qui/MussaWindow.cpp

   1 #include "py/python.hpp"
   2 #include "qui/MussaWindow.hpp"
   3 #include "mussa_exceptions.hpp"
   4
   5 #include <QAction>
   6 #include <QApplication>
   7 #include <QAssistantClient>
   8 #include <QCloseEvent>
   9 #include <QDir>
  10 #include <QFileDialog>
  11 #include <QHBoxLayout>
  12 #include <QIcon>
  13 #include <QMenuBar>
  14 #include <QMessageBox>
  15 #include <QScrollBar>
  16 #include <QStatusBar>
  17 #include <QString>
  18 #include <QStringList>
  19 #include <QWhatsThis>
  20
  21 #include <memory>
  22 #include <iterator>
  23 #include <iostream>
  24
  25 #include <boost/filesystem/path.hpp>
  26 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  27 namespace fs = boost::filesystem;
  28 #include <boost/bind.hpp>
  29
  30 using namespace std;
  31
  32 MussaWindow::MussaWindow(Mussa *analysis_, QWidget *parent) :
  33   QMainWindow(parent),
  34   analysis(analysis_),
  35   motif_editor(0),
  36   setup_analysis_dialog(this),
  37   browser(this),
  38   mussaViewTB("Path Views"),
  39   zoom(),
  40   threshold(),
  41   progress_dialog(0),
  42   aboutAction(0),
  43   closeAction(0),
  44   createNewAnalysisAction(0),
  45   createSubAnalysisAction(0),
  46   editMotifsAction(0),
  47   loadMotifListAction(0),
  48   loadMupaAction(0),
  49   loadSavedAnalysisAction(0),
  50   mussaManualAssistantAction(0),
  51   newMussaWindowAction(0),
  52   saveMotifListAction(0),
  53   showMussaViewToolbarAction(0),
  54   toggleMotifsAction(0),
  55   saveBrowserPixmapAction(0),
  56   whatsThisAction(0),
  57   viewMussaAlignmentAction(0),
  58   manualAssistant(0)
  59 {
  60   setupActions();
  61   setupMainMenu();
  62   setupAssistant();
  63
  64   //This next setWhatsThis function prevents
  65   // a segfault when using WhatsThis feature with
  66   // opengl widget.
  67   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  68   setCentralWidget(&browser);
  69   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  70   // to call update()
  71   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), &browser, SLOT(update()));
  72
  73   //mussaViewTB.addAction(toggleMotifsAction);
  74   mussaViewTB.addWidget(&zoom);
  75
  76   connect(&zoom, SIGNAL(valueChanged(double)),
  77           &browser, SLOT(setZoom(double)));
  78
  79   // threshold range is set in updateAnalysis
  80
  81   //scene->setClipPlane(20);
  82   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  83   //connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  84   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  85   connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  86           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  87   mussaViewTB.addWidget(&threshold);
  88
  89   addToolBar(&mussaViewTB);
  90
  91   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  92   connect(analysis, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
  93           this, SLOT(updateProgress(const std::string&, int, int)));
  94   updateAnalysis();
  95 }
  96
  97 void MussaWindow::setAnalysis(Mussa *new_analysis)
  98 {
  99   if (new_analysis != 0) {
 100     // only switch mussas if we loaded without error
 101     clear();
 102     delete analysis;
 103     analysis = new_analysis;
 104     setWindowTitle(analysis->get_name().c_str());
 105     updateAnalysis();
 106   }
 107 }
 108
 109 void MussaWindow::setupActions()
 110 {
 111   // we really don't want to run this more than once.
 112   assert (closeAction == 0);
 113
 114   // the ever popular about box
 115   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
 116   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
 117   aboutAction->setIcon(QIcon(":/icons/info.png"));
 118
 119   // add exit
 120   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
 121   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
 122   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
 123   closeAction->setIcon(QIcon(":/icons/exit.png"));
 124
 125   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Create Analysis"), this);
 126   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 127           this, SLOT(createNewAnalysis()));
 128   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filenew.png"));
 129
 130   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Add to Subanalysis"), this);
 131   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 132           this, SLOT(createSubAnalysis()));
 133
 134   saveAnalysisAction = new QAction(tr("&Save Analysis"), this);
 135   connect(saveAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 136           this, SLOT(saveAnalysis()));
 137   saveAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 138
 139   saveAnalysisAsAction = new QAction(tr("Save Analysis &As"), this);
 140   connect(saveAnalysisAsAction, SIGNAL(triggered()),
 141           this, SLOT(saveAnalysisAs()));
 142   saveAnalysisAsAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 143
 144   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 145   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 146
 147   loadMotifListAction = new QAction(tr("Load Motif List"), this);
 148   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 149           this, SLOT(loadMotifList()));
 150   loadMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 151
 152   loadMupaAction = new QAction(tr("Create Analysis from File"), this);
 153   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 154           this, SLOT(loadMupa()));
 155   loadMupaAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 156
 157   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("Load Existing &Analysis"), this);
 158   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 159           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 160   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 161
 162   mussaManualAssistantAction = new QAction(tr("Mussagl Manual..."), this);
 163   mussaManualAssistantAction->setIcon(QIcon(":/icons/contents.png"));
 164   connect(mussaManualAssistantAction, SIGNAL(triggered()),
 165           this, SLOT(showManual()));
 166
 167   newMussaWindowAction = new QAction(tr("&New Mussa Window"), this);
 168   newMussaWindowAction->setStatusTip("open another mussa window to allow comparing results");
 169   connect(newMussaWindowAction, SIGNAL(triggered()),
 170           this, SLOT(newMussaWindow()));
 171   newMussaWindowAction->setIcon(QIcon(":/icons/window_new.png"));
 172
 173   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 174   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 175           this, SLOT(saveMotifList()));
 176   saveMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 177
 178   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 179   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 180           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 181   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 182   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 183
 184   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 185   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 186           this, SLOT(toggleMotifs()));
 187   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 188   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon(":/icons/motif_icon.png"));
 189   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 190                                    "You can load motif annotations via "
 191                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 192
 193   //Save pixel map action
 194   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 195   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 196           &browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 197   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon(":/icons/image2.png"));
 198
 199   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View sequence alignment"), this);
 200   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 201           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 202   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 203                                             "showing alignment of the seqcomp "
 204                                             "defined paths"));
 205
 206   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 207   whatsThisAction->setIcon(QIcon(":/icons/help.png"));
 208
 209
 210 }
 211
 212 void MussaWindow::closeEvent(QCloseEvent *event)
 213 {
 214   if(isClearingAnalysisSafe()) {
 215     event->accept();
 216   } else {
 217     event->ignore();
 218   }
 219 }
 220
 221 void MussaWindow::setupMainMenu()
 222 {
 223   // we need to run setupActions first
 224   assert (closeAction != 0);
 225
 226   QMenu *newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 227
 228   newMenu->addAction(newMussaWindowAction);
 229   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 230   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 231   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 232   newMenu->addAction(saveAnalysisAction);
 233   newMenu->addAction(saveAnalysisAsAction);
 234   newMenu->addSeparator();
 235   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 236   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 237   newMenu->addSeparator();
 238   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 239   newMenu->addSeparator();
 240   newMenu->addAction(closeAction);
 241
 242   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Edit"));
 243   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 244   newMenu->addAction(&browser.getCopySelectedSequenceAsFastaAction());
 245   newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 246
 247   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 248   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 249   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 250
 251   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 252   newMenu->addAction(mussaManualAssistantAction);
 253   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 254   newMenu->addSeparator();
 255   newMenu->addAction(aboutAction);
 256
 257   // add some extra features to the context menu
 258   QMenu& popupMenu = browser.getPopupMenu();
 259   popupMenu.addAction(viewMussaAlignmentAction);
 260   popupMenu.addAction(createSubAnalysisAction);
 261 }
 262
 263 void MussaWindow::setupAssistant()
 264 {
 265 #if defined(QT_ASSISTANT_FOUND)
 266   QStringList manualAssistantArgs;
 267   manualAssistantArgs = QStringList();
 268   manualAssistantArgs << "-profile" << "./doc/manual/mussagl_manual.adp";
 269   manualAssistant = new QAssistantClient("assistant", this);
 270   manualAssistant->setArguments(manualAssistantArgs);
 271   connect(manualAssistant, SIGNAL(error(QString)),
 272           this, SLOT(assistantError(QString)));
 273 #endif
 274 }
 275
 276 void MussaWindow::about()
 277 {
 278   QString msg("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 279               "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 280               "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n");
 281    msg += "\n\r";
 282    msg += "OpenGL: ";
 283    msg += (char *)glGetString(GL_VERSION);
 284    msg += "\n";
 285    QMessageBox::about(this, tr("About mussa"), msg);
 286 }
 287
 288 void MussaWindow::clear()
 289 {
 290   aligned_windows.clear();
 291   browser.clear();
 292 }
 293
 294 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 295 {
 296   try {
 297     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 298     // but this should work for the moment.
 299     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 300
 301     if (setup_analysis_dialog.exec()) {
 302       Mussa *m = 0;
 303       m = setup_analysis_dialog.getMussa();
 304       setAnalysis(m);
 305     }
 306   } catch(mussa_error e) {
 307     QString msg(e.what());
 308     QMessageBox::warning(this, tr("Create New Analysis"), msg);
 309   }
 310 }
 311
 312 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 313 {
 314   list<SequenceLocation> result;
 315   SequenceLocationModel& model = subanalysis_window.getModel();
 316   browser.copySelectedTracksAsSeqLocation(result);
 317   for(list<SequenceLocation>::iterator result_itor = result.begin();
 318       result_itor != result.end();
 319       ++result_itor)
 320   {
 321     model.push_back(*result_itor);
 322   }
 323
 324   if (not subanalysis_window.isVisible()) {
 325     subanalysis_window.show();
 326   }
 327 }
 328
 329 void MussaWindow::saveAnalysis()
 330 {
 331   // if we've got an analysis
 332   if (analysis and not analysis->empty()) {
 333     // if it doesn't have a name we need to pick one
 334     if (analysis->get_analysis_path().empty()) {
 335       saveAnalysisAs();
 336     }
 337     // if we've got a name, has it changed any?
 338     // this doesn't work when a sequence changes something (like its
 339     // name)
 340     //else if (analysis->is_dirty())
 341     analysis->save();
 342   }
 343 }
 344
 345 void MussaWindow::saveAnalysisAs()
 346 {
 347   std::auto_ptr<QFileDialog> dialog(new QFileDialog(this));
 348   dialog->setAcceptMode(QFileDialog::AcceptSave);
 349   dialog->setFileMode(QFileDialog::AnyFile);
 350   dialog->setDirectory(QDir::home());
 351
 352   QStringList fileNames;
 353   if (not dialog->exec()) {
 354     return;
 355   }
 356   fileNames = dialog->selectedFiles();
 357
 358   if (fileNames.size() != 1) {
 359     return;
 360   }
 361
 362   fs::path save_path(fileNames[0].toStdString());
 363   // do you want to overwrite?
 364   if (fs::exists(save_path) and
 365       QMessageBox::question(
 366         this,
 367         tr("Overwrite File? -- Mussa"),
 368         tr("A file called %1 already exists"
 369            "do you want to overwrite it?")
 370            .arg(fileNames[0]),
 371         tr("&Yes"), tr("&No"),
 372         QString(), 0, 1)
 373       ) {
 374     return;
 375   }
 376   analysis->save(save_path);
 377 }
 378
 379 bool MussaWindow::isClearingAnalysisSafe()
 380 {
 381   if (analysis and not analysis->empty() and analysis->is_dirty()) {
 382     switch (QMessageBox::question(
 383       this,
 384       tr("Save Unsaved Changes -- Mussa"),
 385       tr("There are unsaved changes,\ndo you want to save?"),
 386       tr("&Yes"), tr("&No"), tr("&Cancel"),
 387       0, 2)) {
 388     case 0:
 389       // save
 390       saveAnalysis();
 391       break;
 392     case 1:
 393       // don't save
 394       break;
 395     case 2:
 396       // don't replace
 397       return false;
 398       break;
 399     default:
 400       // error
 401       throw runtime_error("isClearingAnalysis QMesageBox failure");
 402     }
 403   }
 404   // if we're here we've been saved and can replace
 405   return true;
 406 }
 407
 408 void MussaWindow::editMotifs()
 409 {
 410   if (motif_editor != 0) {
 411     motif_editor->hide();
 412     delete motif_editor;
 413   }
 414   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 415   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 416           this, SLOT(updateAnnotations()));
 417   motif_editor->show();
 418 }
 419
 420 void MussaWindow::loadMotifList()
 421 {
 422   QString caption("Load a motif list");
 423   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 424   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 425                                                    caption,
 426                                                    QDir::currentPath(),
 427                                                    filter);
 428   // user hit cancel?
 429   if (path.isNull())
 430     return;
 431   // try to load safely
 432   try {
 433     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 434     analysis->load_motifs(converted_path);
 435   } catch (runtime_error e) {
 436     QString msg("Unable to load ");
 437     msg += path;
 438     msg += "\n";
 439     msg += e.what();
 440     QMessageBox::warning(this, "Load Motifs", msg);
 441   }
 442   assert (analysis != 0);
 443 }
 444
 445 void MussaWindow::saveMotifList()
 446 {
 447   NotImplementedBox();
 448 }
 449
 450 void MussaWindow::loadMupa()
 451 {
 452   QString caption("Load a mussa parameter file");
 453   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 454   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 455                                                    caption,
 456                                                    QDir::currentPath(),
 457                                                    filter);
 458   // user hit cancel?
 459   if (mupa_path.isNull())
 460     return;
 461   // try to load safely
 462   try {
 463     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 464     // but this should work for the moment.
 465     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 466
 467     Mussa *m = new Mussa;
 468     fs::path converted_path(mupa_path.toStdString(), fs::native);
 469     connect(m, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
 470             this, SLOT(updateProgress(const std::string&, int, int)));
 471     m->load_mupa_file(converted_path);
 472     m->analyze();
 473     setAnalysis(m);
 474     setWindowTitle(converted_path.native_file_string().c_str());
 475   } catch (mussa_load_error e) {
 476     QString msg("Unable to load ");
 477     msg += mupa_path;
 478     msg += "\n";
 479     msg += e.what();
 480     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 481   }
 482   assert (analysis != 0);
 483 }
 484
 485 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 486 {
 487   QString caption("Load a previously run analysis");
 488   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(this,
 489                                                         caption,
 490                                                         QDir::currentPath());
 491   // user hit cancel?
 492   if (muway_dir.isNull())
 493     return;
 494   // try to safely load
 495   try {
 496     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 497     // but this should work for the moment.
 498     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 499
 500     Mussa *m = new Mussa;
 501     fs::path converted_path(muway_dir.toStdString(), fs::native);
 502     connect(m, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
 503             this, SLOT(updateProgress(const std::string&, int, int)));
 504     m->load(converted_path);
 505     // only switch mussas if we loaded without error
 506     setAnalysis(m);
 507     setWindowTitle(converted_path.native_file_string().c_str());
 508   } catch (mussa_load_error e) {
 509     QString msg("Unable to load ");
 510     msg += muway_dir;
 511     msg += "\n";
 512     msg += e.what();
 513     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 514   }
 515   assert (analysis != 0);
 516 }
 517
 518 void MussaWindow::newMussaWindow()
 519 {
 520   Mussa *a = new Mussa();
 521   MussaWindow *win = new MussaWindow(a);
 522   win->show();
 523 }
 524
 525 void MussaWindow::setSoftThreshold(int threshold)
 526 {
 527   if (analysis->get_soft_threshold() != threshold) {
 528     analysis->set_soft_threshold(threshold);
 529     analysis->nway();
 530     updateLinks();
 531     update();
 532   }
 533 }
 534
 535 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 536 {
 537   if (mussaViewTB.isVisible())
 538     mussaViewTB.hide();
 539   else
 540     mussaViewTB.show();
 541 }
 542
 543 void MussaWindow::toggleMotifs()
 544 {
 545   NotImplementedBox();
 546 }
 547
 548 void MussaWindow::showManual()
 549 {
 550 #if QT_QTASSISTANT_FOUND
 551   manualAssistant->openAssistant();
 552 #else
 553   try {
 554     boost::python::object webopen = get_py()["webbrowser.open"];
 555     webopen("http://woldlab.caltech.edu/~king/mussagl_manual/");
 556   } catch( boost::python::error_already_set ) {
 557     PyErr_Print();
 558   }
 559 #endif //QT_QTASSISTANT_FOUND
 560 }
 561
 562 void MussaWindow::assistantError(QString message)
 563 {
 564   //std::cout << "QAssistantError: " << message.toStdString() << "\n";
 565   QMessageBox::warning ( this, "Warning: Mussagl Manual", message,
 566                          QMessageBox::Ok,
 567                          QMessageBox::NoButton);
 568 }
 569
 570 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 571 {
 572   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 573 }
 574
 575 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 576 {
 577   const set<int>& selected_paths = browser.selectedPaths();
 578   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 579     QMessageBox::warning(this,
 580                          QObject::tr("mussa"),
 581                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 582                                      "first"));
 583   } else {
 584     boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> ma_win(
 585       new MussaAlignedWindow(*analysis, selected_paths)
 586     );
 587
 588     aligned_windows.push_back(ma_win);
 589     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 590             aligned_windows.back().get(), SLOT(update()));
 591     aligned_windows.back()->show();
 592   }
 593 }
 594
 595 void MussaWindow::updateAnalysis()
 596 {
 597   threshold.setRange(analysis->get_threshold(),analysis->get_window());
 598
 599   const Mussa::vector_sequence_type& seqs = analysis->sequences();
 600   browser.setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 601   updateLinks();
 602   browser.zoomOut();
 603   zoom.setValue(browser.zoom());
 604 }
 605
 606 void MussaWindow::updateAnnotations()
 607 {
 608   // motifs were changed in the sequences by
 609   // Mussa::update_sequences_motifs
 610   emit changedAnnotations();
 611   browser.update();
 612 }
 613
 614 void MussaWindow::updateLinks()
 615 {
 616   browser.clear_links();
 617   bool reversed = false;
 618   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 619
 620   typedef list<ConservedPath> conserved_paths;
 621   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 622   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 623       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 624       ++path_itor)
 625   {
 626     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 627     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 628     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 629     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 630     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 631     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 632
 633     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 634     vector<int> normalized_path;
 635     normalized_path.reserve(track_len);
 636     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 637     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 638     {
 639       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 640       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 641       // track of the score we can put grab the depth here.
 642       //
 643       // are we reverse complimented?
 644       if ( x>=0) {
 645         reversed = false;
 646       } else {
 647         reversed = true;
 648         // make positive
 649         x = -x;
 650       }
 651       normalized_path.push_back(x);
 652       rc_flags.push_back(reversed);
 653     }
 654     browser.link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 655   }
 656   browser.update();
 657 }
 658
 659 void
 660 MussaWindow::updateProgress(const string& description, int current, int max)
 661 {
 662   // if we're done
 663   if (current == max) {
 664     if (progress_dialog != 0) {
 665       progress_dialog->hide();
 666       delete progress_dialog;
 667       progress_dialog = 0;
 668     }
 669   } else {
 670     // if we're starting, create the dialog
 671     if (progress_dialog == 0) {
 672       QString desc(description.c_str());
 673       QString cancel("Cancel");
 674       progress_dialog = new QProgressDialog(desc, cancel, current, max, this);
 675       progress_dialog->show();
 676     } else {
 677       // just update the dialog
 678       progress_dialog->setValue(current);
 679     }
 680   }
 681   qApp->processEvents();
 682 }