py/mussa.cpp

   1 #include <boost/python.hpp>
   2
   3 using namespace boost::python;
   4
   5 #include "alg/mussa.hpp"
   6
   7 void export_mussa()
   8 {
   9   //BOOST_PYTHON_MEMBER_FUNCTION_OVERLOADS(mussa_analyze_overloads,
  10   //                                       &Mussa::analyze, 0, 4);
  11
  12   void (Mussa::*load_mupa_string)(std::string) = &Mussa::load_mupa_file;
  13   class_<Mussa>("Mussa")
  14     .def("save", &Mussa::save)
  15     .def("load", &Mussa::load, "Load previous run analysis")
  16     .def("load_mupa", load_mupa_string, "Load mussa parameter file")
  17     .def("clear", &Mussa::clear, "Clear the current analysis")
  18     .add_property("name", &Mussa::get_name, &Mussa::set_name)
  19     .def("size", &Mussa::size, "Number of sequences to be used "
  20                                "in this analysis")
  21     .add_property("window", &Mussa::get_window, &Mussa::set_window,
  22                   "the number of base pairs in the sliding window")
  23     .add_property("threshold", &Mussa::get_threshold, &Mussa::set_threshold,
  24                   "how many base pairs must match between two windows")
  25     .def("softThreshold", &Mussa::set_soft_thres)
  26     .add_property("analysisMode", &Mussa::get_analysis_mode,
  27                                    &Mussa::set_analysis_mode)
  28     .add_property("analysisModeName", &Mussa::get_analysis_mode_name)
  29     .def("analyze", &Mussa::analyze, "Run the analysis")
  30     .def("paths", &Mussa::paths, return_internal_reference<>())
  31     //.def("sequences", &Mussa::sequences)
  32     .def("addSequence", &Mussa::add_a_seq)  ;
  33
  34   enum_<Mussa::analysis_modes>("analysis_modes")
  35     .value("TransitiveNway", Mussa::TransitiveNway )
  36     .value("RadialNway", Mussa::RadialNway )
  37     .value("EntropyNway", Mussa::EntropyNway )
  38     .value("RecursiveNway", Mussa::RecursiveNway )
  39   ;
  40 }