mussa_gui_load_window.cc

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "mussa_gui_load_window.hh"
  12
  13 bool
  14 SetupWindow::done()
  15 {
  16   return all_done;
  17 }
  18
  19
  20 void
  21 do_analysis_cb(Fl_Button* o, void* v)
  22 {
  23   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
  24   T->real_do_analysis();
  25 }
  26
  27
  28 // passes the parameters to the mussa class object and orders it to run
  29 void
  30 SetupWindow::real_do_analysis()
  31 {
  32   int i;
  33   string err_msg;
  34
  35   // <-- need a check here to make sure all vars have a valid value
  36
  37   an_analysis->clear();
  38   an_analysis->set_name(ana_name);
  39   an_analysis->set_seq_num(seq_num);
  40   an_analysis->set_window(window);
  41   an_analysis->set_threshold(threshold);
  42
  43   for(i=0; i < seq_num; i++)
  44     an_analysis->set_seq_info(seq_files[i], annot_files[i], fasta_indices[i],
  45                               sub_seq_starts[i], sub_seq_ends[i]);
  46
  47   err_msg = an_analysis->analyze(0,0, 't', 0.0);
  48   //cout << "Feel the tribal beat\n";
  49   if (!(err_msg == ""))
  50   {
  51     //fl_alert(err_msg.c_str());
  52     cout << err_msg;
  53   }
  54
  55   all_done = true;
  56
  57   hide();
  58 }
  59
  60
  61 void
  62 choose_seq_file_cb(Fl_Button* o, void* v)
  63 {
  64   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
  65   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
  66   T->real_choose_seq_file_cb(blah->index);
  67 }
  68
  69
  70 void
  71 SetupWindow::real_choose_seq_file_cb(int i)
  72 {
  73   char *picked_file;
  74   string a_file_path;
  75
  76   picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
  77   a_file_path = picked_file;
  78   seq_files[i] = a_file_path;
  79   seq_inputs[i]->value((const char *)picked_file);
  80 }
  81
  82
  83 void
  84 seq_file_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
  85 {
  86   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
  87   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
  88   T->real_seq_file_in_cb(o,blah->index);
  89 }
  90
  91
  92 void
  93 SetupWindow::real_seq_file_in_cb(Fl_Input* o, int i)
  94 {
  95   seq_files[i] = o->value();
  96   // leaving this as a reminder that bools will need to be set to determine
  97   // if all needed fields have been filled with some value before an analysis
  98   // is attempted
  99   //(*the_motifs)[i].dirty = true;
 100 }
 101
 102 //char *picked_file;
 103 //picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
 104
 105 // *** Annot file selection
 106
 107 void
 108 choose_annot_file_cb(Fl_Button* o, void* v)
 109 {
 110   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 111   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 112   T->real_choose_annot_file_cb(blah->index);
 113 }
 114
 115
 116 void
 117 SetupWindow::real_choose_annot_file_cb(int i)
 118 {
 119   char *picked_file;
 120   string a_file_path;
 121
 122   picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
 123   a_file_path = picked_file;
 124   annot_files[i] = a_file_path;
 125   annot_inputs[i]->value((const char *)picked_file);
 126 }
 127
 128 void
 129 annot_file_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 130 {
 131   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 132   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 133   T->real_annot_file_in_cb(o,blah->index);
 134 }
 135
 136 void
 137 SetupWindow::real_annot_file_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 138 {
 139   annot_files[i] = o->value();
 140 }
 141
 142
 143 // *** fasta index selection
 144
 145 void
 146 fa_index_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 147 {
 148   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 149   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 150   T->real_fa_index_in_cb(o,blah->index);
 151 }
 152
 153 void
 154 SetupWindow::real_fa_index_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 155 {
 156   fasta_indices[i] = atoi(o->value());
 157 }
 158
 159 // *** subsequence start select
 160
 161 void
 162 sub_start_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 163 {
 164   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 165   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 166   T->real_sub_start_in_cb(o,blah->index);
 167 }
 168
 169 void
 170 SetupWindow::real_sub_start_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 171 {
 172   sub_seq_starts[i] = atoi(o->value());
 173 }
 174
 175 // *** subsequence end select
 176
 177 void
 178 sub_end_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 179 {
 180   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 181   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 182   T->real_sub_end_in_cb(o,blah->index);
 183 }
 184
 185 void
 186 SetupWindow::real_sub_end_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 187 {
 188   sub_seq_ends[i] = atoi(o->value());
 189
 190 }
 191
 192 // *** input analysis name
 193
 194 void
 195 set_ana_name_cb(Fl_Input* o, void* v)
 196 {
 197   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 198   T->real_set_ana_name_cb(o);
 199 }
 200
 201 void
 202 SetupWindow::real_set_ana_name_cb(Fl_Input* o)
 203 {
 204   ana_name = o->value();
 205 }
 206
 207 // *** input window size
 208
 209 void
 210 set_win_size_cb(Fl_Input* o, void* v)
 211 {
 212   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 213   T->real_set_win_size_cb(o);
 214 }
 215
 216 void
 217 SetupWindow::real_set_win_size_cb(Fl_Input* o)
 218 {
 219   window = atoi(o->value());
 220 }
 221
 222 // *** input threshold
 223
 224 void
 225 set_threshold_cb(Fl_Input* o, void* v)
 226 {
 227   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 228   T->real_set_threshold_cb(o);
 229 }
 230
 231 void
 232 SetupWindow::real_set_threshold_cb(Fl_Input* o)
 233 {
 234   threshold = atoi(o->value());
 235 }
 236
 237 void
 238 set_seq_num_cb(Fl_Input* o, void* v)
 239 {
 240   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 241   T->real_set_seq_num_cb(o);
 242 }
 243
 244 // *** input number of sequences, add appropriate inputs for each sequence
 245
 246 void
 247 SetupWindow::real_set_seq_num_cb(Fl_Input* o)
 248 {
 249   int i;
 250
 251   seq_num = atoi(o->value());
 252   seq_inputs.clear();
 253   annot_inputs.clear();
 254
 255   seq_scroll = new Fl_Scroll(5,80,w()-10,h()-115);
 256   seq_scroll->color(FL_WHITE);
 257
 258   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 259   {
 260     seq_files.push_back("");
 261     annot_files.push_back("");
 262     fasta_indices.push_back(1);
 263     sub_seq_starts.push_back(0);
 264     sub_seq_ends.push_back(0);
 265     add_seq_input(i);
 266   }
 267   seq_scroll->box(FL_DOWN_FRAME);
 268   add(seq_scroll);
 269   redraw();
 270 }
 271
 272
 273 SetupWindow::SetupWindow(int w, int h, const char* title, Mussa *the_analysis):Fl_Window(w,h,title)
 274 {
 275   color(FL_WHITE);
 276
 277   an_analysis = the_analysis;
 278   all_done = false;
 279
 280   begin();
 281
 282   name_input = new Fl_Input(110, 10, w-120, 30, "Analysis Name ");
 283   name_input->value("");
 284   //name_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 285   name_input->box(FL_BORDER_BOX);
 286   name_input->callback((Fl_Callback*)set_ana_name_cb, this);
 287
 288   // add in radio buttons for win_append and thres_append eventually
 289   win_append = true;
 290   thres_append = true;
 291
 292   win_input = new Fl_Input(65,45,100,30, "Window ");
 293   win_input->value("");
 294   win_input->callback((Fl_Callback*)set_win_size_cb, this);
 295
 296   thres_input = new Fl_Input(250,45,100,30, "Threshold ");
 297   thres_input->value("");
 298   thres_input->callback((Fl_Callback*)set_threshold_cb, this);
 299
 300   seq_num_input = new Fl_Input(430,45,100, 30, "Seq Num ");
 301   seq_num_input->value("");
 302   seq_num_input->callback((Fl_Callback*)set_seq_num_cb, this);
 303
 304   // button to launch the analysis
 305   test = new Fl_Button(w-100,h-30,100,30,"Do Analysis");
 306   test->callback((Fl_Callback*)do_analysis_cb, this);
 307
 308   // test button to make sure setup data is being stored
 309   test = new Fl_Button(w-200,h-30,100,30,"show setup");
 310   test->callback((Fl_Callback*)print_cb, this);
 311
 312   // generic input, keeping around as template for future additions
 313   //_input = new Fl_Input(0, , 30, "");
 314   //_input->value("");
 315   //_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 316   //_input->callback((Fl_Callback*)set__cb, this);
 317
 318   end();
 319   //resizable(this);
 320   show();
 321 }
 322
 323
 324 SetupWindow::~SetupWindow(){}
 325
 326
 327 void
 328 SetupWindow::add_seq_input(int i)
 329 {
 330   Fl_Input *fasta_input, *start_input, *end_input;
 331   Fl_Button *seq_browse, *annot_browse;
 332
 333
 334   // this remembers what seq index each input is associated with
 335   seq_data_instance * something;
 336   something = new seq_data_instance;
 337   something->sw_ptr = this;
 338   something->index = i;
 339
 340
 341   // setup sequence file input for text input or file browsing
 342   seq_inputs.push_back(new Fl_Input(55, 85+(i*105), w()-165, 30, "seq "));
 343   seq_inputs[i]->value("");
 344   seq_inputs[i]->callback((Fl_Callback*)seq_file_in_cb, (void*) something);
 345
 346   seq_browse = new Fl_Button(w()-105, 85+(i*105), 80, 30, "Browse");
 347   seq_browse->callback((Fl_Callback*)choose_seq_file_cb, (void*) something);
 348
 349   // setup annotation file input for text input or file browsing
 350   annot_inputs.push_back(new Fl_Input(55, 120+(i*105), w()-165, 30, "annot "));
 351   annot_inputs[i]->value("");
 352   annot_inputs[i]->callback((Fl_Callback*)annot_file_in_cb,(void*)something);
 353
 354   annot_browse = new Fl_Button(w()-105, 120+(i*105), 80, 30, "Browse");
 355   annot_browse->callback((Fl_Callback*)choose_annot_file_cb, (void*)something);
 356
 357   // index of fasta seq wanted if more than 1 seq in file
 358   fasta_input = new Fl_Input(90, 155+(i*105), 50, 30, "fasta index");
 359   fasta_input->value("");
 360   fasta_input->callback((Fl_Callback*)fa_index_in_cb, (void*) something);
 361
 362   // subsequence select, index of first bp wanted
 363   start_input = new Fl_Input(225, 155+(i*105), 50, 30, "start index");
 364   start_input->value("");
 365   start_input->callback((Fl_Callback*)sub_start_in_cb, (void*) something);
 366
 367   // subsequence select, index of last bp wanted
 368   end_input = new Fl_Input(355, 155+(i*105), 50, 30, "end index");
 369   end_input->value("");
 370   end_input->callback((Fl_Callback*)sub_end_in_cb, (void*) something);
 371
 372   seq_scroll->add(seq_inputs[i]);
 373   seq_scroll->add(seq_browse);
 374   seq_scroll->add(annot_inputs[i]);
 375   seq_scroll->add(annot_browse);
 376   seq_scroll->add(fasta_input);
 377   seq_scroll->add(start_input);
 378   seq_scroll->add(end_input);
 379 }
 380
 381 /*
 382   cout << "fee\n";
 383   cout << "fie\n";
 384   cout << "foe\n";
 385   cout << "fum\n";
 386 */
 387
 388 void SetupWindow::print_cb(Fl_Button* o, void* v)
 389 {
 390   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 391   T->print_cb_real(o,v);
 392 }
 393
 394
 395 void SetupWindow::print_cb_real(Fl_Button* , void*)
 396 {
 397   cout << "ana_name: " << ana_name << endl;
 398   cout << "win: " << window << endl;
 399   cout << "thres: " << threshold << endl;
 400   cout << "seq_num: " << seq_num << endl;
 401   //cout << "win_add: " << win_append << end;
 402   //cout << "thres_add: " << thres_append << endl;
 403
 404   int i;
 405
 406
 407
 408   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 409   {
 410     cout << seq_files[i] << endl;
 411     cout << annot_files[i] << endl;
 412     cout << "fasta: " << fasta_indices[i];
 413     cout << " start: " << sub_seq_starts[i];
 414     cout << " end: " << sub_seq_ends[i] << endl;
 415     cout << "blargle!\n";
 416   }
 417   cout << "end of inputs\n" << endl;
 418 }