mussa_gui_subana.cc

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "mussa_gui_subana.hh"
  12
  13
  14 void
  15 do_subana_cb(Fl_Button* o, void* v)
  16 {
  17   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
  18   T->real_do_subana();
  19 }
  20
  21
  22 // passes the parameters to the mussa class object and orders it to run
  23 void
  24 SubanaWindow::real_do_subana()
  25 {
  26   int i;
  27   string a_sequence, err_msg;
  28
  29   // <-- need a check here to make sure all vars have a valid value
  30
  31   an_analysis->clear();
  32   an_analysis->set_name(ana_name);
  33   an_analysis->set_seq_num(seq_num);
  34   an_analysis->set_window(window);
  35   an_analysis->set_threshold(threshold);
  36
  37   for(i=0; i < seq_num; i++)
  38   {
  39     a_sequence = the_Seqs[i].seq();
  40     cout << a_sequence.length() << endl;
  41     a_sequence = a_sequence.substr(sub_seq_starts[i],
  42                                    sub_seq_ends[i] - sub_seq_starts[i] );
  43     cout << a_sequence.length() << endl;
  44     an_analysis->add_a_seq(a_sequence);
  45   }
  46
  47   err_msg = an_analysis->analyze(0,0, 't', 0.0);
  48
  49   cout << "Feel the tribal beat\n";
  50   if (!(err_msg == ""))
  51   {
  52     //fl_alert(err_msg.c_str());
  53     cout << err_msg;
  54   }
  55
  56   all_done = true;
  57
  58   hide();
  59 }
  60
  61
  62
  63 // *** subsequence start select
  64
  65 void
  66 sub_start_in_cb1(Fl_Input* o, void* v)
  67 {
  68   sub_seq_data_instance * blah = (sub_seq_data_instance *) v;
  69   SubanaWindow* T= blah->sw_ptr;
  70   T->real_sub_start_in_cb(o,blah->index);
  71 }
  72
  73 void
  74 SubanaWindow::real_sub_start_in_cb(Fl_Input* o, int i)
  75 {
  76   sub_seq_starts[i] = atoi(o->value());
  77 }
  78
  79 // *** subsequence end select
  80
  81 void
  82 sub_end_in_cb1(Fl_Input* o, void* v)
  83 {
  84   sub_seq_data_instance * blah = (sub_seq_data_instance *) v;
  85   SubanaWindow* T= blah->sw_ptr;
  86   T->real_sub_end_in_cb(o,blah->index);
  87 }
  88
  89 void
  90 SubanaWindow::real_sub_end_in_cb(Fl_Input* o, int i)
  91 {
  92   sub_seq_ends[i] = atoi(o->value());
  93
  94 }
  95
  96 // *** input analysis name
  97
  98 void
  99 set_ana_name_cb1(Fl_Input* o, void* v)
 100 {
 101   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
 102   T->real_set_ana_name_cb(o);
 103 }
 104
 105 void
 106 SubanaWindow::real_set_ana_name_cb(Fl_Input* o)
 107 {
 108   ana_name = o->value();
 109 }
 110
 111 // *** input window size
 112
 113 void
 114 set_win_size_cb1(Fl_Input* o, void* v)
 115 {
 116   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
 117   T->real_set_win_size_cb(o);
 118 }
 119
 120 void
 121 SubanaWindow::real_set_win_size_cb(Fl_Input* o)
 122 {
 123   window = atoi(o->value());
 124 }
 125
 126 // *** input threshold
 127
 128 void
 129 set_threshold_cb1(Fl_Input* o, void* v)
 130 {
 131   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
 132   T->real_set_threshold_cb(o);
 133 }
 134
 135 void
 136 SubanaWindow::real_set_threshold_cb(Fl_Input* o)
 137 {
 138   threshold = atoi(o->value());
 139 }
 140
 141
 142 bool
 143 SubanaWindow::done()
 144 {
 145   return all_done;
 146 }
 147
 148
 149 SubanaWindow::SubanaWindow(int w, int h, const char* title,Mussa *the_analysis,
 150                            vector<Sequence> some_Seqs):Fl_Window(w,h,title)
 151 {
 152   string a_name;
 153
 154   color(FL_WHITE);
 155
 156   an_analysis = the_analysis;
 157   the_Seqs = some_Seqs;
 158   all_done = false;
 159
 160   // initialize parameters
 161   ana_name = "";
 162   window = -1;
 163   threshold = -1;
 164
 165   begin();
 166
 167   name_input = new Fl_Input(135, 10, w-140, 30, "SubAnalysis Name ");
 168   name_input->value("");
 169   //name_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 170   name_input->box(FL_BORDER_BOX);
 171   name_input->callback((Fl_Callback*)set_ana_name_cb1, this);
 172
 173   // add in radio buttons for win_append and thres_append eventually
 174   win_append = true;
 175   thres_append = true;
 176
 177   win_input = new Fl_Input(135,45,100,30, "Window: ");
 178   win_input->value("");
 179   win_input->callback((Fl_Callback*)set_win_size_cb1, this);
 180
 181   thres_input = new Fl_Input(320,45,100,30, "Threshold: ");
 182   thres_input->value("");
 183   thres_input->callback((Fl_Callback*)set_threshold_cb1, this);
 184
 185   // button to launch the analysis
 186   test = new Fl_Button(w-100,h-30,100,30,"Do Analysis");
 187   test->callback((Fl_Callback*)do_subana_cb, this);
 188
 189   // test button to make sure setup data is being stored
 190   test = new Fl_Button(w-200,h-30,100,30,"show setup");
 191   test->callback((Fl_Callback*)print_cb, this);
 192
 193   // add all the inputs for the sub sequence starts & ends
 194   int i;
 195
 196   seq_num = the_Seqs.size();
 197
 198   seq_scroll = new Fl_Scroll(5,80,w-10,h-115);
 199   seq_scroll->color(FL_WHITE);
 200
 201   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 202   {
 203     sub_seq_starts.push_back(0);
 204     sub_seq_ends.push_back(0);
 205     a_name = the_Seqs[i].sp_name();
 206     cout << a_name << endl;
 207     add_seq_input(i, a_name);
 208   }
 209   seq_scroll->box(FL_DOWN_FRAME);
 210   //add(seq_scroll);
 211   //redraw();
 212
 213   end();
 214   //resizable(this);
 215   show();
 216 }
 217
 218
 219 SubanaWindow::~SubanaWindow(){}
 220
 221
 222 void
 223 SubanaWindow::add_seq_input(int i, string a_name)
 224 {
 225   Fl_Input *start_input, *end_input;
 226
 227
 228   // this remembers what seq index each input is associated with
 229   sub_seq_data_instance * something;
 230   something = new sub_seq_data_instance;
 231   something->sw_ptr = this;
 232   something->index = i;
 233
 234
 235   // subsequence select, index of first bp wanted
 236   start_input = new Fl_Input(150, 85+(i*35), 70, 30, "start index: ");
 237   start_input->value("");
 238   start_input->callback((Fl_Callback*)sub_start_in_cb1, (void*) something);
 239
 240   // subsequence select, index of last bp wanted
 241   end_input = new Fl_Input(300, 85+(i*35), 70, 30, "end index: ");
 242   end_input->value("");
 243   end_input->callback((Fl_Callback*)sub_end_in_cb1, (void*) something);
 244
 245   seq_scroll->add(start_input);
 246   seq_scroll->add(end_input);
 247 }
 248
 249 /*
 250   cout << "fee\n";
 251   cout << "fie\n";
 252   cout << "foe\n";
 253   cout << "fum\n";
 254 */
 255
 256 void SubanaWindow::print_cb(Fl_Button* o, void* v)
 257 {
 258   SubanaWindow* T=(SubanaWindow*)v;
 259   T->print_cb_real(o,v);
 260 }
 261
 262
 263 void SubanaWindow::print_cb_real(Fl_Button* , void*)
 264 {
 265   cout << "ana_name: " << ana_name << endl;
 266   cout << "win: " << window << endl;
 267   cout << "thres: " << threshold << endl;
 268   cout << "seq_num: " << seq_num << endl;
 269   //cout << "win_add: " << win_append << end;
 270   //cout << "thres_add: " << thres_append << endl;
 271
 272   int i;
 273
 274
 275
 276   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 277   {
 278     //cout << seq_files[i] << endl;
 279     //cout << annot_files[i] << endl;
 280     //cout << "fasta: " << fasta_indices[i];
 281     cout << " start: " << sub_seq_starts[i];
 282     cout << " end: " << sub_seq_ends[i] << endl;
 283     cout << "blargle!\n";
 284   }
 285   cout << "end of inputs\n" << endl;
 286 }