mussa_gui_seq.hh

   1 #include "mussa_nway.hh"
   2
   3 #include <math.h>
   4 #include <FL/Fl.H>
   5 #include <FL/Fl_Window.H>
   6 #include <FL/Fl_Box.H>
   7 #include <FL/fl_draw.H>
   8 #include <FL/Fl_Scroll.H>
   9
  10 class SeqView : public Fl_Box
  11 {
  12   private:
  13     string ana_name;
  14     int seq_num;
  15     int base_window_len;
  16
  17     //this data is passed as pointers to the instantiated classes
  18     vector<Sequence> *S;
  19     // list of paths in selection box
  20     list<vector<int> > P;
  21     vector<int> seq_lens;
  22
  23     int x_max, y_max;
  24     int y_seq_incre;
  25     vector<int> seq_align_offsets;
  26
  27   public:
  28     SeqView(int x_top,int y_top,int x_bot,int y_bot) :
  29       Fl_Box(x_top,y_top,x_bot,y_bot)
  30     {
  31         x_max = x_bot;
  32         y_max = y_bot;
  33     }
  34
  35     void setup(string, int, vector<Sequence> *some_seqs,
  36                list<vector<int> > some_paths, vector<int>);
  37     void draw();
  38     void align_offsets(int align_num);
  39     void debug_draw();
  40 };