qui/MussaAlignedWindow.hpp

   1 #ifndef MUSSA_ALIGNED_WINDOW_H
   2 #define MUSSA_ALIGNED_WINDOW_H
   3
   4 #include <set>
   5
   6 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   7
   8 #include <QDir>
   9 #include <QMainWindow>
  10 #include <QMenu>
  11 #include <QToolBar>
  12 #include "alg/mussa.hpp"
  13 #include "qui/IntAction.hpp"
  14 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  15 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  16 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  17 #include "qui/subanalysis/SubanalysisWindow.hpp"
  18
  19 //! Show sequence alignments
  20 class MussaAlignedWindow : public QMainWindow
  21 {
  22   Q_OBJECT
  23
  24 public:
  25   //! construct an aligned window for an analysis and selected paths
  26   /*! \param analysis is a shared_ptr to a mussa analysis
  27    *  \param paths is a set of "paths" AKA integer offsets into the sequences stored in mussa
  28    *  \param window points to a SubanalysisWindowRef, so we can pick interesting
  29    *         sequence portions from both the mussa window and the sequence view window
  30    *  \param parent is the typical Qt pointer to a parent widget
  31    */
  32   MussaAlignedWindow(MussaRef analysis,
  33                      boost::shared_ptr<QDir> default_dir,
  34                      const std::set<int>& paths,
  35                      SubanalysisWindowRef window, QWidget *parent=0);
  36
  37 public slots:
  38   //! launch a sub analysis
  39   void createSubAnalysis();
  40   //! use selected_paths[pathid] to set the starting position of our sequence
  41   void setAlignment(int pathid);
  42   //! toggle whether or not to show the aligned basepairs of a window
  43   void toggleViewAlignment(int alignment_index);
  44
  45   //! just force updating the window
  46   void update();
  47
  48   //! set the title based on the analysis
  49   void updateTitle();
  50   //! display how many base pairs were copied on the status bar
  51   void showBasePairsCopied(size_t);
  52
  53 protected:
  54   // figure out what Alignments we have (needed for setupAlignmentMenus)
  55   void setSelectedPaths(MussaRef m, const std::set<int>& sel_paths);
  56   // create our cations
  57   void setupActions();
  58   // create our menus
  59   void setupMenus();
  60   //! set menus (must be called after setSelectedPaths)
  61   void setupAlignmentMenus();
  62   void computeMatchLines();
  63
  64   MussaRef analysis;
  65   boost::shared_ptr<QDir> default_dir;
  66   //std::vector<Sequence> sequences;
  67   //const std::set<int>& selected_paths;
  68   std::vector<ConservedPath> selected_paths;
  69   std::vector<bool> view_paths;
  70   SubanalysisWindowRef subanalysis_window;
  71   SequenceBrowserWidget browser;
  72   QMenu pick_align_menu;
  73   QMenu view_align_menu;
  74
  75   QAction *createSubAnalysisAction;
  76   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  77
  78   std::vector <IntAction *> pick_actions;
  79   std::vector <IntAction *> view_actions;
  80   ZoomWidget *zoom;
  81   ThresholdWidget *threshold_widget;
  82   QToolBar *alignTB;
  83 };
  84
  85 //! reference to a MussaAlignedWindow
  86 typedef boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> MussaAlignedWindowRef;
  87 #endif