qui/MussaWindow.cpp

   1 #include "qui/MussaWindow.hpp"
   2 #include "mussa_exceptions.hpp"
   3 #include "version.hpp"
   4
   5 #include <QAction>
   6 #include <QApplication>
   7 #include <QAssistantClient>
   8 #include <QCloseEvent>
   9 #include <QDesktopServices>
  10 #include <QDir>
  11 #include <QFileDialog>
  12 #include <QHBoxLayout>
  13 #include <QIcon>
  14 #include <QMenuBar>
  15 #include <QMessageBox>
  16 #include <QScrollBar>
  17 #include <QStatusBar>
  18 #include <QString>
  19 #include <QStringList>
  20 #include <QUrl>
  21 #include <QWhatsThis>
  22
  23 #include <memory>
  24 #include <iterator>
  25 #include <iostream>
  26
  27 #include <boost/filesystem/path.hpp>
  28 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  29 #include <boost/filesystem/convenience.hpp>
  30 namespace fs = boost::filesystem;
  31 #include <boost/bind.hpp>
  32
  33 using namespace std;
  34
  35 static void init_resources() {
  36   static bool resources_loaded = false;
  37   if (not resources_loaded) {
  38     Q_INIT_RESOURCE(icons);
  39     resources_loaded = true;
  40   }
  41 }
  42
  43 MussaWindow::MussaWindow(MussaRef analysis_, QWidget *parent) :
  44   QMainWindow(parent),
  45   analysis(analysis_),
  46   motif_editor(0),
  47   setup_analysis_dialog(0),
  48   browser(0),
  49   mussaViewTB(0),
  50   zoom(0),
  51   threshold(0),
  52   progress_dialog(0),
  53   aboutAction(0),
  54   closeAction(0),
  55   createNewAnalysisAction(0),
  56   createSubAnalysisAction(0),
  57   editMotifsAction(0),
  58   loadMotifListAction(0),
  59   loadMupaAction(0),
  60   loadSavedAnalysisAction(0),
  61   mussaManualAssistantAction(0),
  62   newMussaWindowAction(0),
  63   saveMotifListAction(0),
  64   showMussaViewToolbarAction(0),
  65   toggleMotifsAction(0),
  66   saveBrowserPixmapAction(0),
  67   whatsThisAction(0),
  68   viewMussaAlignmentAction(0),
  69   manualAssistant(0)
  70 {
  71   init_resources();
  72   setupWidgets();
  73   setupActions();
  74   setupAssistant();
  75   setupMainMenu();
  76
  77   setWindowIcon(QIcon(":/icons/mussa.png"));
  78   default_dir.reset(new QDir(QDir::home().absolutePath()));
  79
  80   setCentralWidget(browser);
  81   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  82   // to call update()
  83   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), browser, SLOT(update()));
  84   connect(this, SIGNAL(changedMotifs()), this, SLOT(updateAnnotations()));
  85   connect(browser, SIGNAL(basepairsCopied(size_t)),
  86           this, SLOT(showBasePairsCopied(size_t)));
  87   connect(zoom, SIGNAL(valueChanged(double)),
  88           browser, SLOT(setZoom(double)));
  89   mussaViewTB->addWidget(zoom);
  90
  91   // threshold range is set in updateAnalysis
  92   connect(threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  93           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  94   mussaViewTB->addWidget(threshold);
  95
  96   addToolBar(mussaViewTB);
  97
  98   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  99
 100   // FIXME: we should start refactoring the connect call to updateAnalysis or something
 101   if (analysis) {
 102     connect(analysis.get(), SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
 103             this, SLOT(updateProgress(const QString&, int, int)));
 104     connect(analysis.get(), SIGNAL(isModified(bool)),
 105             this, SLOT(updateAnalysisModified(bool)));
 106   }
 107   updateTitle();
 108   updateAnalysis();
 109 }
 110
 111 void MussaWindow::setAnalysis(MussaRef new_analysis)
 112 {
 113   if (new_analysis != 0) {
 114     // only switch mussas if we loaded without error
 115     clear();
 116     analysis.swap(new_analysis);
 117     updateTitle();
 118     updateAnalysis();
 119   }
 120 }
 121
 122 void MussaWindow::setupActions()
 123 {
 124   // we really don't want to run this more than once.
 125   assert (closeAction == 0);
 126
 127   // the ever popular about box
 128   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
 129   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
 130   aboutAction->setIcon(QIcon(":/icons/info.png"));
 131
 132   // add exit
 133   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
 134   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
 135   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
 136   closeAction->setIcon(QIcon(":/icons/exit.png"));
 137
 138   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Create &New Analysis"), this);
 139   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 140           this, SLOT(createNewAnalysis()));
 141   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filenew.png"));
 142   createNewAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_N);
 143
 144   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Add to Subanalysis"), this);
 145   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 146           this, SLOT(createSubAnalysis()));
 147
 148   saveAnalysisAction = new QAction(tr("&Save Analysis"), this);
 149   connect(saveAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 150           this, SLOT(saveAnalysis()));
 151   saveAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 152   saveAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_S);
 153
 154   saveAnalysisAsAction = new QAction(tr("Save Analysis &As"), this);
 155   connect(saveAnalysisAsAction, SIGNAL(triggered()),
 156           this, SLOT(saveAnalysisAs()));
 157   saveAnalysisAsAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 158
 159   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 160   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 161
 162   loadMotifListAction = new QAction(tr("Open Motif List"), this);
 163   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 164           this, SLOT(loadMotifList()));
 165   loadMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 166
 167   loadMupaAction = new QAction(tr("Create Analysis from File"), this);
 168   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 169           this, SLOT(loadMupa()));
 170   loadMupaAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 171
 172   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("&Open Existing &Analysis"), this);
 173   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 174           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 175   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 176   loadSavedAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_O);
 177
 178   mussaManualAssistantAction = new QAction(tr("Mussagl Manual..."), this);
 179   mussaManualAssistantAction->setIcon(QIcon(":/icons/contents.png"));
 180   connect(mussaManualAssistantAction, SIGNAL(triggered()),
 181                 this, SLOT(showManual()));
 182
 183   newMussaWindowAction = new QAction(tr("&New Mussa Window"), this);
 184   newMussaWindowAction->setStatusTip("open another mussa window to allow comparing results");
 185   connect(newMussaWindowAction, SIGNAL(triggered()),
 186           this, SLOT(newMussaWindow()));
 187   newMussaWindowAction->setIcon(QIcon(":/icons/window_new.png"));
 188
 189   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 190   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 191           this, SLOT(saveMotifList()));
 192   saveMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 193
 194   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 195   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 196           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 197   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 198   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 199
 200   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 201   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 202           this, SLOT(toggleMotifs()));
 203   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 204   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon(":/icons/motif_icon.png"));
 205   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 206                                    "You can load motif annotations via "
 207                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 208
 209   //Save pixel map action
 210   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 211   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 212           browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 213   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon(":/icons/image2.png"));
 214
 215   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View sequence alignment"), this);
 216   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 217           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 218   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 219                                             "showing alignment of the seqcomp "
 220                                             "defined paths"));
 221
 222   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 223   whatsThisAction->setIcon(QIcon(":/icons/help.png"));
 224
 225
 226 }
 227
 228 void MussaWindow::closeEvent(QCloseEvent *event)
 229 {
 230   if(isClearingAnalysisSafe()) {
 231     event->accept();
 232   } else {
 233     event->ignore();
 234   }
 235 }
 236
 237 void MussaWindow::setupMainMenu()
 238 {
 239   // we need to run setupActions first
 240   assert (closeAction != 0);
 241
 242   QMenu *newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 243
 244   newMenu->addAction(newMussaWindowAction);
 245   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 246   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 247   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 248   newMenu->addAction(saveAnalysisAction);
 249   newMenu->addAction(saveAnalysisAsAction);
 250   newMenu->addSeparator();
 251   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 252   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 253   newMenu->addSeparator();
 254   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 255   newMenu->addSeparator();
 256   newMenu->addAction(closeAction);
 257
 258   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Edit"));
 259   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 260   newMenu->addAction(browser->getCopySelectedSequenceAsStringAction());
 261   newMenu->addAction(browser->getCopySelectedSequenceAsFastaAction());
 262   newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 263   newMenu->addAction(browser->getEditSequencePropertiesAction());
 264
 265   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 266   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 267   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 268
 269   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 270   newMenu->addAction(mussaManualAssistantAction);
 271   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 272   newMenu->addSeparator();
 273   newMenu->addAction(aboutAction);
 274
 275   // add some extra features to the context menu
 276   QMenu *popupMenu = browser->getPopupMenu();
 277   if (popupMenu) {
 278     popupMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 279     popupMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 280   }
 281 }
 282
 283 void MussaWindow::setupWidgets()
 284 {
 285   setup_analysis_dialog = new MussaSetupDialog;
 286   subanalysis_window.reset(new SubanalysisWindow(analysis));
 287   browser = new SequenceBrowserWidget(default_dir);
 288   mussaViewTB = new QToolBar("Path Views", this);
 289   zoom = new ZoomWidget(mussaViewTB);
 290   threshold = new ThresholdWidget(mussaViewTB);
 291 }
 292
 293 void MussaWindow::setupAssistant()
 294 {
 295 #if defined(QT_QTASSISTANT_FOUND)
 296   QStringList manualAssistantArgs;
 297   manualAssistantArgs = QStringList();
 298   manualAssistantArgs << "-profile" << "./doc/manual/mussagl_manual.adp";
 299   manualAssistant = new QAssistantClient("assistant", this);
 300   manualAssistant->setArguments(manualAssistantArgs);
 301   connect(manualAssistant, SIGNAL(error(QString)),
 302           this, SLOT(assistantError(QString)));
 303 #endif
 304 }
 305
 306 void MussaWindow::about()
 307 {
 308   QString msg;
 309   msg += "Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n";
 310   msg += "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n";
 311   msg += "Diane Trout, Tristan De Buysscher, Brandon King\n";
 312   msg += "Version: ";
 313   msg += mussa_version;
 314   msg += "\n";
 315   msg += "OpenGL: ";
 316   msg += (char *)glGetString(GL_VERSION);
 317   msg += "\n";
 318   QMessageBox::about(this, tr("About mussa"), msg);
 319 }
 320
 321 void MussaWindow::clear()
 322 {
 323   aligned_windows.clear();
 324   browser->clear();
 325 }
 326
 327 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 328 {
 329   try {
 330     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 331     // but this should work for the moment.
 332     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 333
 334     if (setup_analysis_dialog->exec()) {
 335       setAnalysis(setup_analysis_dialog->getMussa());
 336     }
 337   } catch(mussa_error e) {
 338     QString msg(e.what());
 339     QMessageBox::warning(this, tr("Create New Analysis"), msg);
 340   }
 341 }
 342
 343 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 344 {
 345   list<SequenceLocation> result;
 346   SequenceLocationModel& model = subanalysis_window->getModel();
 347   browser->copySelectedTracksAsSeqLocation(result);
 348   for(list<SequenceLocation>::iterator result_itor = result.begin();
 349       result_itor != result.end();
 350       ++result_itor)
 351   {
 352     model.push_back(*result_itor);
 353   }
 354
 355   if (not subanalysis_window->isVisible()) {
 356     subanalysis_window->show();
 357   }
 358 }
 359
 360 void MussaWindow::saveAnalysis()
 361 {
 362   // if we've got an analysis
 363   if (analysis and not analysis->empty()) {
 364     // if it doesn't have a name we need to pick one
 365     if (analysis->get_analysis_path().empty()) {
 366       saveAnalysisAs();
 367     } else {
 368       // if we've got a name, has it changed any?
 369       // this doesn't work when a sequence changes something (like its
 370       // name)
 371       //else if (analysis->is_dirty())
 372       try {
 373         analysis->save();
 374       } catch (std::exception e) {
 375         QMessageBox::critical(this,
 376                               tr("Mussa Save Error"),
 377                               tr(e.what()),
 378                               QMessageBox::Ok, 0, 0);
 379   }
 380
 381     }
 382   }
 383 }
 384
 385 void MussaWindow::saveAnalysisAs()
 386 {
 387   std::auto_ptr<QFileDialog> dialog(new QFileDialog(this));
 388   dialog->setAcceptMode(QFileDialog::AcceptSave);
 389   dialog->setFileMode(QFileDialog::AnyFile);
 390   dialog->setDirectory(*default_dir);
 391
 392   QStringList fileNames;
 393   if (not dialog->exec()) {
 394     return;
 395   }
 396   fileNames = dialog->selectedFiles();
 397
 398   if (fileNames.size() != 1) {
 399     return;
 400   }
 401   try {
 402     fs::path save_path(fileNames[0].toStdString(), fs::native);
 403     // do you want to overwrite?
 404     if (fs::exists(save_path) and
 405         QMessageBox::question(
 406           this,
 407           tr("Overwrite File? -- Mussa"),
 408           tr("A file called %1 already exists"
 409              "do you want to overwrite it?")
 410              .arg(fileNames[0]),
 411           tr("&Yes"), tr("&No"),
 412           QString(), 0, 1)
 413         ) {
 414       return;
 415     }
 416     analysis->save(save_path);
 417     fs::path normalized_path = (save_path / "..").normalize();
 418     default_dir->setPath(normalized_path.native_directory_string().c_str());
 419   } catch (std::exception e) {
 420     QMessageBox::critical(this,
 421                           tr("Mussa Save Error"),
 422                           tr(e.what()),
 423                           QMessageBox::Ok, 0, 0);
 424   }
 425 }
 426
 427 bool MussaWindow::isClearingAnalysisSafe()
 428 {
 429   if (analysis and not analysis->empty() and analysis->is_dirty()) {
 430     switch (QMessageBox::question(
 431       this,
 432       tr("Save Unsaved Changes -- Mussa"),
 433       tr("There are unsaved changes,\ndo you want to save?"),
 434       tr("&Yes"), tr("&No"), tr("&Cancel"),
 435       0, 2)) {
 436     case 0:
 437       // save
 438       saveAnalysis();
 439       break;
 440     case 1:
 441       // don't save
 442       break;
 443     case 2:
 444       // don't replace
 445       return false;
 446       break;
 447     default:
 448       // error
 449       throw runtime_error("isClearingAnalysis QMesageBox failure");
 450     }
 451   }
 452   // if we're here we've been saved and can replace
 453   return true;
 454 }
 455
 456 void MussaWindow::editMotifs()
 457 {
 458   if (motif_editor != 0) {
 459     motif_editor->hide();
 460     delete motif_editor;
 461   }
 462   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 463   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 464           this, SLOT(updateAnnotations()));
 465   motif_editor->show();
 466 }
 467
 468 void MussaWindow::loadMotifList()
 469 {
 470   QString caption("Mussa Load Motifs");
 471   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 472   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 473                                               caption,
 474                                               default_dir->absolutePath(),
 475                                               filter);
 476   // user hit cancel?
 477   if (path.isNull())
 478     return;
 479   // try to load safely
 480   try {
 481     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 482     analysis->load_motifs(converted_path);
 483     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 484     emit changedMotifs();
 485   } catch (std::exception e) {
 486     QString msg("Unable to load ");
 487     msg += path;
 488     msg += "\n";
 489     msg += e.what();
 490     QMessageBox::warning(this, caption, msg);
 491   }
 492 }
 493
 494 void MussaWindow::saveMotifList()
 495 {
 496   QString caption("Mussa Save Motifs");
 497   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 498   QString path = QFileDialog::getSaveFileName(this,
 499                                               caption,
 500                                               default_dir->absolutePath(),
 501                                               filter);
 502   // user hit cancel?
 503   if (path.isNull())
 504     return;
 505   // try to load safely
 506   try {
 507     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 508     if (fs::extension(converted_path).size() == 0) {
 509       // no extension, so add one
 510       fs::path base_path = converted_path.branch_path();
 511       fs::path filename(converted_path.leaf() + ".mtl", fs::native);
 512       converted_path = base_path / filename;
 513     }
 514     analysis->save_motifs(converted_path);
 515     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 516   } catch (std::exception e) {
 517     QString msg("Unable to save ");
 518     msg += path;
 519     msg += "\n";
 520     msg += e.what();
 521     QMessageBox::warning(this, caption, msg);
 522   }}
 523
 524 void MussaWindow::loadMupa()
 525 {
 526   QString caption("Load a mussa parameter file");
 527   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 528   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(
 529                          this,
 530                          caption,
 531                          default_dir->absolutePath(),
 532                          filter
 533                       );
 534   // user hit cancel?
 535   if (mupa_path.isNull())
 536     return;
 537   // try to load safely
 538   try {
 539     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 540     // but this should work for the moment.
 541     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 542
 543     MussaRef m = Mussa::init();
 544     fs::path converted_path(mupa_path.toStdString(), fs::native);
 545     connect(m.get(), SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
 546             this, SLOT(updateProgress(const QString&, int, int)));
 547     m->load_mupa_file(converted_path);
 548     m->analyze();
 549     setAnalysis(m);
 550     updateTitle();
 551     // grab the path ignoring the mupa file portion
 552     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 553   } catch (mussa_load_error e) {
 554     QString msg("Unable to load ");
 555     msg += mupa_path;
 556     msg += "\n";
 557     msg += e.what();
 558     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 559   }
 560   assert (analysis != 0);
 561 }
 562
 563 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 564 {
 565   QString caption("Load a previously run analysis");
 566   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(
 567                         this,
 568                         caption,
 569                         default_dir->absolutePath()
 570                       );
 571   // user hit cancel?
 572   if (muway_dir.isNull())
 573     return;
 574   // try to safely load
 575   try {
 576     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 577     // but this should work for the moment.
 578     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 579
 580     MussaRef m = Mussa::init();
 581     fs::path converted_path(muway_dir.toStdString(), fs::native);
 582     connect(m.get(), SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
 583             this, SLOT(updateProgress(const QString&, int, int)));
 584     m->load(converted_path);
 585     // only switch mussas if we loaded without error
 586     if (analysis->empty()) {
 587       // our current window is empty so load and replace.
 588       setAnalysis(m);
 589       updateTitle();
 590       default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 591     } else {
 592       MussaWindow *win = new MussaWindow(m);
 593       updateTitle();
 594       win->default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 595       win->show();
 596     }
 597   } catch (boost::filesystem::filesystem_error e) {
 598     QString msg("Unable to load ");
 599     msg += muway_dir;
 600     msg += "\n";
 601     msg += e.what();
 602     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 603   } catch (mussa_load_error e) {
 604     QString msg("Unable to load ");
 605     msg += muway_dir;
 606     msg += "\n";
 607     msg += e.what();
 608     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 609   }
 610   assert (analysis != 0);
 611 }
 612
 613 void MussaWindow::newMussaWindow()
 614 {
 615   MussaWindow *win = new MussaWindow(Mussa::init());
 616   win->default_dir = default_dir;
 617   win->show();
 618 }
 619
 620 void MussaWindow::setSoftThreshold(int value)
 621 {
 622   if (analysis->get_soft_threshold() != value) {
 623     threshold->setEnabled( false );
 624     analysis->set_soft_threshold(value);
 625     analysis->nway();
 626     updateLinks();
 627     update();
 628     threshold->setEnabled( true );
 629   }
 630 }
 631
 632 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 633 {
 634   if (mussaViewTB->isVisible())
 635     mussaViewTB->hide();
 636   else
 637     mussaViewTB->show();
 638 }
 639
 640 void MussaWindow::showBasePairsCopied(size_t bp_copied)
 641 {
 642   QString msg("Copied ");
 643   QString num;
 644   num.setNum(bp_copied);
 645   msg += num + " base pairs";
 646   statusBar()->showMessage(msg, 5000);
 647 }
 648
 649
 650 void MussaWindow::toggleMotifs()
 651 {
 652   NotImplementedBox();
 653 }
 654
 655 void MussaWindow::showManual()
 656 {
 657 #if defined(QT_QTASSISTANT_FOUND)
 658   if (manualAssistant) {
 659     manualAssistant->openAssistant();
 660   } else {
 661     QMessageBox::warning(this,
 662                          tr("Mussa Help Error"),
 663                          tr("QtAssistant not setup correctly"),
 664                          QMessageBox::Ok,
 665                          QMessageBox::NoButton,
 666                          QMessageBox::NoButton);
 667   }
 668 #else
 669   QUrl manual_url("http://woldlab.caltech.edu/~king/mussagl_manual/");
 670   if (not QDesktopServices::openUrl(manual_url)) {
 671     QMessageBox::warning(this,
 672                          tr("Mussa Help Error"),
 673                          tr("Unable to launch webbrowser"),
 674                          QMessageBox::Ok,
 675                          QMessageBox::NoButton,
 676                          QMessageBox::NoButton);
 677   }
 678 #endif //QT_QTASSISTANT_FOUND
 679 }
 680
 681 void MussaWindow::assistantError(QString message)
 682 {
 683   //std::cout << "QAssistantError: " << message.toStdString() << "\n";
 684   QMessageBox::warning ( this, "Warning: Mussagl Manual", message,
 685                          QMessageBox::Ok,
 686                          QMessageBox::NoButton);
 687 }
 688
 689 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 690 {
 691   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 692 }
 693
 694 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 695 {
 696   const set<int>& selected_paths = browser->selectedPaths();
 697   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 698     QMessageBox::warning(this,
 699                          QObject::tr("mussa"),
 700                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 701                                      "first"));
 702   } else {
 703     MussaAlignedWindowRef ma_win(
 704       new MussaAlignedWindow(analysis, default_dir, selected_paths, subanalysis_window)
 705     );
 706
 707     aligned_windows.push_back(ma_win);
 708     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 709             aligned_windows.back().get(), SLOT(update()));
 710     aligned_windows.back()->show();
 711   }
 712 }
 713
 714 void MussaWindow::updateAnalysis()
 715 {
 716   const Mussa::vector_sequence_type& seqs = analysis->sequences();
 717   browser->setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 718   assert(browser->sequences().size() == analysis->size());
 719
 720   // setRange eventually emits something that causes updateLinks to be called
 721   // but it's possible for us to not have had a chance to set out sequences
 722   // yet.
 723   threshold->setRange(analysis->get_threshold(),analysis->get_window());
 724   updateLinks();
 725   browser->zoomOut();
 726   zoom->setValue(browser->zoom());
 727 }
 728
 729 void MussaWindow::updateAnnotations()
 730 {
 731   // motifs were changed in the sequences by
 732   // Mussa::update_sequences_motifs
 733   emit changedAnnotations();
 734   browser->update();
 735 }
 736
 737 void MussaWindow::updateLinks()
 738 {
 739   if(browser->sequences().size() == 0) {
 740     // we don't have any sequences load so we have no business setting links
 741     return;
 742   }
 743
 744   browser->clear_links();
 745   bool reversed = false;
 746   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 747
 748   typedef list<ConservedPath> conserved_paths;
 749   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 750   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 751       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 752       ++path_itor)
 753   {
 754     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 755     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 756     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 757     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 758     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 759     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 760
 761     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 762     vector<int> normalized_path;
 763     normalized_path.reserve(track_len);
 764     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 765     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 766     {
 767       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 768       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 769       // track of the score we can put grab the depth here.
 770       //
 771       // are we reverse complimented?
 772       if ( x>=0) {
 773         reversed = false;
 774       } else {
 775         reversed = true;
 776         // make positive
 777         x = -x;
 778       }
 779       normalized_path.push_back(x);
 780       rc_flags.push_back(reversed);
 781     }
 782     browser->link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 783   }
 784   browser->update();
 785 }
 786
 787 void
 788 MussaWindow::updateProgress(const QString& description, int current, int max)
 789 {
 790   // if we're done
 791   if (current == max) {
 792     if (progress_dialog != 0) {
 793       progress_dialog->hide();
 794       delete progress_dialog;
 795       progress_dialog = 0;
 796     }
 797   } else {
 798     // if we're starting, create the dialog
 799     if (progress_dialog == 0) {
 800       QString cancel("Cancel");
 801       progress_dialog = new QProgressDialog(description, cancel, current, max, this);
 802       progress_dialog->show();
 803     } else {
 804       // just update the dialog
 805       progress_dialog->setValue(current);
 806     }
 807   }
 808   qApp->processEvents();
 809 }
 810
 811 void MussaWindow::updateAnalysisModified(bool is_modified)
 812 {
 813   setWindowModified(is_modified);
 814 }
 815
 816 void MussaWindow::updateTitle()
 817 {
 818   if (analysis) {
 819     QString title(analysis->get_title().c_str());
 820     title += "[*]";
 821     setWindowTitle(title);
 822   }
 823 }