qui/MussaWindow.cpp

   1 #include <QAction>
   2 #include <QDir>
   3 #include <QFileDialog>
   4 #include <QHBoxLayout>
   5 #include <QIcon>
   6 #include <QMenuBar>
   7 #include <QMessageBox>
   8 #include <QScrollBar>
   9 #include <QStatusBar>
  10 #include <QString>
  11 #include <QWhatsThis>
  12
  13 #include "qui/MussaWindow.hpp"
  14 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  15 #include "mussa_exceptions.hpp"
  16
  17 #include <iostream>
  18
  19 using namespace std;
  20
  21 MussaWindow::MussaWindow(Mussa *analysis_, QWidget *parent) :
  22   QMainWindow(parent),
  23   analysis(analysis_),
  24   motif_editor(0),
  25   browser(this),
  26   mussaViewTB("Path Views"),
  27   zoomBox(),
  28   threshold(),
  29   zoomLabel(),
  30   closeAction(0) // initialize one of the pointers to null as a saftey flag
  31 {
  32   setupActions();
  33   setupMainMenu();
  34
  35   //This next setWhatsThis function prevents
  36   // a segfault when using WhatsThis feature with
  37   // opengl widget.
  38   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  39   setCentralWidget(&browser);
  40   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  41   // to call update()
  42   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), &browser, SLOT(update()));
  43
  44   mussaViewTB.addAction(toggleMotifsAction);
  45
  46   zoomLabel.setPixmap(QIcon("icons/viewmag.png").pixmap(16, 16));
  47   zoomLabel.setToolTip(tr("Zoom"));
  48   zoomLabel.setWhatsThis(tr("Zoom magnification factor"));
  49   mussaViewTB.addWidget(&zoomLabel);
  50
  51   zoomBox.setToolTip(tr("Zoom"));
  52   zoomBox.setWhatsThis(tr("Zoom magnification factor"));
  53   zoomBox.setRange(1,10000000);
  54   mussaViewTB.addWidget(&zoomBox);
  55   connect(&zoomBox, SIGNAL(valueChanged(int)),
  56           &browser, SLOT(setZoom(int)));
  57
  58   threshold.setRange(19, 30);
  59   threshold.setThreshold(19);
  60   //scene->setClipPlane(20);
  61   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  62   //connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  63   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  64   connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  65           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  66   mussaViewTB.addWidget(&threshold);
  67
  68   addToolBar(&mussaViewTB);
  69
  70   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  71   updateAnalysis();
  72 }
  73
  74 void MussaWindow::setupActions()
  75 {
  76   // we really don't want to run this more than once.
  77   assert (closeAction == 0);
  78
  79   // the ever popular about box
  80   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
  81   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
  82   aboutAction->setIcon(QIcon("icons/info.png"));
  83
  84   // add exit
  85   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
  86   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
  87   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
  88   closeAction->setIcon(QIcon("icons/exit.png"));
  89
  90   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Define Analysis"), this);
  91   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  92           this, SLOT(createNewAnalysis()));
  93   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/filenew.png"));
  94
  95   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Define SubAnalysis"), this);
  96   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  97           this, SLOT(createSubAnalysis()));
  98
  99   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 100   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 101
 102   loadMotifListAction = new QAction(tr("Load Motif List"), this);
 103   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 104           this, SLOT(loadMotifList()));
 105   loadMotifListAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 106
 107   loadMupaAction = new QAction(tr("Load Mussa Parameters"), this);
 108   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 109           this, SLOT(loadMupa()));
 110   loadMupaAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 111
 112   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("Load &Analysis"), this);
 113   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 114           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 115   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 116
 117   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 118   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 119           this, SLOT(saveMotifList()));
 120   saveMotifListAction->setIcon(QIcon("icons/filesave.png"));
 121
 122   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 123   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 124           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 125   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 126   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 127
 128   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 129   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 130           this, SLOT(toggleMotifs()));
 131   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 132   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon("icons/motif_icon.png"));
 133   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 134                                    "You can load motif annotations via "
 135                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 136
 137   //Save pixel map action
 138   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 139   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 140           &browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 141   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon("icons/image2.png"));
 142
 143   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View mussa alignment"), this);
 144   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 145           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 146   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 147                                             "showing alignment of the seqcomp "
 148                                             "defined paths"));
 149
 150   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 151   whatsThisAction->setIcon(QIcon("icons/help.png"));
 152
 153 }
 154
 155 void MussaWindow::setupMainMenu()
 156 {
 157   // we need to run setupActions first
 158   assert (closeAction != 0);
 159
 160   QMenu *newMenu;
 161   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 162   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 163   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 164   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 165   //newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 166   newMenu->addSeparator();
 167   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 168   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 169   newMenu->addSeparator();
 170   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 171   newMenu->addSeparator();
 172   newMenu->addAction(closeAction);
 173
 174   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 175   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 176   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 177   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 178
 179   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 180   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 181   newMenu->addSeparator();
 182   newMenu->addAction(aboutAction);
 183 }
 184
 185 void MussaWindow::about()
 186 {
 187   QMessageBox::about(this, tr("About mussa"),
 188       tr("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 189          "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 190          "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n"));
 191 }
 192
 193 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 194 {
 195   MussaSetupDialog *msd = new MussaSetupDialog(this);
 196   if (msd->exec())
 197   {
 198     std::cout << "New mussa exp. defined!\n";
 199     Mussa *m = 0;
 200     m = msd->getMussa();
 201     std::cout << " Mussa Object at: " << m << "\n";
 202     delete m;
 203   }
 204   else
 205   {
 206     std::cout << "New mussa exp. aborted!\n";
 207   }
 208   delete msd;
 209 }
 210
 211 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 212 {
 213   NotImplementedBox();
 214 }
 215
 216 void MussaWindow::editMotifs()
 217 {
 218   if (motif_editor != 0) {
 219     motif_editor->hide();
 220     delete motif_editor;
 221   }
 222   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 223   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 224           this, SLOT(updateAnnotations()));
 225   motif_editor->show();
 226 }
 227
 228 void MussaWindow::loadMotifList()
 229 {
 230   QString caption("Load a motif list");
 231   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 232   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 233                                                    caption,
 234                                                    QDir::currentPath(),
 235                                                    filter);
 236   // user hit cancel?
 237   if (path.isNull())
 238     return;
 239   // try to load safely
 240   try {
 241     analysis->load_motifs(path.toStdString());
 242   } catch (runtime_error e) {
 243     QString msg("Unable to load ");
 244     msg += path;
 245     msg += "\n";
 246     msg += e.what();
 247     QMessageBox::warning(this, "Load Motifs", msg);
 248   }
 249   assert (analysis != 0);
 250 }
 251
 252 void MussaWindow::saveMotifList()
 253 {
 254   NotImplementedBox();
 255 }
 256
 257 void MussaWindow::loadMupa()
 258 {
 259   QString caption("Load a mussa parameter file");
 260   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 261   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 262                                                    caption,
 263                                                    QDir::currentPath(),
 264                                                    filter);
 265   // user hit cancel?
 266   if (mupa_path.isNull())
 267     return;
 268   // try to load safely
 269   try {
 270     Mussa *m = new Mussa;
 271     m->load_mupa_file(mupa_path.toStdString());
 272     m->analyze(0, 0, Mussa::TransitiveNway, 0.0);
 273     // only switch mussas if we loaded without error
 274     delete analysis;
 275     analysis = m;
 276     updateAnalysis();
 277   } catch (mussa_load_error e) {
 278     QString msg("Unable to load ");
 279     msg += mupa_path;
 280     msg += "\n";
 281     msg += e.what();
 282     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 283   }
 284   assert (analysis != 0);
 285 }
 286
 287 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 288 {
 289   QString caption("Load a previously run analysis");
 290   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(this,
 291                                                         caption,
 292                                                         QDir::currentPath());
 293   // user hit cancel?
 294   if (muway_dir.isNull())
 295     return;
 296   // try to safely load
 297   try {
 298     Mussa *m = new Mussa;
 299     m->load(muway_dir.toStdString());
 300     // only switch mussas if we loaded without error
 301     delete analysis;
 302     analysis = m;
 303     updateAnalysis();
 304   } catch (mussa_load_error e) {
 305     QString msg("Unable to load ");
 306     msg += muway_dir;
 307     msg += "\n";
 308     msg += e.what();
 309     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 310   }
 311   assert (analysis != 0);
 312 }
 313
 314 void MussaWindow::setSoftThreshold(int threshold)
 315 {
 316   if (analysis->get_soft_thres() != threshold) {
 317     analysis->set_soft_thres(threshold);
 318     analysis->nway();
 319     updateLinks();
 320     update();
 321   }
 322 }
 323
 324 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 325 {
 326   if (mussaViewTB.isVisible())
 327     mussaViewTB.hide();
 328   else
 329     mussaViewTB.show();
 330 }
 331
 332 void MussaWindow::toggleMotifs()
 333 {
 334   NotImplementedBox();
 335 }
 336
 337 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 338 {
 339   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 340 }
 341
 342 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 343 {
 344   const set<int>& selected_paths = browser.selectedPaths();
 345   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 346     QMessageBox::warning(this,
 347                          QObject::tr("mussa"),
 348                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 349                                      "first"));
 350   } else {
 351     MussaAlignedWindow *ma_win = new MussaAlignedWindow(*analysis,
 352                                                         selected_paths);
 353     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 354             ma_win, SLOT(update()));
 355     aligned_windows.push_back(ma_win);
 356     ma_win->show();
 357   }
 358 }
 359
 360 void MussaWindow::updateAnalysis()
 361 {
 362   cout << "analysis updated" << endl;
 363   for (list<MussaAlignedWindow *>::iterator maw_i = aligned_windows.begin();
 364        maw_i != aligned_windows.end();
 365        ++maw_i)
 366   {
 367     (*maw_i)->hide();
 368     delete *maw_i;
 369   }
 370
 371   browser.clear();
 372   const vector<Sequence>& seqs = analysis->sequences();
 373   browser.setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 374   updateLinks();
 375   browser.zoomOut();
 376   cout << "browser zoom " <<  browser.zoom() << endl;
 377   zoomBox.setValue(browser.zoom());
 378 }
 379
 380 void MussaWindow::updateAnnotations()
 381 {
 382   // motifs were changed in the sequences by
 383   // Mussa::update_sequences_motifs
 384   emit changedAnnotations();
 385   browser.update();
 386 }
 387
 388 void MussaWindow::updateLinks()
 389 {
 390   browser.clear_links();
 391   bool reversed = false;
 392   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 393
 394   typedef list<ExtendedConservedPath> conserved_paths;
 395   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 396   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 397       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 398       ++path_itor)
 399   {
 400     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 401     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 402     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 403     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 404     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 405     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 406
 407     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 408     vector<int> normalized_path;
 409     normalized_path.reserve(track_len);
 410     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 411     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 412     {
 413       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 414       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 415       // track of the score we can put grab the depth here.
 416       //
 417       // are we reverse complimented?
 418       if ( x>=0) {
 419         reversed = false;
 420       } else {
 421         reversed = true;
 422         x = -x; // make positive
 423       }
 424       normalized_path.push_back(x);
 425       rc_flags.push_back(reversed);
 426     }
 427     browser.link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 428   }
 429   browser.update();
 430 }
 431