mussa_gui_seq.hh

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "mussa_gui_seq_view.hh"
  12
  13 #include <FL/Fl_Menu_Bar.H>
  14 #include <FL/Fl_Menu_Item.H>
  15 #include <FL/Fl_Menu_Button.H>
  16 #include <FL/Fl_Double_Window.H>
  17
  18
  19 class SeqWindow : public Fl_Double_Window
  20 {
  21   private:
  22     string ana_name;
  23     int base_window_len;
  24
  25     //this data is passed as pointers to the instantiated classes
  26     vector<Sequence> *S;
  27     // list of paths in selection box
  28     list<vector<int> > P;
  29     vector<int> seq_lens;
  30     //pointer to passed motif data
  31     vector<motif> *the_motifs;
  32
  33     int x_max, y_max;
  34     Fl_Menu_Button *choose_align_menu;
  35     Fl_Menu_Button *show_align_menu;
  36     Fl_Button *toggle_bars;
  37     SeqView *seq_box;
  38
  39   public:
  40     int seq_num;
  41
  42     SeqWindow(int w, int h, const char* title, int sq_num,
  43               vector<Sequence> *some_seqs,
  44               list<vector<int> > some_paths, vector<int> some_lens,
  45               vector<motif> *some_motifs);
  46     virtual ~SeqWindow(){ cout << "dying\n"; }
  47
  48     void make_choose_menu();
  49     void make_show_menu();
  50     void real_set_align_cb(int which_align);
  51     void real_show_align_cb(int which_align);
  52     void real_toggle_bars_cb();
  53     void real_toggle_motifs_cb();
  54 };
  55
  56
  57
  58 struct menu_align_data_bundle
  59 {
  60   SeqWindow * swm_ptr;
  61   int which_align;
  62 };