qui/MussaWindow.cpp

   1 #include <QAction>
   2 #include <QDir>
   3 #include <QFileDialog>
   4 #include <QHBoxLayout>
   5 #include <QIcon>
   6 #include <QMenuBar>
   7 #include <QMessageBox>
   8 #include <QScrollBar>
   9 #include <QStatusBar>
  10 #include <QString>
  11 #include <QWhatsThis>
  12
  13 #include "qui/MussaWindow.hpp"
  14 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  15 #include "mussa_exceptions.hpp"
  16
  17 #include <iostream>
  18
  19 using namespace std;
  20
  21 MussaWindow::MussaWindow(Mussa *analysis_, QWidget *parent) :
  22   QMainWindow(parent),
  23   analysis(analysis_),
  24   motif_editor(0),
  25   browser(this),
  26   mussaViewTB("Path Views"),
  27   zoomBox(),
  28   threshold(),
  29   zoomLabel(),
  30   closeAction(0) // initialize one of the pointers to null as a saftey flag
  31 {
  32   setupActions();
  33   setupMainMenu();
  34
  35   //This next setWhatsThis function prevents
  36   // a segfault when using WhatsThis feature with
  37   // opengl widget.
  38   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  39   setCentralWidget(&browser);
  40   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  41   // to call update()
  42   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), &browser, SLOT(update()));
  43
  44   mussaViewTB.addAction(toggleMotifsAction);
  45
  46   zoomLabel.setPixmap(QIcon("icons/viewmag.png").pixmap(16, 16));
  47   zoomLabel.setToolTip(tr("Zoom"));
  48   zoomLabel.setWhatsThis(tr("Zoom magnification factor"));
  49   mussaViewTB.addWidget(&zoomLabel);
  50
  51   zoomBox.setToolTip(tr("Zoom"));
  52   zoomBox.setWhatsThis(tr("Zoom magnification factor"));
  53   zoomBox.setRange(1,10000000);
  54   mussaViewTB.addWidget(&zoomBox);
  55   connect(&zoomBox, SIGNAL(valueChanged(int)),
  56           &browser, SLOT(setZoom(int)));
  57
  58   threshold.setRange(19, 30);
  59   threshold.setThreshold(19);
  60   //scene->setClipPlane(20);
  61   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  62   //connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  63   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  64   connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  65           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  66   mussaViewTB.addWidget(&threshold);
  67
  68   addToolBar(&mussaViewTB);
  69
  70   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  71   updateAnalysis();
  72 }
  73
  74 void MussaWindow::setupActions()
  75 {
  76   // we really don't want to run this more than once.
  77   assert (closeAction == 0);
  78
  79   // the ever popular about box
  80   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
  81   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
  82   aboutAction->setIcon(QIcon("icons/info.png"));
  83
  84   // add exit
  85   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
  86   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
  87   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
  88   closeAction->setIcon(QIcon("icons/exit.png"));
  89
  90   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Define Analysis"), this);
  91   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  92           this, SLOT(createNewAnalysis()));
  93   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/filenew.png"));
  94
  95   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Define SubAnalysis"), this);
  96   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  97           this, SLOT(createSubAnalysis()));
  98
  99   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 100   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 101
 102   loadMotifListAction = new QAction(tr("Load Motif List"), this);
 103   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 104           this, SLOT(loadMotifList()));
 105
 106   loadMupaAction = new QAction(tr("Load Mussa Parameters"), this);
 107   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 108           this, SLOT(loadMupa()));
 109
 110   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("Load &Analysis"), this);
 111   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 112           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 113   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 114
 115   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 116   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 117           this, SLOT(saveMotifList()));
 118   saveMotifListAction->setIcon(QIcon("icons/filesave.png"));
 119
 120   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 121   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 122           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 123   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 124   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 125
 126   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 127   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 128           this, SLOT(toggleMotifs()));
 129   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 130   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon("icons/motif_icon.png"));
 131   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 132                                    "You can load motif annotations via "
 133                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 134
 135   //Save pixel map action
 136   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 137   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 138           &browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 139   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon("icons/image2.png"));
 140
 141   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View mussa alignment"), this);
 142   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 143           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 144   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 145                                             "showing alignment of the seqcomp "
 146                                             "defined paths"));
 147
 148   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 149   whatsThisAction->setIcon(QIcon("icons/help.png"));
 150
 151 }
 152
 153 void MussaWindow::setupMainMenu()
 154 {
 155   // we need to run setupActions first
 156   assert (closeAction != 0);
 157
 158   QMenu *newMenu;
 159   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 160   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 161   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 162   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 163   newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 164   newMenu->addSeparator();
 165   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 166   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 167   newMenu->addSeparator();
 168   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 169   newMenu->addSeparator();
 170   newMenu->addAction(closeAction);
 171
 172   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 173   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 174   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 175   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 176
 177   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 178   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 179   newMenu->addSeparator();
 180   newMenu->addAction(aboutAction);
 181 }
 182
 183 void MussaWindow::about()
 184 {
 185   QMessageBox::about(this, tr("About mussa"),
 186       tr("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 187          "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 188          "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n"));
 189 }
 190
 191 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 192 {
 193   MussaSetupDialog *msd = new MussaSetupDialog(this);
 194   if (msd->exec())
 195   {
 196     std::cout << "New mussa exp. defined!\n";
 197   }
 198   else
 199   {
 200     std::cout << "New mussa exp. aborted!\n";
 201   }
 202   delete msd;
 203 }
 204
 205 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 206 {
 207   NotImplementedBox();
 208 }
 209
 210 void MussaWindow::editMotifs()
 211 {
 212   if (motif_editor != 0) {
 213     motif_editor->hide();
 214     delete motif_editor;
 215   }
 216   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 217   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 218           this, SLOT(updateAnnotations()));
 219   motif_editor->show();
 220 }
 221
 222 void MussaWindow::loadMotifList()
 223 {
 224   QString caption("Load a motif list");
 225   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 226   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 227                                                    caption,
 228                                                    QDir::currentPath(),
 229                                                    filter);
 230   // user hit cancel?
 231   if (path.isNull())
 232     return;
 233   // try to load safely
 234   try {
 235     analysis->load_motifs(path.toStdString());
 236   } catch (runtime_error e) {
 237     QString msg("Unable to load ");
 238     msg += path;
 239     msg += "\n";
 240     msg += e.what();
 241     QMessageBox::warning(this, "Load Motifs", msg);
 242   }
 243   assert (analysis != 0);
 244 }
 245
 246 void MussaWindow::saveMotifList()
 247 {
 248   NotImplementedBox();
 249 }
 250
 251 void MussaWindow::loadMupa()
 252 {
 253   QString caption("Load a mussa parameter file");
 254   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 255   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 256                                                    caption,
 257                                                    QDir::currentPath(),
 258                                                    filter);
 259   // user hit cancel?
 260   if (mupa_path.isNull())
 261     return;
 262   // try to load safely
 263   try {
 264     Mussa *m = new Mussa;
 265     m->load_mupa_file(mupa_path.toStdString());
 266     m->analyze(0, 0, Mussa::TransitiveNway, 0.0);
 267     // only switch mussas if we loaded without error
 268     delete analysis;
 269     analysis = m;
 270     updateAnalysis();
 271   } catch (mussa_load_error e) {
 272     QString msg("Unable to load ");
 273     msg += mupa_path;
 274     msg += "\n";
 275     msg += e.what();
 276     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 277   }
 278   assert (analysis != 0);
 279 }
 280
 281 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 282 {
 283   QString caption("Load a previously run analysis");
 284   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(this,
 285                                                         caption,
 286                                                         QDir::currentPath());
 287   // user hit cancel?
 288   if (muway_dir.isNull())
 289     return;
 290   // try to safely load
 291   try {
 292     Mussa *m = new Mussa;
 293     m->load(muway_dir.toStdString());
 294     // only switch mussas if we loaded without error
 295     delete analysis;
 296     analysis = m;
 297     updateAnalysis();
 298   } catch (mussa_load_error e) {
 299     QString msg("Unable to load ");
 300     msg += muway_dir;
 301     msg += "\n";
 302     msg += e.what();
 303     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 304   }
 305   assert (analysis != 0);
 306 }
 307
 308 void MussaWindow::setSoftThreshold(int threshold)
 309 {
 310   if (analysis->get_soft_thres() != threshold) {
 311     analysis->set_soft_thres(threshold);
 312     analysis->nway();
 313     updateLinks();
 314     update();
 315   }
 316 }
 317
 318 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 319 {
 320   if (mussaViewTB.isVisible())
 321     mussaViewTB.hide();
 322   else
 323     mussaViewTB.show();
 324 }
 325
 326 void MussaWindow::toggleMotifs()
 327 {
 328   NotImplementedBox();
 329 }
 330
 331 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 332 {
 333   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 334 }
 335
 336 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 337 {
 338   const set<int>& selected_paths = browser.selectedPaths();
 339   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 340     QMessageBox::warning(this,
 341                          QObject::tr("mussa"),
 342                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 343                                      "first"));
 344   } else {
 345     MussaAlignedWindow *ma_win = new MussaAlignedWindow(*analysis,
 346                                                         selected_paths);
 347     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 348             ma_win, SLOT(update()));
 349     aligned_windows.push_back(ma_win);
 350     ma_win->show();
 351   }
 352 }
 353
 354 void MussaWindow::updateAnalysis()
 355 {
 356   cout << "analysis updated" << endl;
 357   for (list<MussaAlignedWindow *>::iterator maw_i = aligned_windows.begin();
 358        maw_i != aligned_windows.end();
 359        ++maw_i)
 360   {
 361     (*maw_i)->hide();
 362     delete *maw_i;
 363   }
 364
 365   browser.clear();
 366   const vector<Sequence>& seqs = analysis->sequences();
 367   browser.setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 368   updateLinks();
 369   browser.zoomOut();
 370   cout << "browser zoom " <<  browser.zoom() << endl;
 371   zoomBox.setValue(browser.zoom());
 372 }
 373
 374 void MussaWindow::updateAnnotations()
 375 {
 376   // motifs were changed in the sequences by
 377   // Mussa::update_sequences_motifs
 378   emit changedAnnotations();
 379   browser.update();
 380 }
 381
 382 void MussaWindow::updateLinks()
 383 {
 384   browser.clear_links();
 385   bool reversed = false;
 386   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 387
 388   typedef list<ExtendedConservedPath> conserved_paths;
 389   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 390   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 391       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 392       ++path_itor)
 393   {
 394     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 395     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 396     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 397     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 398     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 399     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 400
 401     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 402     vector<int> normalized_path;
 403     normalized_path.reserve(track_len);
 404     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 405     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 406     {
 407       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 408       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 409       // track of the score we can put grab the depth here.
 410       //
 411       // are we reverse complimented?
 412       if ( x>=0) {
 413         reversed = false;
 414       } else {
 415         reversed = true;
 416         x = -x; // make positive
 417       }
 418       normalized_path.push_back(x);
 419       rc_flags.push_back(reversed);
 420     }
 421     browser.link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 422   }
 423   browser.update();
 424 }
 425