py/test/TestMussa.py

   1 import os
   2 import sys
   3 import unittest
   4
   5 # kinda hackish but it makes it possible to runi under ctest
   6 sys.path.append(os.getcwd())
   7
   8 import mussa
   9
  10 class TestMussa(unittest.TestCase):
  11   def testSimple(self):
  12     s1 = mussa.Sequence("A"*10)
  13     s2 = mussa.Sequence("GG"+"A"*10)
  14     s3 = mussa.Sequence("A"*10)
  15     m = mussa.Mussa()
  16     m.window = 10
  17     m.threshold = 10
  18     m.add_sequence(s1)
  19     m.add_sequence(s2)
  20     m.add_sequence(s3)
  21     m.analyze()
  22     # this could probably be a more thorough test
  23     paths = m.paths()
  24     self.failUnlessEqual( len(paths), 1 )
  25     pathz_list = [ x for x in paths.pathz ]
  26     self.failUnlessEqual( len(paths), len(pathz_list) )
  27
  28 def suite():
  29   return unittest.makeSuite(TestMussa, 'test')
  30
  31 if __name__ == "__main__":
  32   sys.exit(unittest.main(defaultTest='suite'))