py/mussa.cpp

   1 #include <boost/python.hpp>
   2 namespace py = boost::python;
   3
   4 #include "alg/mussa.hpp"
   5
   6 void export_mussa()
   7 {
   8   void (Mussa::*load_mupa_string)(std::string) = &Mussa::load_mupa_file;
   9
  10   py::class_<Mussa>("Mussa")
  11     .def("save", &Mussa::save)
  12     .def("load", &Mussa::load, "Load previous run analysis")
  13     .def("load_mupa", load_mupa_string, "Load mussa parameter file")
  14     .def("clear", &Mussa::clear, "Clear the current analysis")
  15     .add_property("name", &Mussa::get_name, &Mussa::set_name)
  16     .def("size", &Mussa::size, "Number of sequences to be used "
  17                                "in this analysis")
  18     .add_property("window", &Mussa::get_window, &Mussa::set_window,
  19                   "the number of base pairs in the sliding window")
  20     .add_property("threshold", &Mussa::get_threshold, &Mussa::set_threshold,
  21                   "how many base pairs must match between two windows")
  22     .def("softThreshold", &Mussa::set_soft_threshold)
  23     .add_property("analysisMode", &Mussa::get_analysis_mode,
  24                                    &Mussa::set_analysis_mode)
  25     .add_property("analysisModeName", &Mussa::get_analysis_mode_name)
  26     .def("analyze", &Mussa::analyze, "Run the analysis")
  27     .def("paths", &Mussa::paths, py::return_internal_reference<>())
  28     //.def("sequences", &Mussa::sequences)
  29     //.def("addSequence", &Mussa::append_sequence)
  30   ;
  31
  32   py::enum_<Mussa::analysis_modes>("analysis_modes")
  33     .value("TransitiveNway", Mussa::TransitiveNway )
  34     .value("RadialNway", Mussa::RadialNway )
  35     .value("EntropyNway", Mussa::EntropyNway )
  36     .value("RecursiveNway", Mussa::RecursiveNway )
  37   ;
  38 }