qui/MussaAlignedWindow.hpp

   1 #ifndef MUSSA_ALIGNED_WINDOW_H
   2 #define MUSSA_ALIGNED_WINDOW_H
   3
   4 #include <set>
   5
   6 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   7
   8 #include <QMainWindow>
   9 #include <QMenu>
  10 #include <QToolBar>
  11 #include "alg/mussa.hpp"
  12 #include "qui/IntAction.hpp"
  13 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  14 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  15 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  16 #include "qui/SubanalysisWindow.hpp"
  17
  18 //! Show sequence alignments
  19 class MussaAlignedWindow : public QMainWindow
  20 {
  21   Q_OBJECT
  22
  23 public:
  24   //! construct an aligned window for an analysis and selected paths
  25   /*! \param analysis is a shared_ptr to a mussa analysis
  26    *  \param paths is a set of "paths" AKA integer offsets into the sequences stored in mussa
  27    *  \param window points to a SubanalysisWindowRef, so we can pick interesting
  28    *         sequence portions from both the mussa window and the sequence view window
  29    *  \param parent is the typical Qt pointer to a parent widget
  30    */
  31   MussaAlignedWindow(MussaRef analysis, const std::set<int>& paths,
  32                      SubanalysisWindowRef window, QWidget *parent=0);
  33
  34 public slots:
  35   //! launch a sub analysis
  36   void createSubAnalysis();
  37   //! use selected_paths[pathid] to set the starting position of our sequence
  38   void setAlignment(int pathid);
  39   //! toggle whether or not to show the aligned basepairs of a window
  40   void toggleViewAlignment(int alignment_index);
  41
  42   //! just force updating the window
  43   void update();
  44
  45 protected:
  46   // figure out what Alignments we have (needed for setupAlignmentMenus)
  47   void setSelectedPaths(MussaRef m, const std::set<int>& sel_paths);
  48   // create our cations
  49   void setupActions();
  50   // create our menus
  51   void setupMenus();
  52   //! set menus (must be called after setSelectedPaths)
  53   void setupAlignmentMenus();
  54   void computeMatchLines();
  55
  56   MussaRef analysis;
  57   //std::vector<Sequence> sequences;
  58   //const std::set<int>& selected_paths;
  59   std::vector<ConservedPath> selected_paths;
  60   std::vector<bool> view_paths;
  61   SubanalysisWindowRef subanalysis_window;
  62   SequenceBrowserWidget browser;
  63   QMenu pick_align_menu;
  64   QMenu view_align_menu;
  65
  66   QAction *createSubAnalysisAction;
  67   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  68
  69   std::vector <IntAction *> pick_actions;
  70   std::vector <IntAction *> view_actions;
  71   ZoomWidget *zoom;
  72   ThresholdWidget *threshold_widget;
  73   QToolBar *alignTB;
  74 };
  75
  76 //! reference to a MussaAlignedWindow
  77 typedef boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> MussaAlignedWindowRef;
  78 #endif