths));
 137
 138     conn_box->scale_paths();
 139   }
 140 }
 141
 142
 143 void
 144 subana_cb(Fl_Button* o, void* v)
 145 {
 146   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 147   T->real_subana_cb();
 148 }
 149
 150 void
 151 ConnWindow::real_subana_cb()
 152 {
 153   string subana_name;
 154
 155   sub_analysis = new Mussa();
 156   subana_win = new SubanaWindow(500,400,"Sub Analysis Setup", sub_analysis,
 157                                 an_analysis->the_Seqs);
 158
 159   while(subana_win->visible())
 160     Fl::wait(.1);
 161   cout << "Like a warm summer day\n";
 162
 163   if (subana_win->done())
 164   {
 165     subana_name = "SubMussa: " + sub_analysis->ana_name;
 166     sub_conn_win = new ConnWindow(w(), h(), (const char*) subana_name.c_str());
 167     cout << "Like a warm day in may\n";
 168     sub_conn_win->add_ana(sub_analysis);
 169     //Fl::visual(FL_DOUBLE|FL_INDEX);
 170     //sub_conn_box->show();
 171   }
 172 }
 173
 174
 175 void
 176 seq_show_cb(Fl_Button* o, void* v)
 177 {
 178   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 179   T->real_seq_show_cb();
 180 }
 181
 182 void
 183 ConnWindow::real_seq_show_cb()
 184 {
 185   show_seq_win = new SeqTextWin(500,400,"Seq Show", an_analysis->the_Seqs);
 186 }
 187
 188 void
 189 seq_win_spawn_cb(Fl_Button* o, void* v)
 190 {
 191   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 192   T->real_seq_win_spawn_cb();
 193 }
 194
 195 void
 196 ConnWindow::real_seq_win_spawn_cb()
 197 {
 198   conn_box->spawnSeq();
 199 }
 200
 201 void
 202 motif_find_cb(Fl_Button* o, void* v)
 203 {
 204   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 205   T->real_motif_find_cb();
 206 }
 207
 208 void
 209 ConnWindow::real_motif_find_cb()
 210 {
 211   conn_box->find_motifs();
 212 }
 213
 214 void
 215 annot_win_cb(Fl_Button* o, void* v)
 216 {
 217   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 218   T->real_annot_win_cb();
 219 }
 220
 221 void
 222 ConnWindow::real_annot_win_cb()
 223 {
 224   conn_box->annot_win();
 225 }
 226
 227
 228 // all the crap needed for dealing with the scale bars
 229 void
 230 toggle_scale_bars_cb(Fl_Button* o, void* v)
 231 {
 232   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 233   T->real_toggle_bars_cb();
 234 }
 235
 236 void
 237 ConnWindow::real_toggle_bars_cb()
 238 {
 239   conn_box->toggle_bars();
 240 }
 241
 242 void
 243 set_bar_len_cb(Fl_Input* o, void* v)
 244 {
 245   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 246   cout << "WAAAAAAAAA\n";
 247   T->real_set_bar_len_cb(o);
 248 }
 249
 250 void
 251 ConnWindow::real_set_bar_len_cb(Fl_Input* o)
 252 {
 253   int new_bar_len;
 254
 255   new_bar_len = atoi(o->value());
 256   cout << "new bar len = " << new_bar_len << endl;
 257   conn_box->set_bar_interval(new_bar_len);
 258 }
 259
 260
 261 // all the crap needed for dealing with the scale lines
 262 void
 263 toggle_scale_lines_cb(Fl_Button* o, void* v)
 264 {
 265   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 266   T->real_toggle_lines_cb();
 267 }
 268
 269 void
 270 ConnWindow::real_toggle_lines_cb()
 271 {
 272   conn_box->toggle_lines();
 273 }
 274
 275 void
 276 set_line_len_cb(Fl_Input* o, void* v)
 277 {
 278   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 279   cout << "WAAAAAAAAA\n";
 280   T->real_set_line_len_cb(o);
 281 }
 282
 283 void
 284 ConnWindow::real_set_line_len_cb(Fl_Input* o)
 285 {
 286   int new_line_len;
 287
 288   new_line_len = atoi(o->value());
 289   cout << "new line len = " << new_line_len << endl;
 290   conn_box->set_line_interval(new_line_len);
 291 }
 292
 293
 294 // setting new soft threshold
 295
 296 void
 297 set_soft_thres_cb(Fl_Input* o, void* v)
 298 {
 299   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 300   cout << "WAAAAAAAAA\n";
 301   T->real_set_soft_thres_cb(o);
 302 }
 303
 304 void
 305 ConnWindow::real_set_soft_thres_cb(Fl_Input* o)
 306 {
 307   int new_soft_thres;
 308
 309   new_soft_thres = atoi(o->value());
 310   cout << "new soft thres = " << new_soft_thres << endl;
 311
 312   an_analysis->set_soft_thres(new_soft_thres);
 313   an_analysis->set_ana_mode('t');
 314   an_analysis->nway();
 315   conn_box->scale_paths();
 316   conn_box->redraw();
 317
 318   // hacked in stuff to save muway files at different thresholds
 319   string save_path;
 320   ostringstream append_info;
 321
 322   save_path = an_analysis->ana_name + "/"
 323     + an_analysis->ana_name.substr(0,an_analysis->ana_name.find("_t"));
 324   append_info.str("");
 325   append_info << "_t" << new_soft_thres << ".muway";
 326   //<<  "_w" << an_analysis->window
 327   save_path += append_info.str();
 328   cout << "saving as: " << save_path << endl;
 329   an_analysis->save_muway(save_path);
 330 }
 331
 332
 333
 334
 335 ConnWindow::ConnWindow(int w, int h, const char* title):
 336   Fl_Double_Window(w,h,title)
 337 {
 338   int button_len = 120;
 339   Fl_Color a_color = fl_rgb_color(150, 200, 255);
 340
 341   padding = 5;
 342
 343   begin();
 344   //fl_color(150,200,255);
 345   color(FL_WHITE);
 346   resizable(this);
 347
 348
 349   // create file menu button
 350   file_menu = new Fl_Menu_Button(padding, 2, button_len, 30, "Analysis");
 351   file_menu->color(FL_WHITE,a_color);
 352   file_menu->box(FL_BORDER_BOX);
 353   file_menu->clear();
 354
 355   // add menu items
 356   file_menu->add("Do Analysis", 0, (Fl_Callback *) do_ana_cb, this);
 357   file_menu->add("Load Analysis", 0, (Fl_Callback *) load_ana_cb, this);
 358   file_menu->add("Setup Analysis", 0, (Fl_Callback *) setup_ana_cb, this);
 359   file_menu->add("Sub Analysis", 0, (Fl_Callback *) subana_cb, this);
 360
 361
 362   view_menu = new Fl_Menu_Button(padding+button_len,2, button_len, 30, "View");
 363   view_menu->color(FL_WHITE,a_color);
 364   view_menu->box(FL_BORDER_BOX);
 365   view_menu->clear();
 366   view_menu->add("Sequence Zoom", 0, (Fl_Callback*) seq_win_spawn_cb, this);
 367   view_menu->add("Motif Finder", 0, (Fl_Callback*) motif_find_cb, this);
 368   view_menu->add("Annotations", 0, (Fl_Callback*) annot_win_cb, this);
 369   view_menu->add("Copy Seq", 0, (Fl_Callback*) seq_show_cb, this);
 370   view_menu->add("Toggle Bars", 0, (Fl_Callback*) toggle_scale_bars_cb, this,
 371                  FL_MENU_TOGGLE|FL_MENU_VALUE);
 372   view_menu->add("Toggle Lines", 0, (Fl_Callback*) toggle_scale_lines_cb, this,
 373                  FL_MENU_TOGGLE|FL_MENU_VALUE);
 374
 375   bar_input = new Fl_Input(padding+3*button_len, 2, button_len, 30, "Bar Length (bp)");
 376   bar_input->value("");
 377   bar_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 378   bar_input->callback((Fl_Callback*)set_bar_len_cb, this);
 379
 380   line_input = new Fl_Input(padding+5*button_len, 2, button_len, 30, "Line Interval (bp)");
 381   line_input->value("");
 382   line_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 383   line_input->callback((Fl_Callback*)set_line_len_cb, this);
 384
 385
 386   thres_input = new Fl_Input(padding+7*button_len, 2, button_len, 30, "Threshold");
 387   thres_input->value("");
 388   thres_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 389   thres_input->callback((Fl_Callback*)set_soft_thres_cb, this);
 390
 391
 392   // create the connections box
 393   conn_box = new ConnView(padding, padding + 30, w-2*padding, h-2*padding-30);
 394   //conn_box = new ConnView(padding, padding, w-2*padding, h-2*padding);
 395
 396   end();
 397   show();
 398 }
 399
 400
 401 ConnWindow::~ConnWindow()
 402 {}
 403
 404
 405 void
 406 ConnWindow::add_ana(Mussa *the_ana)
 407 {
 408   an_analysis = the_ana;
 409
 410   // relabel window with the analysis name
 411   window_name = "Mussa: " + an_analysis->ana_name;
 412   label((const char*)window_name.c_str());
 413
 414   conn_box->setup(an_analysis->ana_name, an_analysis->seq_num,
 415                   an_analysis->window, &(an_analysis->the_Seqs),
 416                   &(an_analysis->the_paths));
 417   conn_box->scale_paths();
 418 }