py/test/TestMussa.py

   1 import os
   2 import sys
   3 import unittest
   4
   5 # kinda hackish but it makes it possible to runi under ctest
   6 sys.path.append(os.getcwd())
   7
   8 import mussa
   9
  10 class TestMussa(unittest.TestCase):
  11   def testSimple(self):
  12     s1 = mussa.Sequence("A"*10)
  13     s2 = mussa.Sequence("GG"+"A"*8+"GG")
  14     s3 = mussa.Sequence("T"*10)
  15     m = mussa.Mussa()
  16     m.window = 10
  17     m.threshold = 8
  18     m.add_sequence(s1)
  19     m.add_sequence(s2)
  20     m.add_sequence(s3)
  21     m.analyze()
  22     # this could probably be a more thorough test
  23     self.failUnless( len(m.paths()), 3 )
  24
  25 def suite():
  26   return unittest.makeSuite(TestMussa, 'test')
  27
  28 if __name__ == "__main__":
  29   sys.exit(unittest.main(defaultTest='suite'))