qui/MussaWindow.cpp

   1 #include <QAction>
   2 #include <QDir>
   3 #include <QFileDialog>
   4 #include <QHBoxLayout>
   5 #include <QIcon>
   6 #include <QMenuBar>
   7 #include <QMessageBox>
   8 #include <QScrollBar>
   9 #include <QStatusBar>
  10 #include <QString>
  11 #include <QWhatsThis>
  12
  13 #include "qui/MussaWindow.hpp"
  14 #include "mussa_exceptions.hpp"
  15
  16 #include <iostream>
  17
  18 using namespace std;
  19
  20 MussaWindow::MussaWindow(Mussa *analysis_, QWidget *parent) :
  21   QMainWindow(parent),
  22   analysis(analysis_),
  23   browser(this),
  24   mussaViewTB("Path Views"),
  25   zoomBox(),
  26   threshold(),
  27   zoomLabel(),
  28   closeAction(0) // initialize one of the pointers to null as a saftey flag
  29 {
  30   setupActions();
  31   setupMainMenu();
  32
  33   //This next setWhatsThis function prevents
  34   // a segfault when using WhatsThis feature with
  35   // opengl widget.
  36   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  37   setCentralWidget(&browser);
  38
  39   mussaViewTB.addAction(toggleMotifsAction);
  40
  41   zoomLabel.setPixmap(QIcon("icons/viewmag.png").pixmap(16, 16));
  42   zoomLabel.setToolTip(tr("Zoom"));
  43   zoomLabel.setWhatsThis(tr("Zoom magnification factor"));
  44   mussaViewTB.addWidget(&zoomLabel);
  45
  46   zoomBox.setToolTip(tr("Zoom"));
  47   zoomBox.setWhatsThis(tr("Zoom magnification factor"));
  48   zoomBox.setRange(2,1000);
  49   mussaViewTB.addWidget(&zoomBox);
  50   connect(&zoomBox, SIGNAL(valueChanged(int)),
  51           &browser, SLOT(setZoom(int)));
  52
  53   threshold.setRange(19, 30);
  54   threshold.setThreshold(19);
  55   //scene->setClipPlane(20);
  56   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  57   //connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  58   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  59   connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  60           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  61   mussaViewTB.addWidget(&threshold);
  62
  63   addToolBar(&mussaViewTB);
  64
  65   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  66   updateAnalysis();
  67 }
  68
  69 void MussaWindow::setupActions()
  70 {
  71   // we really don't want to run this more than once.
  72   assert (closeAction == 0);
  73
  74   // the ever popular about box
  75   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
  76   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
  77   aboutAction->setIcon(QIcon("icons/info.png"));
  78
  79   // add exit
  80   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
  81   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
  82   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
  83   closeAction->setIcon(QIcon("icons/exit.png"));
  84
  85   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Define Analysis"), this);
  86   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  87           this, SLOT(createNewAnalysis()));
  88   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/filenew.png"));
  89
  90   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Define SubAnalysis"), this);
  91   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  92           this, SLOT(createSubAnalysis()));
  93
  94   loadMotifListAction = new QAction(tr("Load Motif List"), this);
  95   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
  96           this, SLOT(loadMotifList()));
  97
  98   loadMupaAction = new QAction(tr("Load Mussa Parameters"), this);
  99   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 100           this, SLOT(loadMupa()));
 101
 102   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("Load &Analysis"), this);
 103   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 104           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 105   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 106
 107   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 108   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 109           this, SLOT(saveMotifList()));
 110   saveMotifListAction->setIcon(QIcon("icons/filesave.png"));
 111
 112   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 113   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 114           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 115   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 116   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 117
 118   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 119   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 120           this, SLOT(toggleMotifs()));
 121   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 122   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon("icons/motif_icon.png"));
 123   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 124                                    "You can load motif annotations via "
 125                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 126
 127   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 128   whatsThisAction->setIcon(QIcon("icons/help.png"));
 129
 130   //Save pixel map action
 131   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 132   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 133           &browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 134   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon("icons/image2.png"));
 135 }
 136
 137 void MussaWindow::setupMainMenu()
 138 {
 139   // we need to run setupActions first
 140   assert (closeAction != 0);
 141
 142   QMenu *newMenu;
 143   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 144   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 145   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 146   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 147   newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 148   newMenu->addSeparator();
 149   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 150   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 151   newMenu->addSeparator();
 152   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 153   newMenu->addSeparator();
 154   newMenu->addAction(closeAction);
 155
 156   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 157   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 158
 159   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 160   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 161   newMenu->addSeparator();
 162   newMenu->addAction(aboutAction);
 163 }
 164
 165 void MussaWindow::about()
 166 {
 167   QMessageBox::about(this, tr("About mussa"),
 168       tr("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 169          "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 170          "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n"));
 171 }
 172
 173 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 174 {
 175   NotImplementedBox();
 176 }
 177
 178 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 179 {
 180   NotImplementedBox();
 181 }
 182
 183
 184 void MussaWindow::loadMotifList()
 185 {
 186   QString caption("Load a motif list");
 187   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 188   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 189                                                    caption,
 190                                                    QDir::currentPath(),
 191                                                    filter);
 192   // user hit cancel?
 193   if (path.isNull())
 194     return;
 195   // try to load safely
 196   try {
 197     analysis->load_motifs(path.toStdString());
 198   } catch (runtime_error e) {
 199     QString msg("Unable to load ");
 200     msg += path;
 201     msg += "\n";
 202     msg += e.what();
 203     QMessageBox::warning(this, "Load Motifs", msg);
 204   }
 205   assert (analysis != 0);
 206 }
 207
 208 void MussaWindow::saveMotifList()
 209 {
 210   NotImplementedBox();
 211 }
 212
 213 void MussaWindow::loadMupa()
 214 {
 215   QString caption("Load a mussa parameter file");
 216   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 217   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 218                                                    caption,
 219                                                    QDir::currentPath(),
 220                                                    filter);
 221   // user hit cancel?
 222   if (mupa_path.isNull())
 223     return;
 224   // try to load safely
 225   try {
 226     Mussa *m = new Mussa;
 227     m->load_mupa_file(mupa_path.toStdString());
 228     m->analyze(0, 0, Mussa::TransitiveNway, 0.0);
 229     // only switch mussas if we loaded without error
 230     delete analysis;
 231     analysis = m;
 232     updateAnalysis();
 233   } catch (mussa_load_error e) {
 234     QString msg("Unable to load ");
 235     msg += mupa_path;
 236     msg += "\n";
 237     msg += e.what();
 238     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 239   }
 240   assert (analysis != 0);
 241 }
 242
 243 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 244 {
 245   QString caption("Load a previously run analysis");
 246   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(this,
 247                                                         caption,
 248                                                         QDir::currentPath());
 249   // user hit cancel?
 250   if (muway_dir.isNull())
 251     return;
 252   // try to safely load
 253   try {
 254     Mussa *m = new Mussa;
 255     m->load(muway_dir.toStdString());
 256     // only switch mussas if we loaded without error
 257     delete analysis;
 258     analysis = m;
 259     updateAnalysis();
 260   } catch (mussa_load_error e) {
 261     QString msg("Unable to load ");
 262     msg += muway_dir;
 263     msg += "\n";
 264     msg += e.what();
 265     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 266   }
 267   assert (analysis != 0);
 268 }
 269
 270 void MussaWindow::setSoftThreshold(int threshold)
 271 {
 272   if (analysis->get_soft_thres() != threshold) {
 273     analysis->set_soft_thres(threshold);
 274     analysis->nway();
 275     updateLinks();
 276     update();
 277   }
 278 }
 279
 280 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 281 {
 282   if (mussaViewTB.isVisible())
 283     mussaViewTB.hide();
 284   else
 285     mussaViewTB.show();
 286 }
 287
 288 void MussaWindow::toggleMotifs()
 289 {
 290   NotImplementedBox();
 291 }
 292
 293 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 294 {
 295   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 296 }
 297
 298 void MussaWindow::updateAnalysis()
 299 {
 300   cout << "analysis updated" << endl;
 301   browser.clear();
 302   const vector<Sequence>& seqs = analysis->sequences();
 303   browser.setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 304   updateLinks();
 305 }
 306
 307 void MussaWindow::updateLinks()
 308 {
 309   browser.clear_links();
 310   bool reversed = false;
 311   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 312
 313   typedef list<ExtendedConservedPath> conserved_paths;
 314   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 315   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 316       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 317       ++path_itor)
 318   {
 319     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 320     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 321     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 322     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 323     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 324     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 325
 326     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 327     vector<int> normalized_path;
 328     normalized_path.reserve(track_len);
 329     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 330     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 331     {
 332       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 333       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 334       // track of the score we can put grab the depth here.
 335       //
 336       // are we reverse complimented?
 337       if ( x>=0) {
 338         reversed = false;
 339       } else {
 340         reversed = true;
 341         x = -x; // make positive
 342       }
 343       normalized_path.push_back(x);
 344       rc_flags.push_back(reversed);
 345     }
 346     browser.link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 347   }
 348   browser.update();
 349 }
 350