py/test/TestSeqSpan.py

   1 import os
   2 import sys
   3 import unittest
   4
   5 # kinda hackish but it makes it possible to runi under ctest
   6 sys.path.append(os.getcwd())
   7
   8 import mussa
   9
  10 class TestSeqSpan(unittest.TestCase):
  11   def testSimple(self):
  12     seq_text = "AGCT"
  13     s = mussa.SeqSpan(seq_text)
  14     self.failUnlessEqual(str(s), seq_text)
  15
  16   def testIter(self):
  17     seq_text = "AAAAAAGGGGGGG"
  18     s = mussa.SeqSpan(seq_text)
  19     new_seq_text = "".join( [ x for x in s ] )
  20     print "len", len(s)
  21     self.failUnlessEqual(len(seq_text), len(s))
  22     self.failUnlessEqual(seq_text, new_seq_text)
  23
  24
  25 def suite():
  26   return unittest.makeSuite(TestSeqSpan, 'test')
  27
  28 if __name__ == "__main__":
  29   sys.exit(unittest.main(defaultTest='suite'))