qui/MussaWindow.cpp

   1 #include <QAction>
   2 #include <QDir>
   3 #include <QFileDialog>
   4 #include <QHBoxLayout>
   5 #include <QIcon>
   6 #include <QMenuBar>
   7 #include <QMessageBox>
   8 #include <QScrollBar>
   9 #include <QStatusBar>
  10 #include <QString>
  11 #include <QWhatsThis>
  12
  13 #include "qui/MussaWindow.hpp"
  14 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  15 #include "mussa_exceptions.hpp"
  16
  17 #include <iostream>
  18
  19 using namespace std;
  20
  21 MussaWindow::MussaWindow(Mussa *analysis_, QWidget *parent) :
  22   QMainWindow(parent),
  23   analysis(analysis_),
  24   motif_editor(0),
  25   browser(this),
  26   mussaViewTB("Path Views"),
  27   zoomBox(),
  28   threshold(),
  29   zoomLabel(),
  30   closeAction(0) // initialize one of the pointers to null as a saftey flag
  31 {
  32   setupActions();
  33   setupMainMenu();
  34
  35   //This next setWhatsThis function prevents
  36   // a segfault when using WhatsThis feature with
  37   // opengl widget.
  38   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  39   setCentralWidget(&browser);
  40   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  41   // to call update()
  42   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), &browser, SLOT(update()));
  43
  44   mussaViewTB.addAction(toggleMotifsAction);
  45
  46   zoomLabel.setPixmap(QIcon("icons/viewmag.png").pixmap(16, 16));
  47   zoomLabel.setToolTip(tr("Zoom"));
  48   zoomLabel.setWhatsThis(tr("Zoom magnification factor"));
  49   mussaViewTB.addWidget(&zoomLabel);
  50
  51   zoomBox.setToolTip(tr("Zoom"));
  52   zoomBox.setWhatsThis(tr("Zoom magnification factor"));
  53   zoomBox.setRange(1,10000000);
  54   mussaViewTB.addWidget(&zoomBox);
  55   connect(&zoomBox, SIGNAL(valueChanged(int)),
  56           &browser, SLOT(setZoom(int)));
  57
  58   threshold.setRange(19, 30);
  59   threshold.setThreshold(19);
  60   //scene->setClipPlane(20);
  61   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  62   //connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  63   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  64   connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  65           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  66   mussaViewTB.addWidget(&threshold);
  67
  68   addToolBar(&mussaViewTB);
  69
  70   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  71   updateAnalysis();
  72 }
  73
  74 void MussaWindow::setupActions()
  75 {
  76   // we really don't want to run this more than once.
  77   assert (closeAction == 0);
  78
  79   // the ever popular about box
  80   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
  81   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
  82   aboutAction->setIcon(QIcon("icons/info.png"));
  83
  84   // add exit
  85   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
  86   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
  87   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
  88   closeAction->setIcon(QIcon("icons/exit.png"));
  89
  90   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Define Analysis"), this);
  91   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  92           this, SLOT(createNewAnalysis()));
  93   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/filenew.png"));
  94
  95   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Define SubAnalysis"), this);
  96   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  97           this, SLOT(createSubAnalysis()));
  98
  99   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 100   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 101
 102   loadMotifListAction = new QAction(tr("Load Motif List"), this);
 103   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 104           this, SLOT(loadMotifList()));
 105   loadMotifListAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 106
 107   loadMupaAction = new QAction(tr("Load Mussa Parameters"), this);
 108   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 109           this, SLOT(loadMupa()));
 110   loadMupaAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 111
 112   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("Load &Analysis"), this);
 113   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 114           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 115   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 116
 117   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 118   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 119           this, SLOT(saveMotifList()));
 120   saveMotifListAction->setIcon(QIcon("icons/filesave.png"));
 121
 122   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 123   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 124           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 125   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 126   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 127
 128   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 129   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 130           this, SLOT(toggleMotifs()));
 131   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 132   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon("icons/motif_icon.png"));
 133   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 134                                    "You can load motif annotations via "
 135                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 136
 137   //Save pixel map action
 138   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 139   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 140           &browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 141   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon("icons/image2.png"));
 142
 143   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View mussa alignment"), this);
 144   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 145           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 146   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 147                                             "showing alignment of the seqcomp "
 148                                             "defined paths"));
 149
 150   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 151   whatsThisAction->setIcon(QIcon("icons/help.png"));
 152
 153 }
 154
 155 void MussaWindow::setupMainMenu()
 156 {
 157   // we need to run setupActions first
 158   assert (closeAction != 0);
 159
 160   QMenu *newMenu;
 161   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 162   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 163   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 164   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 165   //newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 166   newMenu->addSeparator();
 167   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 168   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 169   newMenu->addSeparator();
 170   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 171   newMenu->addSeparator();
 172   newMenu->addAction(closeAction);
 173
 174   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 175   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 176   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 177   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 178
 179   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 180   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 181   newMenu->addSeparator();
 182   newMenu->addAction(aboutAction);
 183 }
 184
 185 void MussaWindow::about()
 186 {
 187   QMessageBox::about(this, tr("About mussa"),
 188       tr("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 189          "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 190          "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n"));
 191 }
 192
 193 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 194 {
 195   MussaSetupDialog *msd = new MussaSetupDialog(this);
 196   if (msd->exec())
 197   {
 198     std::cout << "New mussa exp. defined!\n";
 199   }
 200   else
 201   {
 202     std::cout << "New mussa exp. aborted!\n";
 203   }
 204   delete msd;
 205 }
 206
 207 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 208 {
 209   NotImplementedBox();
 210 }
 211
 212 void MussaWindow::editMotifs()
 213 {
 214   if (motif_editor != 0) {
 215     motif_editor->hide();
 216     delete motif_editor;
 217   }
 218   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 219   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 220           this, SLOT(updateAnnotations()));
 221   motif_editor->show();
 222 }
 223
 224 void MussaWindow::loadMotifList()
 225 {
 226   QString caption("Load a motif list");
 227   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 228   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 229                                                    caption,
 230                                                    QDir::currentPath(),
 231                                                    filter);
 232   // user hit cancel?
 233   if (path.isNull())
 234     return;
 235   // try to load safely
 236   try {
 237     analysis->load_motifs(path.toStdString());
 238   } catch (runtime_error e) {
 239     QString msg("Unable to load ");
 240     msg += path;
 241     msg += "\n";
 242     msg += e.what();
 243     QMessageBox::warning(this, "Load Motifs", msg);
 244   }
 245   assert (analysis != 0);
 246 }
 247
 248 void MussaWindow::saveMotifList()
 249 {
 250   NotImplementedBox();
 251 }
 252
 253 void MussaWindow::loadMupa()
 254 {
 255   QString caption("Load a mussa parameter file");
 256   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 257   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 258                                                    caption,
 259                                                    QDir::currentPath(),
 260                                                    filter);
 261   // user hit cancel?
 262   if (mupa_path.isNull())
 263     return;
 264   // try to load safely
 265   try {
 266     Mussa *m = new Mussa;
 267     m->load_mupa_file(mupa_path.toStdString());
 268     m->analyze(0, 0, Mussa::TransitiveNway, 0.0);
 269     // only switch mussas if we loaded without error
 270     delete analysis;
 271     analysis = m;
 272     updateAnalysis();
 273   } catch (mussa_load_error e) {
 274     QString msg("Unable to load ");
 275     msg += mupa_path;
 276     msg += "\n";
 277     msg += e.what();
 278     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 279   }
 280   assert (analysis != 0);
 281 }
 282
 283 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 284 {
 285   QString caption("Load a previously run analysis");
 286   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(this,
 287                                                         caption,
 288                                                         QDir::currentPath());
 289   // user hit cancel?
 290   if (muway_dir.isNull())
 291     return;
 292   // try to safely load
 293   try {
 294     Mussa *m = new Mussa;
 295     m->load(muway_dir.toStdString());
 296     // only switch mussas if we loaded without error
 297     delete analysis;
 298     analysis = m;
 299     updateAnalysis();
 300   } catch (mussa_load_error e) {
 301     QString msg("Unable to load ");
 302     msg += muway_dir;
 303     msg += "\n";
 304     msg += e.what();
 305     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 306   }
 307   assert (analysis != 0);
 308 }
 309
 310 void MussaWindow::setSoftThreshold(int threshold)
 311 {
 312   if (analysis->get_soft_thres() != threshold) {
 313     analysis->set_soft_thres(threshold);
 314     analysis->nway();
 315     updateLinks();
 316     update();
 317   }
 318 }
 319
 320 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 321 {
 322   if (mussaViewTB.isVisible())
 323     mussaViewTB.hide();
 324   else
 325     mussaViewTB.show();
 326 }
 327
 328 void MussaWindow::toggleMotifs()
 329 {
 330   NotImplementedBox();
 331 }
 332
 333 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 334 {
 335   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 336 }
 337
 338 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 339 {
 340   const set<int>& selected_paths = browser.selectedPaths();
 341   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 342     QMessageBox::warning(this,
 343                          QObject::tr("mussa"),
 344                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 345                                      "first"));
 346   } else {
 347     MussaAlignedWindow *ma_win = new MussaAlignedWindow(*analysis,
 348                                                         selected_paths);
 349     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 350             ma_win, SLOT(update()));
 351     aligned_windows.push_back(ma_win);
 352     ma_win->show();
 353   }
 354 }
 355
 356 void MussaWindow::updateAnalysis()
 357 {
 358   cout << "analysis updated" << endl;
 359   for (list<MussaAlignedWindow *>::iterator maw_i = aligned_windows.begin();
 360        maw_i != aligned_windows.end();
 361        ++maw_i)
 362   {
 363     (*maw_i)->hide();
 364     delete *maw_i;
 365   }
 366
 367   browser.clear();
 368   const vector<Sequence>& seqs = analysis->sequences();
 369   browser.setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 370   updateLinks();
 371   browser.zoomOut();
 372   cout << "browser zoom " <<  browser.zoom() << endl;
 373   zoomBox.setValue(browser.zoom());
 374 }
 375
 376 void MussaWindow::updateAnnotations()
 377 {
 378   // motifs were changed in the sequences by
 379   // Mussa::update_sequences_motifs
 380   emit changedAnnotations();
 381   browser.update();
 382 }
 383
 384 void MussaWindow::updateLinks()
 385 {
 386   browser.clear_links();
 387   bool reversed = false;
 388   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 389
 390   typedef list<ExtendedConservedPath> conserved_paths;
 391   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 392   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 393       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 394       ++path_itor)
 395   {
 396     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 397     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 398     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 399     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 400     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 401     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 402
 403     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 404     vector<int> normalized_path;
 405     normalized_path.reserve(track_len);
 406     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 407     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 408     {
 409       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 410       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 411       // track of the score we can put grab the depth here.
 412       //
 413       // are we reverse complimented?
 414       if ( x>=0) {
 415         reversed = false;
 416       } else {
 417         reversed = true;
 418         x = -x; // make positive
 419       }
 420       normalized_path.push_back(x);
 421       rc_flags.push_back(reversed);
 422     }
 423     browser.link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 424   }
 425   browser.update();
 426 }
 427