py/test/TestSeqSpan.py

   1 import os
   2 import sys
   3 import unittest
   4
   5 # kinda hackish but it makes it possible to runi under ctest
   6 sys.path.append(os.getcwd())
   7
   8 import mussa
   9
  10 class TestSeqSpan(unittest.TestCase):
  11   def testSimple(self):
  12     seq_text = "AGCT"
  13     s = mussa.SeqSpan(seq_text)
  14     self.failUnlessEqual(str(s), seq_text)
  15
  16   def testIter(self):
  17     seq_text = "AAAAAAGGGGGGG"
  18     s = mussa.SeqSpan(seq_text)
  19     new_seq_text = "".join( [ x for x in s ] )
  20     print "len", len(s)
  21     self.failUnlessEqual(len(seq_text), len(s))
  22     self.failUnlessEqual(seq_text, new_seq_text)
  23
  24   def testSettingStrand(self):
  25     seq_text = "AAAAG"
  26     complement_text = "CTTTT"
  27     splus = mussa.SeqSpan(seq_text, mussa.alphabet.dna_alphabet, mussa.strand.plus)
  28     sminus = splus.subseq(0, len(seq_text), mussa.strand.minus)
  29     self.failUnlessEqual(str(sminus), complement_text)
  30
  31   # Doesn't work because I keep getting new python objects created
  32   # for calls to SeqSpan::parent
  33   #def testParentEquality(self):
  34   #  seq_text = "AAAAAAGGG"
  35   #  sparent = mussa.SeqSpan(seq_text)
  36   #  s1 = sparent.subseq(4,4, mussa.strand.minus)
  37   #y  s2 = s1.subseq(0,2, mussa.strand.opposite)
  38   #  print "s2 parent call 1",s2.parent()
  39   #  print "s2 parent call 2", s2.parent()
  40   #  self.failUnless(s1 is s2.parent())
  41   #  self.failUnlessEqual(s1, s2.parent())
  42   #  self.failUnless(sparent is s1.parent())
  43   #  self.failUnlessEqual(sparent == s1.parent())
  44
  45   def testAnnotations(self):
  46     seq_text = "AAAAAG"
  47     name = "As"
  48     s = mussa.SeqSpan(seq_text)
  49     s.annotations = mussa.Annotations(name)
  50     self.failUnlessEqual(s.annotations.name, name)
  51     self.failUnlessEqual(s.annotations['name'], name)
  52
  53     term_key = 'GO term'
  54     term = "term"
  55     s.annotations[term_key] = term
  56     self.failUnlessEqual(s.annotations[term_key], term)
  57
  58 def suite():
  59   return unittest.makeSuite(TestSeqSpan, 'test')
  60
  61 if __name__ == "__main__":
  62   sys.exit(unittest.main(defaultTest='suite'))