mussa_gui_seq.cc

   1 #include "mussa_gui_seq.hh"
   2
   3
   4 void
   5 SeqView::setup(string name, int sq_num,
   6                vector<Sequence> *some_seqs,
   7                list<vector<int> > some_paths, vector<int> some_lens)
   8 {
   9   ana_name = name;
  10   seq_num = sq_num;
  11   S = some_seqs;
  12   P = some_paths;
  13   seq_lens = some_lens;
  14
  15   y_seq_incre = (y_max-10) / (seq_num - 1);
  16
  17   fl_font(FL_COURIER, 14);
  18   cout << fl_width('A') << endl;
  19
  20   align_offsets(0);
  21 }
  22
  23
  24 void
  25 SeqView::draw()
  26 {
  27   int seq_i;
  28   Sequence a_seq;
  29   int i, y_loc;
  30   vector<int> a_path;
  31   list<vector<int> >::iterator pathz_i;
  32   int i2;
  33   int x_start, y_start, x_end, y_end;
  34   double ch_width;
  35   int window_length, win_i;
  36   int rc_1 = 0;
  37   int rc_2 = 0;
  38   string sub_seq;
  39   int offset1, offset2;
  40   float center1, center2;
  41
  42
  43   fl_font(FL_COURIER, 14);
  44   fl_color(FL_BLACK);
  45   //blatantly stolen from FR2
  46   ch_width = fl_width('A');     // monospaced: all characters are same width
  47
  48   y_loc = 10;
  49   for(seq_i = seq_num-1; seq_i >= 0; --seq_i)
  50   {
  51     sub_seq = (*S)[seq_i].seq();
  52     sub_seq = sub_seq.substr(seq_align_offsets[seq_i]);
  53     fl_draw(sub_seq.c_str(), 0+x(), y_loc+y());
  54     y_loc += y_seq_incre;
  55   }
  56
  57   fl_color(FL_RED);
  58   fl_line_style(FL_SOLID, 1, NULL);
  59
  60   for(pathz_i = P.begin(); pathz_i != P.end(); ++pathz_i)
  61   {
  62     a_path = *pathz_i;
  63     y_loc = 0;
  64     window_length = a_path[0];
  65     for(i2 = seq_num; i2 > 1; i2--)
  66     {
  67       // RC case handling
  68
  69       // ugh, and xor...only want rc coloring if just one of the nodes is rc
  70       if ( ((a_path[i2] < 0) || (a_path[i2-1] < 0)) &&
  71            !((a_path[i2] < 0) && (a_path[i2-1] < 0)) )
  72         fl_color(FL_BLUE);
  73
  74       offset1 = seq_align_offsets[i2-1];
  75       offset2 = seq_align_offsets[i2-2];
  76       center1 = 0.5;
  77       center2 = 0.5;
  78
  79       // no matter the case, any RC node needs an offset
  80       if (a_path[i2] < 0)
  81       {
  82         rc_1 = window_length;
  83         offset1 = -offset1;
  84         center1 = -center1;
  85       }
  86       if (a_path[i2-1] < 0)
  87       {
  88         rc_2 = window_length;
  89         offset2 = -offset2;
  90         center2 = -center2;
  91       }
  92
  93       // draw the line for each bp in this window that actually matches
  94       for(win_i = 0; win_i < window_length; win_i++)
  95       {
  96         x_start = abs((int) (a_path[i2]-rc_1+win_i-offset1) );
  97         x_end = abs((int) (a_path[i2-1]-rc_2+win_i-offset2) );
  98         fl_line( (x_start+center1)*ch_width, y_loc + 10,
  99                  (x_end+center2)*ch_width, y_loc+y_seq_incre );
 100       }
 101       y_loc += y_seq_incre;
 102       fl_color(FL_RED);
 103       rc_1 = 0;
 104       rc_2 = 0;
 105     }
 106   }
 107 }
 108
 109 void
 110 SeqView::debug_draw()
 111 {
 112   int seq_i;
 113   Sequence a_seq;
 114   int i, y_loc;
 115   vector<int> a_path;
 116   list<vector<int> >::iterator pathz_i;
 117   int i2;
 118   int x_start, y_start, x_end, y_end;
 119   double ch_width;
 120   int window_length, win_i;
 121   int rc_1 = 0;
 122   int rc_2 = 0;
 123   string sub_seq;
 124
 125
 126   cout << "debugging...\n";
 127   y_loc = 10;
 128   for(seq_i = seq_num-1; seq_i >= 0; --seq_i)
 129   {
 130     sub_seq = (*S)[seq_i].seq();
 131     cout << sub_seq << endl;
 132     sub_seq = sub_seq.substr(seq_align_offsets[seq_i]);
 133     cout << sub_seq << endl;
 134     //fl_draw(sub_seq.c_str(), 0+x(), y_loc+y());
 135     y_loc += y_seq_incre;
 136   }
 137 }
 138
 139 void
 140 SeqView::align_offsets(int align_num)
 141 {
 142   list<vector<int> >::iterator pathz_i;
 143   int i;
 144
 145
 146   if (P.begin() == P.end())
 147     cout << "crud....\n";
 148   pathz_i = P.begin();
 149   while(pathz_i != P.end())
 150   {
 151     //cout << (*pathz_i)[0] << endl;
 152     ++pathz_i;
 153   }
 154
 155   // find the path specified
 156   i = 0;
 157   pathz_i = P.begin();
 158   cout << "fee\n";
 159   while( (i < align_num) && (pathz_i != P.end()) )
 160   {
 161   cout << "fie\n";
 162     ++i;
 163     ++pathz_i;
 164   }
 165
 166   cout << "foe\n";
 167   // now set the alignment offsets - basically where the path starts
 168   seq_align_offsets.clear();
 169   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 170   {
 171     cout << (*pathz_i)[i+1] << endl;
 172     seq_align_offsets.push_back( (*pathz_i)[i+1] );
 173   }
 174   cout << "fum\n";
 175 }
 176
 177
 178
 179
 180
 181
 182
 183
 184
 185
 186
 187
 188
 189
 190
 191
 192
 193
 194 /*
 195       x_start = (int) ();
 196       y_start = ;
 197       x_end = (int) ();
 198       y_end = ;
 199       x_start,y_start,x_end,y_end
 200 */
 201
 202
 203 /*
 204       if ((a_path[i2] >= 0) && (a_path[i2-1] >= 0))
 205       {
 206       }
 207       else if ((a_path[i2] < 0) && (a_path[i2-1] < 0))
 208       {
 209         for(win_i = 0; win_i < window_length; win_i++)
 210           fl_line(abs((int)((a_path[i2]+window_length+win_i+x())*ch_width)),
 211                   y_loc + 10+y(),
 212                   abs((int)((a_path[i2-1]+window_length+win_i+x())*ch_width)),
 213                   y_loc+y_seq_incre+y());
 214
 215       }
 216       else
 217       {
 218         fl_color(FL_BLACK);
 219         for(win_i = 0; win_i < window_length; win_i++)
 220           fl_line(abs((int)((a_path[i2]+window_length+win_i+x())*ch_width)),
 221                   y_loc + 10+y(),
 222                   abs((int)((a_path[i2-1]+win_i+x())*ch_width)),
 223                   y_loc+y_seq_incre+y());
 224         fl_color(FL_RED);
 225       }
 226       else //
 227       {
 228         fl_color(FL_BLACK);
 229         for(win_i = 0; win_i < window_length; win_i++)
 230           fl_line(abs((int)((a_path[i2]+win_i+x())*ch_width)),
 231                   y_loc + 10+y(),
 232                   abs((int)((a_path[i2-1]+window_length+win_i+x())*ch_width)),
 233                   y_loc+y_seq_incre+y());
 234         fl_color(FL_RED);
 235       }
 236 */