qui/MussaWindow.cpp

   1 #include "py/python.hpp"
   2 #include "qui/MussaWindow.hpp"
   3 #include "mussa_exceptions.hpp"
   4 #include "version.hpp"
   5
   6 #include <QAction>
   7 #include <QApplication>
   8 #include <QAssistantClient>
   9 #include <QCloseEvent>
  10 #include <QDir>
  11 #include <QFileDialog>
  12 #include <QHBoxLayout>
  13 #include <QIcon>
  14 #include <QMenuBar>
  15 #include <QMessageBox>
  16 #include <QScrollBar>
  17 #include <QStatusBar>
  18 #include <QString>
  19 #include <QStringList>
  20 #include <QWhatsThis>
  21
  22 #include <memory>
  23 #include <iterator>
  24 #include <iostream>
  25
  26 #include <boost/filesystem/path.hpp>
  27 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  28 #include <boost/filesystem/convenience.hpp>
  29 namespace fs = boost::filesystem;
  30 #include <boost/bind.hpp>
  31
  32 using namespace std;
  33
  34 MussaWindow::MussaWindow(MussaRef analysis_, QWidget *parent) :
  35   QMainWindow(parent),
  36   analysis(analysis_),
  37   default_dir(new QDir(QDir::home().absolutePath())),
  38   motif_editor(0),
  39   setup_analysis_dialog(new MussaSetupDialog(this)),
  40   subanalysis_window(new SubanalysisWindow(analysis)),
  41   browser(new SequenceBrowserWidget(default_dir, this)),
  42   mussaViewTB(new QToolBar("Path Views")),
  43   zoom(new ZoomWidget),
  44   threshold(new ThresholdWidget),
  45   progress_dialog(0),
  46   aboutAction(0),
  47   closeAction(0),
  48   createNewAnalysisAction(0),
  49   createSubAnalysisAction(0),
  50   editMotifsAction(0),
  51   loadMotifListAction(0),
  52   loadMupaAction(0),
  53   loadSavedAnalysisAction(0),
  54   mussaManualAssistantAction(0),
  55   newMussaWindowAction(0),
  56   saveMotifListAction(0),
  57   showMussaViewToolbarAction(0),
  58   toggleMotifsAction(0),
  59   saveBrowserPixmapAction(0),
  60   whatsThisAction(0),
  61   viewMussaAlignmentAction(0),
  62   manualAssistant(0)
  63 {
  64   setupActions();
  65   setupMainMenu();
  66   setupAssistant();
  67
  68   //This next setWhatsThis function prevents
  69   // a segfault when using WhatsThis feature with
  70   // opengl widget.
  71   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  72   setCentralWidget(browser);
  73   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  74   // to call update()
  75   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), browser, SLOT(update()));
  76   connect(this, SIGNAL(changedMotifs()), this, SLOT(updateAnnotations()));
  77   connect(browser, SIGNAL(basepairsCopied(size_t)),
  78           this, SLOT(showBasePairsCopied(size_t)));
  79
  80   //mussaViewTB->addAction(toggleMotifsAction);
  81   mussaViewTB->addWidget(zoom);
  82
  83   connect(zoom, SIGNAL(valueChanged(double)),
  84           browser, SLOT(setZoom(double)));
  85
  86   // threshold range is set in updateAnalysis
  87
  88   //scene->setClipPlane(20);
  89   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  90   //connect(threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  91   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  92   connect(threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  93           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  94   mussaViewTB->addWidget(threshold);
  95
  96   addToolBar(mussaViewTB);
  97
  98   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  99   // FIXME: we should start refactoring the connect call to updateAnalysis or something
 100   if (analysis) {
 101     connect(analysis.get(), SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
 102             this, SLOT(updateProgress(const std::string&, int, int)));
 103   }
 104   updateTitle();
 105   updateAnalysis();
 106 }
 107
 108 void MussaWindow::setAnalysis(MussaRef new_analysis)
 109 {
 110   if (new_analysis != 0) {
 111     // only switch mussas if we loaded without error
 112     clear();
 113     analysis.swap(new_analysis);
 114     updateTitle();
 115     updateAnalysis();
 116   }
 117 }
 118
 119 void MussaWindow::setupActions()
 120 {
 121   // we really don't want to run this more than once.
 122   assert (closeAction == 0);
 123
 124   // the ever popular about box
 125   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
 126   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
 127   aboutAction->setIcon(QIcon(":/icons/info.png"));
 128
 129   // add exit
 130   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
 131   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
 132   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
 133   closeAction->setIcon(QIcon(":/icons/exit.png"));
 134
 135   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Create &New Analysis"), this);
 136   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 137           this, SLOT(createNewAnalysis()));
 138   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filenew.png"));
 139   createNewAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_N);
 140
 141   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Add to Subanalysis"), this);
 142   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 143           this, SLOT(createSubAnalysis()));
 144
 145   saveAnalysisAction = new QAction(tr("&Save Analysis"), this);
 146   connect(saveAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 147           this, SLOT(saveAnalysis()));
 148   saveAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 149   saveAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_S);
 150
 151   saveAnalysisAsAction = new QAction(tr("Save Analysis &As"), this);
 152   connect(saveAnalysisAsAction, SIGNAL(triggered()),
 153           this, SLOT(saveAnalysisAs()));
 154   saveAnalysisAsAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 155
 156   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 157   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 158
 159   loadMotifListAction = new QAction(tr("Open Motif List"), this);
 160   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 161           this, SLOT(loadMotifList()));
 162   loadMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 163
 164   loadMupaAction = new QAction(tr("Create Analysis from File"), this);
 165   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 166           this, SLOT(loadMupa()));
 167   loadMupaAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 168
 169   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("&Open Existing &Analysis"), this);
 170   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 171           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 172   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 173   loadSavedAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_O);
 174
 175   mussaManualAssistantAction = new QAction(tr("Mussagl Manual..."), this);
 176   mussaManualAssistantAction->setIcon(QIcon(":/icons/contents.png"));
 177   connect(mussaManualAssistantAction, SIGNAL(triggered()),
 178           this, SLOT(showManual()));
 179
 180   newMussaWindowAction = new QAction(tr("&New Mussa Window"), this);
 181   newMussaWindowAction->setStatusTip("open another mussa window to allow comparing results");
 182   connect(newMussaWindowAction, SIGNAL(triggered()),
 183           this, SLOT(newMussaWindow()));
 184   newMussaWindowAction->setIcon(QIcon(":/icons/window_new.png"));
 185
 186   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 187   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 188           this, SLOT(saveMotifList()));
 189   saveMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 190
 191   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 192   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 193           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 194   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 195   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 196
 197   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 198   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 199           this, SLOT(toggleMotifs()));
 200   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 201   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon(":/icons/motif_icon.png"));
 202   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 203                                    "You can load motif annotations via "
 204                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 205
 206   //Save pixel map action
 207   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 208   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 209           browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 210   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon(":/icons/image2.png"));
 211
 212   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View sequence alignment"), this);
 213   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 214           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 215   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 216                                             "showing alignment of the seqcomp "
 217                                             "defined paths"));
 218
 219   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 220   whatsThisAction->setIcon(QIcon(":/icons/help.png"));
 221
 222
 223 }
 224
 225 void MussaWindow::closeEvent(QCloseEvent *event)
 226 {
 227   if(isClearingAnalysisSafe()) {
 228     event->accept();
 229   } else {
 230     event->ignore();
 231   }
 232 }
 233
 234 void MussaWindow::setupMainMenu()
 235 {
 236   // we need to run setupActions first
 237   assert (closeAction != 0);
 238
 239   QMenu *newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 240
 241   newMenu->addAction(newMussaWindowAction);
 242   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 243   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 244   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 245   newMenu->addAction(saveAnalysisAction);
 246   newMenu->addAction(saveAnalysisAsAction);
 247   newMenu->addSeparator();
 248   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 249   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 250   newMenu->addSeparator();
 251   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 252   newMenu->addSeparator();
 253   newMenu->addAction(closeAction);
 254
 255   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Edit"));
 256   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 257   newMenu->addAction(browser->getCopySelectedSequenceAsFastaAction());
 258   newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 259
 260   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 261   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 262   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 263
 264   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 265   newMenu->addAction(mussaManualAssistantAction);
 266   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 267   newMenu->addSeparator();
 268   newMenu->addAction(aboutAction);
 269
 270   // add some extra features to the context menu
 271   QMenu *popupMenu = browser->getPopupMenu();
 272   if (popupMenu) {
 273     popupMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 274     popupMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 275   }
 276 }
 277
 278 void MussaWindow::setupAssistant()
 279 {
 280 #if defined(QT_QTASSISTANT_FOUND)
 281   QStringList manualAssistantArgs;
 282   manualAssistantArgs = QStringList();
 283   manualAssistantArgs << "-profile" << "./doc/manual/mussagl_manual.adp";
 284   manualAssistant = new QAssistantClient("assistant", this);
 285   manualAssistant->setArguments(manualAssistantArgs);
 286   connect(manualAssistant, SIGNAL(error(QString)),
 287           this, SLOT(assistantError(QString)));
 288 #endif
 289 }
 290
 291 void MussaWindow::about()
 292 {
 293   QString msg;
 294   msg += "Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n";
 295   msg += "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n";
 296   msg += "Diane Trout, Tristan De Buysscher, Brandon King\n";
 297   msg += "Version: ";
 298   msg += mussa_version;
 299   msg += "\n";
 300   msg += "OpenGL: ";
 301   msg += (char *)glGetString(GL_VERSION);
 302   msg += "\n";
 303   QMessageBox::about(this, tr("About mussa"), msg);
 304 }
 305
 306 void MussaWindow::clear()
 307 {
 308   aligned_windows.clear();
 309   browser->clear();
 310 }
 311
 312 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 313 {
 314   try {
 315     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 316     // but this should work for the moment.
 317     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 318
 319     if (setup_analysis_dialog->exec()) {
 320       setAnalysis(setup_analysis_dialog->getMussa());
 321     }
 322   } catch(mussa_error e) {
 323     QString msg(e.what());
 324     QMessageBox::warning(this, tr("Create New Analysis"), msg);
 325   }
 326 }
 327
 328 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 329 {
 330   list<SequenceLocation> result;
 331   SequenceLocationModel& model = subanalysis_window->getModel();
 332   browser->copySelectedTracksAsSeqLocation(result);
 333   for(list<SequenceLocation>::iterator result_itor = result.begin();
 334       result_itor != result.end();
 335       ++result_itor)
 336   {
 337     model.push_back(*result_itor);
 338   }
 339
 340   if (not subanalysis_window->isVisible()) {
 341     subanalysis_window->show();
 342   }
 343 }
 344
 345 void MussaWindow::saveAnalysis()
 346 {
 347   // if we've got an analysis
 348   if (analysis and not analysis->empty()) {
 349     // if it doesn't have a name we need to pick one
 350     if (analysis->get_analysis_path().empty()) {
 351       saveAnalysisAs();
 352     } else {
 353       // if we've got a name, has it changed any?
 354       // this doesn't work when a sequence changes something (like its
 355       // name)
 356       //else if (analysis->is_dirty())
 357       try {
 358         analysis->save();
 359       } catch (std::exception e) {
 360         QMessageBox::critical(this,
 361                               tr("Mussa Save Error"),
 362                               tr(e.what()),
 363                               QMessageBox::Ok, 0, 0);
 364   }
 365
 366     }
 367   }
 368 }
 369
 370 void MussaWindow::saveAnalysisAs()
 371 {
 372   std::auto_ptr<QFileDialog> dialog(new QFileDialog(this));
 373   dialog->setAcceptMode(QFileDialog::AcceptSave);
 374   dialog->setFileMode(QFileDialog::AnyFile);
 375   dialog->setDirectory(*default_dir);
 376
 377   QStringList fileNames;
 378   if (not dialog->exec()) {
 379     return;
 380   }
 381   fileNames = dialog->selectedFiles();
 382
 383   if (fileNames.size() != 1) {
 384     return;
 385   }
 386   try {
 387     fs::path save_path(fileNames[0].toStdString(), fs::native);
 388     // do you want to overwrite?
 389     if (fs::exists(save_path) and
 390         QMessageBox::question(
 391           this,
 392           tr("Overwrite File? -- Mussa"),
 393           tr("A file called %1 already exists"
 394              "do you want to overwrite it?")
 395              .arg(fileNames[0]),
 396           tr("&Yes"), tr("&No"),
 397           QString(), 0, 1)
 398         ) {
 399       return;
 400     }
 401     analysis->save(save_path);
 402     fs::path normalized_path = (save_path / "..").normalize();
 403     default_dir->setPath(normalized_path.native_directory_string().c_str());
 404   } catch (std::exception e) {
 405     QMessageBox::critical(this,
 406                           tr("Mussa Save Error"),
 407                           tr(e.what()),
 408                           QMessageBox::Ok, 0, 0);
 409   }
 410 }
 411
 412 bool MussaWindow::isClearingAnalysisSafe()
 413 {
 414   if (analysis and not analysis->empty() and analysis->is_dirty()) {
 415     switch (QMessageBox::question(
 416       this,
 417       tr("Save Unsaved Changes -- Mussa"),
 418       tr("There are unsaved changes,\ndo you want to save?"),
 419       tr("&Yes"), tr("&No"), tr("&Cancel"),
 420       0, 2)) {
 421     case 0:
 422       // save
 423       saveAnalysis();
 424       break;
 425     case 1:
 426       // don't save
 427       break;
 428     case 2:
 429       // don't replace
 430       return false;
 431       break;
 432     default:
 433       // error
 434       throw runtime_error("isClearingAnalysis QMesageBox failure");
 435     }
 436   }
 437   // if we're here we've been saved and can replace
 438   return true;
 439 }
 440
 441 void MussaWindow::editMotifs()
 442 {
 443   if (motif_editor != 0) {
 444     motif_editor->hide();
 445     delete motif_editor;
 446   }
 447   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 448   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 449           this, SLOT(updateAnnotations()));
 450   motif_editor->show();
 451 }
 452
 453 void MussaWindow::loadMotifList()
 454 {
 455   QString caption("Mussa Load Motifs");
 456   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 457   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 458                                               caption,
 459                                               default_dir->absolutePath(),
 460                                               filter);
 461   // user hit cancel?
 462   if (path.isNull())
 463     return;
 464   // try to load safely
 465   try {
 466     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 467     analysis->load_motifs(converted_path);
 468     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 469     emit changedMotifs();
 470   } catch (std::exception e) {
 471     QString msg("Unable to load ");
 472     msg += path;
 473     msg += "\n";
 474     msg += e.what();
 475     QMessageBox::warning(this, caption, msg);
 476   }
 477 }
 478
 479 void MussaWindow::saveMotifList()
 480 {
 481   QString caption("Mussa Save Motifs");
 482   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 483   QString path = QFileDialog::getSaveFileName(this,
 484                                               caption,
 485                                               default_dir->absolutePath(),
 486                                               filter);
 487   // user hit cancel?
 488   if (path.isNull())
 489     return;
 490   // try to load safely
 491   try {
 492     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 493     if (fs::extension(converted_path).size() == 0) {
 494       // no extension, so add one
 495       fs::path base_path = converted_path.branch_path();
 496       fs::path filename(converted_path.leaf() + ".mtl", fs::native);
 497       converted_path = base_path / filename;
 498     }
 499     analysis->save_motifs(converted_path);
 500     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 501   } catch (std::exception e) {
 502     QString msg("Unable to save ");
 503     msg += path;
 504     msg += "\n";
 505     msg += e.what();
 506     QMessageBox::warning(this, caption, msg);
 507   }}
 508
 509 void MussaWindow::loadMupa()
 510 {
 511   QString caption("Load a mussa parameter file");
 512   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 513   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(
 514                          this,
 515                          caption,
 516                          default_dir->absolutePath(),
 517                          filter
 518                       );
 519   // user hit cancel?
 520   if (mupa_path.isNull())
 521     return;
 522   // try to load safely
 523   try {
 524     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 525     // but this should work for the moment.
 526     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 527
 528     MussaRef m(new Mussa);
 529     fs::path converted_path(mupa_path.toStdString(), fs::native);
 530     connect(m.get(), SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
 531             this, SLOT(updateProgress(const std::string&, int, int)));
 532     m->load_mupa_file(converted_path);
 533     m->analyze();
 534     setAnalysis(m);
 535     updateTitle();
 536     // grab the path ignoring the mupa file portion
 537     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 538   } catch (mussa_load_error e) {
 539     QString msg("Unable to load ");
 540     msg += mupa_path;
 541     msg += "\n";
 542     msg += e.what();
 543     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 544   }
 545   assert (analysis != 0);
 546 }
 547
 548 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 549 {
 550   QString caption("Load a previously run analysis");
 551   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(
 552                         this,
 553                         caption,
 554                         default_dir->absolutePath()
 555                       );
 556   // user hit cancel?
 557   if (muway_dir.isNull())
 558     return;
 559   // try to safely load
 560   try {
 561     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 562     // but this should work for the moment.
 563     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 564
 565     MussaRef m(new Mussa);
 566     fs::path converted_path(muway_dir.toStdString(), fs::native);
 567     connect(m.get(), SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
 568             this, SLOT(updateProgress(const std::string&, int, int)));
 569     m->load(converted_path);
 570     // only switch mussas if we loaded without error
 571     if (analysis->empty()) {
 572       // our current window is empty so load and replace.
 573       setAnalysis(m);
 574       updateTitle();
 575       default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 576     } else {
 577       MussaWindow *win = new MussaWindow(m);
 578       updateTitle();
 579       win->default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 580       win->show();
 581     }
 582   } catch (mussa_load_error e) {
 583     QString msg("Unable to load ");
 584     msg += muway_dir;
 585     msg += "\n";
 586     msg += e.what();
 587     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 588   }
 589   assert (analysis != 0);
 590 }
 591
 592 void MussaWindow::newMussaWindow()
 593 {
 594   MussaRef a(new Mussa);
 595   MussaWindow *win = new MussaWindow(a);
 596   win->default_dir = default_dir;
 597   win->show();
 598 }
 599
 600 void MussaWindow::setSoftThreshold(int value)
 601 {
 602   if (analysis->get_soft_threshold() != value) {
 603     threshold->setEnabled( false );
 604     analysis->set_soft_threshold(value);
 605     analysis->nway();
 606     updateLinks();
 607     update();
 608     threshold->setEnabled( true );
 609   }
 610 }
 611
 612 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 613 {
 614   if (mussaViewTB->isVisible())
 615     mussaViewTB->hide();
 616   else
 617     mussaViewTB->show();
 618 }
 619
 620 void MussaWindow::showBasePairsCopied(size_t bp_copied)
 621 {
 622   QString msg("Copied ");
 623   QString num;
 624   num.setNum(bp_copied);
 625   msg += num + " base pairs";
 626   statusBar()->showMessage(msg, 5000);
 627 }
 628
 629
 630 void MussaWindow::toggleMotifs()
 631 {
 632   NotImplementedBox();
 633 }
 634
 635 void MussaWindow::showManual()
 636 {
 637 #if defined(QT_QTASSISTANT_FOUND)
 638   if (manualAssistant) {
 639     manualAssistant->openAssistant();
 640   } else {
 641     QMessageBox::warning(this,
 642                          tr("Mussa Help Error"),
 643                          tr("QtAssistant not setup correctly"),
 644                          QMessageBox::Ok,
 645                          QMessageBox::NoButton,
 646                          QMessageBox::NoButton);
 647   }
 648 #else
 649   try {
 650     boost::python::object webopen = get_py()["webbrowser.open"];
 651     webopen("http://woldlab.caltech.edu/~king/mussagl_manual/");
 652   } catch( boost::python::error_already_set ) {
 653     PyErr_Print();
 654     QMessageBox::warning(this,
 655                          tr("Mussa Help Error"),
 656                          tr("Unable to launch webbrowser"),
 657                          QMessageBox::Ok,
 658                          QMessageBox::NoButton,
 659                          QMessageBox::NoButton);
 660   }
 661 #endif //QT_QTASSISTANT_FOUND
 662 }
 663
 664 void MussaWindow::assistantError(QString message)
 665 {
 666   //std::cout << "QAssistantError: " << message.toStdString() << "\n";
 667   QMessageBox::warning ( this, "Warning: Mussagl Manual", message,
 668                          QMessageBox::Ok,
 669                          QMessageBox::NoButton);
 670 }
 671
 672 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 673 {
 674   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 675 }
 676
 677 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 678 {
 679   const set<int>& selected_paths = browser->selectedPaths();
 680   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 681     QMessageBox::warning(this,
 682                          QObject::tr("mussa"),
 683                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 684                                      "first"));
 685   } else {
 686     MussaAlignedWindowRef ma_win(
 687       new MussaAlignedWindow(analysis, default_dir, selected_paths, subanalysis_window)
 688     );
 689
 690     aligned_windows.push_back(ma_win);
 691     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 692             aligned_windows.back().get(), SLOT(update()));
 693     aligned_windows.back()->show();
 694   }
 695 }
 696
 697 void MussaWindow::updateAnalysis()
 698 {
 699   const Mussa::vector_sequence_type& seqs = analysis->sequences();
 700   browser->setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 701   assert(browser->sequences().size() == analysis->size());
 702
 703   // setRange eventually emits something that causes updateLinks to be called
 704   // but it's possible for us to not have had a chance to set out sequences
 705   // yet.
 706   threshold->setRange(analysis->get_threshold(),analysis->get_window());
 707   updateLinks();
 708   browser->zoomOut();
 709   zoom->setValue(browser->zoom());
 710 }
 711
 712 void MussaWindow::updateAnnotations()
 713 {
 714   // motifs were changed in the sequences by
 715   // Mussa::update_sequences_motifs
 716   emit changedAnnotations();
 717   browser->update();
 718 }
 719
 720 void MussaWindow::updateLinks()
 721 {
 722   if(browser->sequences().size() == 0) {
 723     // we don't have any sequences load so we have no business setting links
 724     return;
 725   }
 726
 727   browser->clear_links();
 728   bool reversed = false;
 729   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 730
 731   typedef list<ConservedPath> conserved_paths;
 732   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 733   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 734       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 735       ++path_itor)
 736   {
 737     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 738     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 739     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 740     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 741     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 742     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 743
 744     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 745     vector<int> normalized_path;
 746     normalized_path.reserve(track_len);
 747     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 748     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 749     {
 750       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 751       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 752       // track of the score we can put grab the depth here.
 753       //
 754       // are we reverse complimented?
 755       if ( x>=0) {
 756         reversed = false;
 757       } else {
 758         reversed = true;
 759         // make positive
 760         x = -x;
 761       }
 762       normalized_path.push_back(x);
 763       rc_flags.push_back(reversed);
 764     }
 765     browser->link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 766   }
 767   browser->update();
 768 }
 769
 770 void
 771 MussaWindow::updateProgress(const string& description, int current, int max)
 772 {
 773   // if we're done
 774   if (current == max) {
 775     if (progress_dialog != 0) {
 776       progress_dialog->hide();
 777       delete progress_dialog;
 778       progress_dialog = 0;
 779     }
 780   } else {
 781     // if we're starting, create the dialog
 782     if (progress_dialog == 0) {
 783       QString desc(description.c_str());
 784       QString cancel("Cancel");
 785       progress_dialog = new QProgressDialog(desc, cancel, current, max, this);
 786       progress_dialog->show();
 787     } else {
 788       // just update the dialog
 789       progress_dialog->setValue(current);
 790     }
 791   }
 792   qApp->processEvents();
 793 }
 794
 795 void MussaWindow::updateTitle()
 796 {
 797   if (analysis) {
 798     setWindowTitle(analysis->get_title().c_str());
 799   }
 800 }