py/test/TestSequence.py

   1 import os
   2 import sys
   3 import unittest
   4
   5 # kinda hackish but it makes it possible to runi under ctest
   6 sys.path.append(os.getcwd())
   7
   8 import mussa
   9
  10 class TestSequence(unittest.TestCase):
  11   def testSimple(self):
  12     seq_text = "AGCT"
  13     s = mussa.Sequence(seq_text)
  14     self.failUnless(len(seq_text) == len(s))
  15     self.failUnless(len(s) == s.size())
  16     self.failUnless(str(s) == seq_text)
  17     self.failUnless(str(s) == seq_text)
  18
  19   def testNames(self):
  20     seq_text = "AAGGCCTT"
  21     header_text = "hello"
  22     species = "Goo Gooerific"
  23
  24     s = mussa.Sequence(seq_text)
  25
  26     s.header = header_text
  27     s.species = species
  28     self.failUnless(s.header == header_text)
  29     self.failUnless(s.species == species)
  30
  31   def testAnnotations(self):
  32     seq = mussa.Sequence("AAGGCCTTAATTGGCCTT")
  33     seq.add_annotation("foo", "utr", 0, 10)
  34
  35   def notestFile(self):
  36     # remove no prefix once we have sequence loading from a stream
  37     seq_text = "AAGGCCTT"
  38     from StringIO import StringIO
  39     s = StringIO(seq_text)
  40
  41     seq = mussa.Sequence(s)
  42
  43     self.failUnless(seq == seq_text)
  44
  45 def suite():
  46   return unittest.makeSuite(TestSequence, 'test')
  47
  48 if __name__ == "__main__":
  49   sys.exit(unittest.main(defaultTest='suite'))