qui/MussaWindow.cpp

   1 #include <QAction>
   2 #include <QDir>
   3 #include <QFileDialog>
   4 #include <QHBoxLayout>
   5 #include <QIcon>
   6 #include <QMenuBar>
   7 #include <QMessageBox>
   8 #include <QScrollBar>
   9 #include <QStatusBar>
  10 #include <QString>
  11 #include <QWhatsThis>
  12
  13 #include "qui/MussaWindow.hpp"
  14 #include "mussa_exceptions.hpp"
  15
  16 #include <iostream>
  17
  18 #include <boost/filesystem/path.hpp>
  19 namespace fs = boost::filesystem;
  20
  21 using namespace std;
  22
  23 MussaWindow::MussaWindow(Mussa *analysis_, QWidget *parent) :
  24   QMainWindow(parent),
  25   analysis(analysis_),
  26   motif_editor(0),
  27   browser(this),
  28   mussaViewTB("Path Views"),
  29   zoom(),
  30   threshold(),
  31   closeAction(0) // initialize one of the pointers to null as a saftey flag
  32 {
  33   setupActions();
  34   setupMainMenu();
  35
  36   //This next setWhatsThis function prevents
  37   // a segfault when using WhatsThis feature with
  38   // opengl widget.
  39   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  40   setCentralWidget(&browser);
  41   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  42   // to call update()
  43   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), &browser, SLOT(update()));
  44
  45   mussaViewTB.addAction(toggleMotifsAction);
  46   mussaViewTB.addWidget(&zoom);
  47
  48   connect(&zoom, SIGNAL(valueChanged(double)),
  49           &browser, SLOT(setZoom(double)));
  50
  51   // threshold range is set in updateAnalysis
  52
  53   //scene->setClipPlane(20);
  54   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  55   //connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  56   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  57   connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  58           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  59   mussaViewTB.addWidget(&threshold);
  60
  61   addToolBar(&mussaViewTB);
  62
  63   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  64   updateAnalysis();
  65 }
  66
  67 MussaWindow::~MussaWindow()
  68 {
  69   if (analysis != 0) delete analysis;
  70   aligned_windows.clear();
  71   if (motif_editor != 0) delete motif_editor;
  72
  73   if (aboutAction != 0) delete aboutAction;
  74   if (closeAction != 0) delete closeAction;
  75   if (createNewAnalysisAction != 0) delete createNewAnalysisAction;
  76   if (createSubAnalysisAction != 0) delete createSubAnalysisAction;
  77   if (editMotifsAction != 0) delete editMotifsAction;
  78   if (loadMotifListAction != 0) delete loadMotifListAction;
  79   if (loadMupaAction != 0) delete loadMupaAction;
  80   if (loadSavedAnalysisAction != 0) delete loadSavedAnalysisAction;
  81   if (newMussaWindowAction != 0) delete newMussaWindowAction;
  82   if (saveMotifListAction != 0) delete saveMotifListAction;
  83   if (showMussaViewToolbarAction != 0) delete showMussaViewToolbarAction;
  84   if (toggleMotifsAction != 0) delete toggleMotifsAction;
  85   if (saveBrowserPixmapAction != 0) delete saveBrowserPixmapAction;
  86 }
  87
  88 void MussaWindow::setAnalysis(Mussa *new_analysis)
  89 {
  90   if (new_analysis != 0) {
  91     // only switch mussas if we loaded without error
  92     delete analysis;
  93     analysis = new_analysis;
  94     updateAnalysis();
  95   }
  96 }
  97
  98 void MussaWindow::setupActions()
  99 {
 100   // we really don't want to run this more than once.
 101   assert (closeAction == 0);
 102
 103   // the ever popular about box
 104   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
 105   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
 106   aboutAction->setIcon(QIcon(":/icons/info.png"));
 107
 108   // add exit
 109   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
 110   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
 111   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
 112   closeAction->setIcon(QIcon(":/icons/exit.png"));
 113
 114   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Define Analysis"), this);
 115   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 116           this, SLOT(createNewAnalysis()));
 117   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filenew.png"));
 118
 119   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Define SubAnalysis"), this);
 120   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 121           this, SLOT(createSubAnalysis()));
 122
 123   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 124   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 125
 126   loadMotifListAction = new QAction(tr("Load Motif List"), this);
 127   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 128           this, SLOT(loadMotifList()));
 129   loadMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 130
 131   loadMupaAction = new QAction(tr("Load Mussa Parameters"), this);
 132   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 133           this, SLOT(loadMupa()));
 134   loadMupaAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 135
 136   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("Load &Analysis"), this);
 137   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 138           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 139   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 140
 141   newMussaWindowAction = new QAction(tr("&New Mussa Window"), this);
 142   newMussaWindowAction->setStatusTip("open another mussa window to allow comparing results");
 143   connect(newMussaWindowAction, SIGNAL(triggered()),
 144           this, SLOT(newMussaWindow()));
 145   newMussaWindowAction->setIcon(QIcon(":/icons/window_new.png"));
 146
 147   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 148   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 149           this, SLOT(saveMotifList()));
 150   saveMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 151
 152   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 153   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 154           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 155   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 156   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 157
 158   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 159   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 160           this, SLOT(toggleMotifs()));
 161   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 162   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon(":/icons/motif_icon.png"));
 163   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 164                                    "You can load motif annotations via "
 165                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 166
 167   //Save pixel map action
 168   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 169   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 170           &browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 171   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon(":/icons/image2.png"));
 172
 173   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View mussa alignment"), this);
 174   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 175           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 176   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 177                                             "showing alignment of the seqcomp "
 178                                             "defined paths"));
 179
 180   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 181   whatsThisAction->setIcon(QIcon(":/icons/help.png"));
 182
 183 }
 184
 185 void MussaWindow::setupMainMenu()
 186 {
 187   // we need to run setupActions first
 188   assert (closeAction != 0);
 189
 190   QMenu *newMenu;
 191   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 192   newMenu->addAction(newMussaWindowAction);
 193   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 194   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 195   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 196   //newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 197   newMenu->addSeparator();
 198   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 199   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 200   newMenu->addSeparator();
 201   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 202   newMenu->addSeparator();
 203   newMenu->addAction(closeAction);
 204
 205   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 206   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 207   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 208   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 209
 210   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 211   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 212   newMenu->addSeparator();
 213   newMenu->addAction(aboutAction);
 214 }
 215
 216 void MussaWindow::about()
 217 {
 218   QString msg("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 219               "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 220               "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n");
 221    msg += "\n\r";
 222    msg += "Path: ";
 223    msg += QDir::currentPath();
 224    msg += "\n";
 225    msg += "OpenGL: ";
 226    msg += (char *)glGetString(GL_VERSION);
 227    msg += "\n";
 228    QMessageBox::about(this, tr("About mussa"), msg);
 229 }
 230
 231 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 232 {
 233   try {
 234     if (setup_analysis_dialog.exec()) {
 235       Mussa *m = 0;
 236       m = setup_analysis_dialog.getMussa();
 237       setAnalysis(m);
 238     } else {
 239       std::cout << "New mussa exp. aborted!\n";
 240     }
 241   } catch(mussa_error e) {
 242     QString msg(e.what());
 243     QMessageBox::warning(this, tr("Create New Analysis"), msg);
 244   }
 245 }
 246
 247 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 248 {
 249   NotImplementedBox();
 250 }
 251
 252 void MussaWindow::editMotifs()
 253 {
 254   if (motif_editor != 0) {
 255     motif_editor->hide();
 256     delete motif_editor;
 257   }
 258   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 259   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 260           this, SLOT(updateAnnotations()));
 261   motif_editor->show();
 262 }
 263
 264 void MussaWindow::loadMotifList()
 265 {
 266   QString caption("Load a motif list");
 267   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 268   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 269                                                    caption,
 270                                                    QDir::currentPath(),
 271                                                    filter);
 272   // user hit cancel?
 273   if (path.isNull())
 274     return;
 275   // try to load safely
 276   try {
 277     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 278     analysis->load_motifs(converted_path);
 279   } catch (runtime_error e) {
 280     QString msg("Unable to load ");
 281     msg += path;
 282     msg += "\n";
 283     msg += e.what();
 284     QMessageBox::warning(this, "Load Motifs", msg);
 285   }
 286   assert (analysis != 0);
 287 }
 288
 289 void MussaWindow::saveMotifList()
 290 {
 291   NotImplementedBox();
 292 }
 293
 294 void MussaWindow::loadMupa()
 295 {
 296   QString caption("Load a mussa parameter file");
 297   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 298   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 299                                                    caption,
 300                                                    QDir::currentPath(),
 301                                                    filter);
 302   // user hit cancel?
 303   if (mupa_path.isNull())
 304     return;
 305   // try to load safely
 306   try {
 307     Mussa *m = new Mussa;
 308     fs::path converted_path(mupa_path.toStdString(), fs::native);
 309     m->load_mupa_file(converted_path);
 310     m->analyze(0, 0, Mussa::TransitiveNway, 0.0);
 311     setAnalysis(m);
 312   } catch (mussa_load_error e) {
 313     QString msg("Unable to load ");
 314     msg += mupa_path;
 315     msg += "\n";
 316     msg += e.what();
 317     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 318   }
 319   assert (analysis != 0);
 320 }
 321
 322 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 323 {
 324   QString caption("Load a previously run analysis");
 325   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(this,
 326                                                         caption,
 327                                                         QDir::currentPath());
 328   // user hit cancel?
 329   if (muway_dir.isNull())
 330     return;
 331   // try to safely load
 332   try {
 333     Mussa *m = new Mussa;
 334     fs::path converted_path(muway_dir.toStdString(), fs::native);
 335     m->load(converted_path);
 336     // only switch mussas if we loaded without error
 337     setAnalysis(m);
 338   } catch (mussa_load_error e) {
 339     QString msg("Unable to load ");
 340     msg += muway_dir;
 341     msg += "\n";
 342     msg += e.what();
 343     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 344   }
 345   assert (analysis != 0);
 346 }
 347
 348 void MussaWindow::newMussaWindow()
 349 {
 350   Mussa *a = new Mussa();
 351   MussaWindow *win = new MussaWindow(a);
 352   win->show();
 353 }
 354
 355 void MussaWindow::setSoftThreshold(int threshold)
 356 {
 357   if (analysis->get_soft_thres() != threshold) {
 358     analysis->set_soft_thres(threshold);
 359     analysis->nway();
 360     updateLinks();
 361     update();
 362   }
 363 }
 364
 365 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 366 {
 367   if (mussaViewTB.isVisible())
 368     mussaViewTB.hide();
 369   else
 370     mussaViewTB.show();
 371 }
 372
 373 void MussaWindow::toggleMotifs()
 374 {
 375   NotImplementedBox();
 376 }
 377
 378 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 379 {
 380   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 381 }
 382
 383 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 384 {
 385   const set<int>& selected_paths = browser.selectedPaths();
 386   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 387     QMessageBox::warning(this,
 388                          QObject::tr("mussa"),
 389                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 390                                      "first"));
 391   } else {
 392     MussaAlignedWindow *ma_win = new MussaAlignedWindow(*analysis,
 393                                                         selected_paths);
 394     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 395             ma_win, SLOT(update()));
 396     aligned_windows.push_back(ma_win);
 397     ma_win->show();
 398   }
 399 }
 400
 401 void MussaWindow::updateAnalysis()
 402 {
 403   threshold.setRange(analysis->get_threshold(),analysis->get_window());
 404   for (list<MussaAlignedWindow *>::iterator maw_i = aligned_windows.begin();
 405        maw_i != aligned_windows.end();
 406        ++maw_i)
 407   {
 408     (*maw_i)->hide();
 409     delete *maw_i;
 410   }
 411
 412   browser.clear();
 413   const vector<Sequence>& seqs = analysis->sequences();
 414   browser.setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 415   updateLinks();
 416   browser.zoomOut();
 417   zoom.setValue(browser.zoom());
 418 }
 419
 420 void MussaWindow::updateAnnotations()
 421 {
 422   // motifs were changed in the sequences by
 423   // Mussa::update_sequences_motifs
 424   emit changedAnnotations();
 425   browser.update();
 426 }
 427
 428 void MussaWindow::updateLinks()
 429 {
 430   browser.clear_links();
 431   bool reversed = false;
 432   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 433
 434   typedef list<ExtendedConservedPath> conserved_paths;
 435   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 436   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 437       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 438       ++path_itor)
 439   {
 440     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 441     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 442     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 443     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 444     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 445     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 446
 447     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 448     vector<int> normalized_path;
 449     normalized_path.reserve(track_len);
 450     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 451     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 452     {
 453       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 454       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 455       // track of the score we can put grab the depth here.
 456       //
 457       // are we reverse complimented?
 458       if ( x>=0) {
 459         reversed = false;
 460       } else {
 461         reversed = true;
 462         // make positive
 463         x = -x;
 464       }
 465       normalized_path.push_back(x);
 466       rc_flags.push_back(reversed);
 467     }
 468     browser.link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 469   }
 470   browser.update();
 471 }
 472