py/test/TestSequence.py

   1 import os
   2 import sys
   3 import unittest
   4
   5 # kinda hackish but it makes it possible to runi under ctest
   6 sys.path.append(os.getcwd())
   7
   8 import mussa
   9
  10 class TestSequence(unittest.TestCase):
  11   def testSimple(self):
  12     seq_text = "AGCT"
  13     s = mussa.Sequence(seq_text)
  14     self.failUnless(len(seq_text) == len(s))
  15     self.failUnless(len(s) == s.size())
  16     self.failUnless(str(s) == seq_text)
  17     self.failUnless(str(s) == seq_text)
  18
  19     for i in range(len(seq_text)):
  20       self.failUnlessEqual(s[i], seq_text[i])
  21
  22   def testNames(self):
  23     seq_text = "AAGGCCTT"
  24     header_text = "hello"
  25     species = "Goo Gooerific"
  26
  27     s = mussa.Sequence(seq_text)
  28
  29     s.header = header_text
  30     s.species = species
  31     self.failUnless(s.header == header_text)
  32     self.failUnless(s.species == species)
  33
  34   def testAnnotations(self):
  35     seq = mussa.Sequence("AAGGCCTTAATTGGCCTT")
  36     seq.add_annotation("foo", "utr", 0, 10)
  37
  38   def notestFile(self):
  39     # remove no prefix once we have sequence loading from a stream
  40     seq_text = "AAGGCCTT"
  41     from StringIO import StringIO
  42     s = StringIO(seq_text)
  43
  44     seq = mussa.Sequence(s)
  45
  46     self.failUnless(seq == seq_text)
  47
  48 def suite():
  49   return unittest.makeSuite(TestSequence, 'test')
  50
  51 if __name__ == "__main__":
  52   sys.exit(unittest.main(defaultTest='suite'))