mussa_gui_seq_view.hh

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "mussa_gui_load_window.hh"
  12
  13 #include <math.h>
  14 #include <FL/Fl_Box.H>
  15 #include <FL/fl_draw.H>
  16
  17 class SeqView : public Fl_Box
  18 {
  19   public:
  20     SeqView(int x_top,int y_top,int x_bot,int y_bot) :
  21       Fl_Box(x_top,y_top,x_bot,y_bot)
  22     {
  23       x_max = x_bot;
  24       y_max = y_bot;
  25       x_min = x_top;
  26       y_min = y_top;
  27       show_bars = true;
  28       show_motifs = true;
  29     }
  30
  31     void setup(string name, int sq_num, vector<Sequence> *some_seqs,
  32                list<vector<int> > some_paths, vector<int> some_lens,
  33                vector<motif> *some_motifs);
  34     void align_offsets(int align_num);
  35     void toggle_align(int align_num);
  36     void toggle_bars();
  37     void toggle_motifs();
  38
  39   private:
  40     string ana_name;
  41     int seq_num;
  42     int base_window_len;
  43
  44   //this data is passed as pointers to the instantiated classes
  45     vector<Sequence> *S;
  46   //list of paths in selection box
  47     list<vector<int> > P;
  48     vector<int> seq_lens;
  49   //pointer to passed motif data
  50     vector<motif> *the_motifs;
  51
  52     int x_max, y_max, x_min, y_min;
  53     int y_seq_incre;
  54     int index_pad;
  55     vector<int> seq_align_offsets;
  56     vector<string> raw_sequence;
  57     bool dragging;
  58     int drag_change, scroll_offset;
  59     bool show_bars, show_motifs;
  60     vector<bool> show_aligns;
  61
  62     void resize(int new_x, int new_y, int new_w, int new_h);
  63     void draw();
  64     void draw_motifs(double ch_width);
  65     void draw_sequence(double ch_width);
  66     void draw_match_lines(double ch_width);
  67     void draw_indices(double ch_width);
  68     int handle(int e);
  69     void reporter(string id, int value);
  70 };