qui/MussaWindow.cpp

   1 #include <QAction>
   2 #include <QDir>
   3 #include <QFileDialog>
   4 #include <QHBoxLayout>
   5 #include <QIcon>
   6 #include <QMenuBar>
   7 #include <QMessageBox>
   8 #include <QScrollBar>
   9 #include <QStatusBar>
  10 #include <QString>
  11 #include <QWhatsThis>
  12
  13 #include "qui/MussaWindow.hpp"
  14 #include "mussa_exceptions.hpp"
  15
  16 #include <iostream>
  17
  18 using namespace std;
  19
  20 MussaWindow::MussaWindow(Mussa *analysis_, QWidget *parent) :
  21   QMainWindow(parent),
  22   analysis(analysis_),
  23   browser(this),
  24   mussaViewTB("Path Views"),
  25   zoomBox(),
  26   threshold(),
  27   closeAction(0) // initialize one of the pointers to null as a saftey flag
  28 {
  29   setupActions();
  30   setupMainMenu();
  31
  32   //This next setWhatsThis function prevents
  33   // a segfault when using WhatsThis feature with
  34   // opengl widget.
  35   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  36   setCentralWidget(&browser);
  37
  38   mussaViewTB.addAction(toggleMotifsAction);
  39
  40   zoomBox.setWhatsThis("zoom magnification factor");
  41   zoomBox.setRange(2,1000);
  42   mussaViewTB.addWidget(&zoomBox);
  43   connect(&zoomBox, SIGNAL(valueChanged(int)),
  44           &browser, SLOT(setZoom(int)));
  45
  46   threshold.setRange(19, 30);
  47   threshold.setThreshold(19);
  48   //scene->setClipPlane(20);
  49   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  50   //connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  51   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  52   connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  53           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  54   mussaViewTB.addWidget(&threshold);
  55
  56   addToolBar(&mussaViewTB);
  57
  58   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  59   updateAnalysis();
  60 }
  61
  62 void MussaWindow::setupActions()
  63 {
  64   // we really don't want to run this more than once.
  65   assert (closeAction == 0);
  66
  67   // the ever popular about box
  68   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
  69   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
  70   aboutAction->setIcon(QIcon("icons/info.png"));
  71
  72   // add exit
  73   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
  74   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
  75   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
  76   closeAction->setIcon(QIcon("icons/exit.png"));
  77
  78   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Define Analysis"), this);
  79   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  80           this, SLOT(createNewAnalysis()));
  81   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/filenew.png"));
  82
  83   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Define SubAnalysis"), this);
  84   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  85           this, SLOT(createSubAnalysis()));
  86
  87   loadMotifListAction = new QAction(tr("Load Motif List"), this);
  88   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
  89           this, SLOT(loadMotifList()));
  90
  91   loadMupaAction = new QAction(tr("Load Mussa Parameters"), this);
  92   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
  93           this, SLOT(loadMupa()));
  94
  95   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("Load &Analysis"), this);
  96   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  97           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
  98   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
  99
 100   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 101   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 102           this, SLOT(saveMotifList()));
 103   saveMotifListAction->setIcon(QIcon("icons/filesave.png"));
 104
 105   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 106   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 107           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 108   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 109   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 110
 111   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 112   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 113           this, SLOT(toggleMotifs()));
 114   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 115   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon("icons/motif_icon.png"));
 116   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 117                                    "You can load motif annotations via "
 118                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 119
 120   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 121   whatsThisAction->setIcon(QIcon("icons/help.png"));
 122
 123   //Save pixel map action
 124   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 125   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 126           &browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 127   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon("icons/image2.png"));
 128 }
 129
 130 void MussaWindow::setupMainMenu()
 131 {
 132   // we need to run setupActions first
 133   assert (closeAction != 0);
 134
 135   QMenu *newMenu;
 136   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 137   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 138   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 139   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 140   newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 141   newMenu->addSeparator();
 142   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 143   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 144   newMenu->addSeparator();
 145   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 146   newMenu->addSeparator();
 147   newMenu->addAction(closeAction);
 148
 149   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 150   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 151
 152   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 153   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 154   newMenu->addSeparator();
 155   newMenu->addAction(aboutAction);
 156 }
 157
 158 void MussaWindow::about()
 159 {
 160   QMessageBox::about(this, tr("About mussa"),
 161       tr("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 162          "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 163          "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n"));
 164 }
 165
 166 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 167 {
 168   NotImplementedBox();
 169 }
 170
 171 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 172 {
 173   NotImplementedBox();
 174 }
 175
 176
 177 void MussaWindow::loadMotifList()
 178 {
 179   QString caption("Load a motif list");
 180   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 181   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 182                                                    caption,
 183                                                    QDir::currentPath(),
 184                                                    filter);
 185   // user hit cancel?
 186   if (path.isNull())
 187     return;
 188   // try to load safely
 189   try {
 190     analysis->load_motifs(path.toStdString());
 191   } catch (runtime_error e) {
 192     QString msg("Unable to load ");
 193     msg += path;
 194     msg += "\n";
 195     msg += e.what();
 196     QMessageBox::warning(this, "Load Motifs", msg);
 197   }
 198   assert (analysis != 0);
 199 }
 200
 201 void MussaWindow::saveMotifList()
 202 {
 203   NotImplementedBox();
 204 }
 205
 206 void MussaWindow::loadMupa()
 207 {
 208   QString caption("Load a mussa parameter file");
 209   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 210   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 211                                                    caption,
 212                                                    QDir::currentPath(),
 213                                                    filter);
 214   // user hit cancel?
 215   if (mupa_path.isNull())
 216     return;
 217   // try to load safely
 218   try {
 219     Mussa *m = new Mussa;
 220     m->load_mupa_file(mupa_path.toStdString());
 221     m->analyze(0, 0, Mussa::TransitiveNway, 0.0);
 222     // only switch mussas if we loaded without error
 223     delete analysis;
 224     analysis = m;
 225     updateAnalysis();
 226   } catch (mussa_load_error e) {
 227     QString msg("Unable to load ");
 228     msg += mupa_path;
 229     msg += "\n";
 230     msg += e.what();
 231     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 232   }
 233   assert (analysis != 0);
 234 }
 235
 236 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 237 {
 238   QString caption("Load a previously run analysis");
 239   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(this,
 240                                                         caption,
 241                                                         QDir::currentPath());
 242   // user hit cancel?
 243   if (muway_dir.isNull())
 244     return;
 245   // try to safely load
 246   try {
 247     Mussa *m = new Mussa;
 248     m->load(muway_dir.toStdString());
 249     // only switch mussas if we loaded without error
 250     delete analysis;
 251     analysis = m;
 252     updateAnalysis();
 253   } catch (mussa_load_error e) {
 254     QString msg("Unable to load ");
 255     msg += muway_dir;
 256     msg += "\n";
 257     msg += e.what();
 258     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 259   }
 260   assert (analysis != 0);
 261 }
 262
 263 void MussaWindow::setSoftThreshold(int threshold)
 264 {
 265   if (analysis->get_soft_thres() != threshold) {
 266     analysis->set_soft_thres(threshold);
 267     analysis->nway();
 268     updateLinks();
 269     update();
 270   }
 271 }
 272
 273 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 274 {
 275   if (mussaViewTB.isVisible())
 276     mussaViewTB.hide();
 277   else
 278     mussaViewTB.show();
 279 }
 280
 281 void MussaWindow::toggleMotifs()
 282 {
 283   NotImplementedBox();
 284 }
 285
 286 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 287 {
 288   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 289 }
 290
 291 void MussaWindow::updateAnalysis()
 292 {
 293   cout << "analysis updated" << endl;
 294   browser.clear();
 295   const vector<Sequence>& seqs = analysis->sequences();
 296   browser.setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 297   updateLinks();
 298 }
 299
 300 void MussaWindow::updateLinks()
 301 {
 302   browser.clear_links();
 303   bool reversed = false;
 304   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 305
 306   typedef list<ExtendedConservedPath> conserved_paths;
 307   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 308   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 309       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 310       ++path_itor)
 311   {
 312     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 313     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 314     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 315     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 316     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 317     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 318
 319     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 320     vector<int> normalized_path;
 321     normalized_path.reserve(track_len);
 322     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 323     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 324     {
 325       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 326       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 327       // track of the score we can put grab the depth here.
 328       //
 329       // are we reverse complimented?
 330       if ( x>=0) {
 331         reversed = false;
 332       } else {
 333         reversed = true;
 334         x = -x; // make positive
 335       }
 336       normalized_path.push_back(x);
 337       rc_flags.push_back(reversed);
 338     }
 339     browser.link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 340   }
 341   browser.update();
 342 }
 343