qui/MussaWindow.cpp

   1 #include <QAction>
   2 #include <QDir>
   3 #include <QFileDialog>
   4 #include <QHBoxLayout>
   5 #include <QIcon>
   6 #include <QMenuBar>
   7 #include <QMessageBox>
   8 #include <QScrollBar>
   9 #include <QStatusBar>
  10 #include <QString>
  11 #include <QWhatsThis>
  12
  13 #include "qui/MussaWindow.hpp"
  14 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  15 #include "mussa_exceptions.hpp"
  16
  17 #include <iostream>
  18
  19 using namespace std;
  20
  21 MussaWindow::MussaWindow(Mussa *analysis_, QWidget *parent) :
  22   QMainWindow(parent),
  23   analysis(analysis_),
  24   motif_editor(0),
  25   browser(this),
  26   mussaViewTB("Path Views"),
  27   zoomBox(),
  28   threshold(),
  29   zoomLabel(),
  30   closeAction(0) // initialize one of the pointers to null as a saftey flag
  31 {
  32   setupActions();
  33   setupMainMenu();
  34
  35   //This next setWhatsThis function prevents
  36   // a segfault when using WhatsThis feature with
  37   // opengl widget.
  38   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  39   setCentralWidget(&browser);
  40   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  41   // to call update()
  42   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), &browser, SLOT(update()));
  43
  44   mussaViewTB.addAction(toggleMotifsAction);
  45
  46   zoomLabel.setPixmap(QIcon("icons/viewmag.png").pixmap(16, 16));
  47   zoomLabel.setToolTip(tr("Zoom"));
  48   zoomLabel.setWhatsThis(tr("Zoom magnification factor"));
  49   mussaViewTB.addWidget(&zoomLabel);
  50
  51   zoomBox.setToolTip(tr("Zoom"));
  52   zoomBox.setWhatsThis(tr("Zoom magnification factor"));
  53   zoomBox.setRange(1,10000000);
  54   mussaViewTB.addWidget(&zoomBox);
  55   connect(&zoomBox, SIGNAL(valueChanged(int)),
  56           &browser, SLOT(setZoom(int)));
  57
  58   threshold.setRange(19, 30);
  59   threshold.setThreshold(19);
  60   //scene->setClipPlane(20);
  61   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  62   //connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  63   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  64   connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  65           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  66   mussaViewTB.addWidget(&threshold);
  67
  68   addToolBar(&mussaViewTB);
  69
  70   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  71   updateAnalysis();
  72 }
  73
  74 void MussaWindow::setAnalysis(Mussa *new_analysis)
  75 {
  76   if (new_analysis != 0) {
  77     // only switch mussas if we loaded without error
  78     delete analysis;
  79     analysis = new_analysis;
  80     updateAnalysis();
  81   }
  82 }
  83
  84 void MussaWindow::setupActions()
  85 {
  86   // we really don't want to run this more than once.
  87   assert (closeAction == 0);
  88
  89   // the ever popular about box
  90   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
  91   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
  92   aboutAction->setIcon(QIcon("icons/info.png"));
  93
  94   // add exit
  95   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
  96   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
  97   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
  98   closeAction->setIcon(QIcon("icons/exit.png"));
  99
 100   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Define Analysis"), this);
 101   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 102           this, SLOT(createNewAnalysis()));
 103   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/filenew.png"));
 104
 105   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Define SubAnalysis"), this);
 106   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 107           this, SLOT(createSubAnalysis()));
 108
 109   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 110   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 111
 112   loadMotifListAction = new QAction(tr("Load Motif List"), this);
 113   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 114           this, SLOT(loadMotifList()));
 115   loadMotifListAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 116
 117   loadMupaAction = new QAction(tr("Load Mussa Parameters"), this);
 118   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 119           this, SLOT(loadMupa()));
 120   loadMupaAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 121
 122   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("Load &Analysis"), this);
 123   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 124           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 125   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 126
 127   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 128   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 129           this, SLOT(saveMotifList()));
 130   saveMotifListAction->setIcon(QIcon("icons/filesave.png"));
 131
 132   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 133   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 134           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 135   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 136   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 137
 138   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 139   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 140           this, SLOT(toggleMotifs()));
 141   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 142   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon("icons/motif_icon.png"));
 143   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 144                                    "You can load motif annotations via "
 145                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 146
 147   //Save pixel map action
 148   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 149   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 150           &browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 151   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon("icons/image2.png"));
 152
 153   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View mussa alignment"), this);
 154   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 155           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 156   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 157                                             "showing alignment of the seqcomp "
 158                                             "defined paths"));
 159
 160   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 161   whatsThisAction->setIcon(QIcon("icons/help.png"));
 162
 163 }
 164
 165 void MussaWindow::setupMainMenu()
 166 {
 167   // we need to run setupActions first
 168   assert (closeAction != 0);
 169
 170   QMenu *newMenu;
 171   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 172   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 173   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 174   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 175   //newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 176   newMenu->addSeparator();
 177   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 178   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 179   newMenu->addSeparator();
 180   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 181   newMenu->addSeparator();
 182   newMenu->addAction(closeAction);
 183
 184   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 185   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 186   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 187   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 188
 189   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 190   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 191   newMenu->addSeparator();
 192   newMenu->addAction(aboutAction);
 193 }
 194
 195 void MussaWindow::about()
 196 {
 197   QString msg("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 198               "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 199               "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n");
 200    msg += "\n\r";
 201    msg += "Path: ";
 202    msg += QDir::currentPath();
 203    msg += "\n";
 204    msg += "OpenGL: ";
 205    msg += (char *)glGetString(GL_VERSION);
 206    msg += "\n";
 207    QMessageBox::about(this, tr("About mussa"), msg);
 208 }
 209
 210 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 211 {
 212   MussaSetupDialog *msd = new MussaSetupDialog(this);
 213   try {
 214     if (msd->exec()) {
 215       Mussa *m = 0;
 216       m = msd->getMussa();
 217       setAnalysis(m);
 218     } else {
 219       std::cout << "New mussa exp. aborted!\n";
 220     }
 221   } catch(mussa_error e) {
 222     QString msg(e.what());
 223     QMessageBox::warning(this, tr("Create New Analysis"), msg);
 224   }
 225   delete msd;
 226 }
 227
 228 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 229 {
 230   NotImplementedBox();
 231 }
 232
 233 void MussaWindow::editMotifs()
 234 {
 235   if (motif_editor != 0) {
 236     motif_editor->hide();
 237     delete motif_editor;
 238   }
 239   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 240   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 241           this, SLOT(updateAnnotations()));
 242   motif_editor->show();
 243 }
 244
 245 void MussaWindow::loadMotifList()
 246 {
 247   QString caption("Load a motif list");
 248   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 249   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 250                                                    caption,
 251                                                    QDir::currentPath(),
 252                                                    filter);
 253   // user hit cancel?
 254   if (path.isNull())
 255     return;
 256   // try to load safely
 257   try {
 258     analysis->load_motifs(path.toStdString());
 259   } catch (runtime_error e) {
 260     QString msg("Unable to load ");
 261     msg += path;
 262     msg += "\n";
 263     msg += e.what();
 264     QMessageBox::warning(this, "Load Motifs", msg);
 265   }
 266   assert (analysis != 0);
 267 }
 268
 269 void MussaWindow::saveMotifList()
 270 {
 271   NotImplementedBox();
 272 }
 273
 274 void MussaWindow::loadMupa()
 275 {
 276   QString caption("Load a mussa parameter file");
 277   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 278   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 279                                                    caption,
 280                                                    QDir::currentPath(),
 281                                                    filter);
 282   // user hit cancel?
 283   if (mupa_path.isNull())
 284     return;
 285   // try to load safely
 286   try {
 287     Mussa *m = new Mussa;
 288     m->load_mupa_file(mupa_path.toStdString());
 289     m->analyze(0, 0, Mussa::TransitiveNway, 0.0);
 290     setAnalysis(m);
 291   } catch (mussa_load_error e) {
 292     QString msg("Unable to load ");
 293     msg += mupa_path;
 294     msg += "\n";
 295     msg += e.what();
 296     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 297   }
 298   assert (analysis != 0);
 299 }
 300
 301 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 302 {
 303   QString caption("Load a previously run analysis");
 304   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(this,
 305                                                         caption,
 306                                                         QDir::currentPath());
 307   // user hit cancel?
 308   if (muway_dir.isNull())
 309     return;
 310   // try to safely load
 311   try {
 312     Mussa *m = new Mussa;
 313     m->load(muway_dir.toStdString());
 314     // only switch mussas if we loaded without error
 315     setAnalysis(m);
 316   } catch (mussa_load_error e) {
 317     QString msg("Unable to load ");
 318     msg += muway_dir;
 319     msg += "\n";
 320     msg += e.what();
 321     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 322   }
 323   assert (analysis != 0);
 324 }
 325
 326 void MussaWindow::setSoftThreshold(int threshold)
 327 {
 328   if (analysis->get_soft_thres() != threshold) {
 329     analysis->set_soft_thres(threshold);
 330     analysis->nway();
 331     updateLinks();
 332     update();
 333   }
 334 }
 335
 336 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 337 {
 338   if (mussaViewTB.isVisible())
 339     mussaViewTB.hide();
 340   else
 341     mussaViewTB.show();
 342 }
 343
 344 void MussaWindow::toggleMotifs()
 345 {
 346   NotImplementedBox();
 347 }
 348
 349 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 350 {
 351   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 352 }
 353
 354 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 355 {
 356   const set<int>& selected_paths = browser.selectedPaths();
 357   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 358     QMessageBox::warning(this,
 359                          QObject::tr("mussa"),
 360                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 361                                      "first"));
 362   } else {
 363     MussaAlignedWindow *ma_win = new MussaAlignedWindow(*analysis,
 364                                                         selected_paths);
 365     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 366             ma_win, SLOT(update()));
 367     aligned_windows.push_back(ma_win);
 368     ma_win->show();
 369   }
 370 }
 371
 372 void MussaWindow::updateAnalysis()
 373 {
 374   cout << "analysis updated" << endl;
 375   for (list<MussaAlignedWindow *>::iterator maw_i = aligned_windows.begin();
 376        maw_i != aligned_windows.end();
 377        ++maw_i)
 378   {
 379     (*maw_i)->hide();
 380     delete *maw_i;
 381   }
 382
 383   browser.clear();
 384   const vector<Sequence>& seqs = analysis->sequences();
 385   browser.setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 386   updateLinks();
 387   browser.zoomOut();
 388   cout << "browser zoom " <<  browser.zoom() << endl;
 389   zoomBox.setValue(browser.zoom());
 390 }
 391
 392 void MussaWindow::updateAnnotations()
 393 {
 394   // motifs were changed in the sequences by
 395   // Mussa::update_sequences_motifs
 396   emit changedAnnotations();
 397   browser.update();
 398 }
 399
 400 void MussaWindow::updateLinks()
 401 {
 402   browser.clear_links();
 403   bool reversed = false;
 404   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 405
 406   typedef list<ExtendedConservedPath> conserved_paths;
 407   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 408   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 409       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 410       ++path_itor)
 411   {
 412     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 413     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 414     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 415     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 416     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 417     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 418
 419     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 420     vector<int> normalized_path;
 421     normalized_path.reserve(track_len);
 422     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 423     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 424     {
 425       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 426       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 427       // track of the score we can put grab the depth here.
 428       //
 429       // are we reverse complimented?
 430       if ( x>=0) {
 431         reversed = false;
 432       } else {
 433         reversed = true;
 434         x = -x; // make positive
 435       }
 436       normalized_path.push_back(x);
 437       rc_flags.push_back(reversed);
 438     }
 439     browser.link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 440   }
 441   browser.update();
 442 }
 443