qui/MussaAlignedWindow.hpp

   1 #ifndef MUSSA_ALIGNED_WINDOW_H
   2 #define MUSSA_ALIGNED_WINDOW_H
   3
   4 #include <set>
   5
   6 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   7
   8 #include <QMainWindow>
   9 #include <QMenu>
  10 #include <QToolBar>
  11 #include "alg/mussa.hpp"
  12 #include "qui/IntAction.hpp"
  13 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  14 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  15 #include "qui/SubanalysisWindow.hpp"
  16
  17 //! Show sequence alignments
  18 class MussaAlignedWindow : public QMainWindow
  19 {
  20   Q_OBJECT
  21
  22 public:
  23   //! construct an aligned window for an analysis and selected paths
  24   /*! \param analysis is a shared_ptr to a mussa analysis
  25    *  \param paths is a set of "paths" AKA integer offsets into the sequences stored in mussa
  26    *  \param window points to a SubanalysisWindowRef, so we can pick interesting
  27    *         sequence portions from both the mussa window and the sequence view window
  28    *  \param parent is the typical Qt pointer to a parent widget
  29    */
  30   MussaAlignedWindow(MussaRef analysis, const std::set<int>& paths,
  31                      SubanalysisWindowRef window, QWidget *parent=0);
  32
  33 public slots:
  34   //! launch a sub analysis
  35   void createSubAnalysis();
  36   //! use selected_paths[pathid] to set the starting position of our sequence
  37   void setAlignment(int pathid);
  38   //! toggle whether or not to show the aligned basepairs of a window
  39   void toggleViewAlignment(int alignment_index);
  40
  41   //! just force updating the window
  42   void update();
  43
  44 protected:
  45   // figure out what Alignments we have (needed for setupAlignmentMenus)
  46   void setSelectedPaths(MussaRef m, const std::set<int>& sel_paths);
  47   // create our cations
  48   void setupActions();
  49   // create our menus
  50   void setupMenus();
  51   //! set menus (must be called after setSelectedPaths)
  52   void setupAlignmentMenus();
  53   void computeMatchLines();
  54
  55   MussaRef analysis;
  56   //std::vector<Sequence> sequences;
  57   //const std::set<int>& selected_paths;
  58   std::vector<ConservedPath> selected_paths;
  59   std::vector<bool> view_paths;
  60   SubanalysisWindowRef subanalysis_window;
  61   SequenceBrowserWidget browser;
  62   QMenu pick_align_menu;
  63   QMenu view_align_menu;
  64
  65   QAction *createSubAnalysisAction;
  66   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  67
  68   std::vector <IntAction *> pick_actions;
  69   std::vector <IntAction *> view_actions;
  70   ZoomWidget *zoom;
  71   QToolBar *alignTB;
  72 };
  73
  74 //! reference to a MussaAlignedWindow
  75 typedef boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> MussaAlignedWindowRef;
  76 #endif