qui/MussaAlignedWindow.hpp

   1 #ifndef MUSSA_ALIGNED_WINDOW_H
   2 #define MUSSA_ALIGNED_WINDOW_H
   3
   4 #include <set>
   5
   6 #include <QMainWindow>
   7 #include <QMenu>
   8 #include <QToolBar>
   9 #include "alg/mussa.hpp"
  10 #include "qui/IntAction.hpp"
  11 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  13
  14 //! Show sequence alignments
  15 class MussaAlignedWindow : public QMainWindow
  16 {
  17   Q_OBJECT
  18
  19 public:
  20   //! construct an aligned window for an analysis and selected paths
  21   MussaAlignedWindow(Mussa&, const std::set<int>&, QWidget *parent=0);
  22
  23 public slots:
  24   //! use selected_paths[pathid] to set the starting position of our sequence
  25   void setAlignment(int pathid);
  26   //! toggle whether or not to show the aligned basepairs of a window
  27   void toggleViewAlignment(int alignment_index);
  28
  29   //! just force updating the window
  30   void update();
  31
  32 protected:
  33   // figure out what Alignments we have (needed for setupAlignmentMenus)
  34   void setSelectedPaths(Mussa &m, const std::set<int>& sel_paths);
  35   // create our cations
  36   void setupActions();
  37   // create our menus
  38   void setupMenus();
  39   //! set menus (must be called after setSelectedPaths)
  40   void setupAlignmentMenus();
  41   void computeMatchLines();
  42
  43   Mussa& analysis;
  44   //std::vector<Sequence> sequences;
  45   //const std::set<int>& selected_paths;
  46   std::vector<ConservedPath> selected_paths;
  47   std::vector<bool> view_paths;
  48   SequenceBrowserWidget browser;
  49   QMenu pick_align_menu;
  50   QMenu view_align_menu;
  51
  52   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  53
  54   std::vector <IntAction *> pick_actions;
  55   std::vector <IntAction *> view_actions;
  56   ZoomWidget *zoom;
  57   QToolBar *alignTB;
  58 };
  59 #endif