qui/MussaWindow.cpp

   1 #include "qui/MussaWindow.hpp"
   2 #include "mussa_exceptions.hpp"
   3 #include "version.hpp"
   4
   5 #include <QAction>
   6 #include <QApplication>
   7 #include <QAssistantClient>
   8 #include <QCloseEvent>
   9 #include <QDesktopServices>
  10 #include <QDir>
  11 #include <QFileDialog>
  12 #include <QHBoxLayout>
  13 #include <QIcon>
  14 #include <QMenuBar>
  15 #include <QMessageBox>
  16 #include <QScrollBar>
  17 #include <QStatusBar>
  18 #include <QString>
  19 #include <QStringList>
  20 #include <QUrl>
  21 #include <QWhatsThis>
  22
  23 #include <memory>
  24 #include <iterator>
  25 #include <iostream>
  26
  27 #include <boost/filesystem/path.hpp>
  28 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  29 #include <boost/filesystem/convenience.hpp>
  30 namespace fs = boost::filesystem;
  31 #include <boost/bind.hpp>
  32
  33 using namespace std;
  34
  35 MussaWindow::MussaWindow(MussaRef analysis_, QWidget *parent) :
  36   QMainWindow(parent),
  37   analysis(analysis_),
  38   default_dir(new QDir(QDir::home().absolutePath())),
  39   motif_editor(0),
  40   setup_analysis_dialog(new MussaSetupDialog(this)),
  41   subanalysis_window(new SubanalysisWindow(analysis)),
  42   browser(new SequenceBrowserWidget(default_dir, this)),
  43   mussaViewTB(new QToolBar("Path Views")),
  44   zoom(new ZoomWidget),
  45   threshold(new ThresholdWidget),
  46   progress_dialog(0),
  47   aboutAction(0),
  48   closeAction(0),
  49   createNewAnalysisAction(0),
  50   createSubAnalysisAction(0),
  51   editMotifsAction(0),
  52   loadMotifListAction(0),
  53   loadMupaAction(0),
  54   loadSavedAnalysisAction(0),
  55   mussaManualAssistantAction(0),
  56   newMussaWindowAction(0),
  57   saveMotifListAction(0),
  58   showMussaViewToolbarAction(0),
  59   toggleMotifsAction(0),
  60   saveBrowserPixmapAction(0),
  61   whatsThisAction(0),
  62   viewMussaAlignmentAction(0),
  63   manualAssistant(0)
  64 {
  65   setupActions();
  66   setupMainMenu();
  67   setupAssistant();
  68
  69   //This next setWhatsThis function prevents
  70   // a segfault when using WhatsThis feature with
  71   // opengl widget.
  72   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  73   setCentralWidget(browser);
  74   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  75   // to call update()
  76   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), browser, SLOT(update()));
  77   connect(this, SIGNAL(changedMotifs()), this, SLOT(updateAnnotations()));
  78   connect(browser, SIGNAL(basepairsCopied(size_t)),
  79           this, SLOT(showBasePairsCopied(size_t)));
  80
  81   //mussaViewTB->addAction(toggleMotifsAction);
  82   mussaViewTB->addWidget(zoom);
  83
  84   connect(zoom, SIGNAL(valueChanged(double)),
  85           browser, SLOT(setZoom(double)));
  86
  87   // threshold range is set in updateAnalysis
  88
  89   //scene->setClipPlane(20);
  90   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  91   //connect(threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  92   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  93   connect(threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  94           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  95   mussaViewTB->addWidget(threshold);
  96
  97   addToolBar(mussaViewTB);
  98
  99   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
 100   // FIXME: we should start refactoring the connect call to updateAnalysis or something
 101   if (analysis) {
 102     connect(analysis.get(), SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
 103             this, SLOT(updateProgress(const QString&, int, int)));
 104     connect(analysis.get(), SIGNAL(isModified(bool)),
 105             this, SLOT(updateAnalysisModified(bool)));
 106   }
 107   updateTitle();
 108   updateAnalysis();
 109 }
 110
 111 void MussaWindow::setAnalysis(MussaRef new_analysis)
 112 {
 113   if (new_analysis != 0) {
 114     // only switch mussas if we loaded without error
 115     clear();
 116     analysis.swap(new_analysis);
 117     updateTitle();
 118     updateAnalysis();
 119   }
 120 }
 121
 122 void MussaWindow::setupActions()
 123 {
 124   // we really don't want to run this more than once.
 125   assert (closeAction == 0);
 126
 127   // the ever popular about box
 128   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
 129   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
 130   aboutAction->setIcon(QIcon(":/icons/info.png"));
 131
 132   // add exit
 133   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
 134   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
 135   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
 136   closeAction->setIcon(QIcon(":/icons/exit.png"));
 137
 138   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Create &New Analysis"), this);
 139   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 140           this, SLOT(createNewAnalysis()));
 141   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filenew.png"));
 142   createNewAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_N);
 143
 144   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Add to Subanalysis"), this);
 145   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 146           this, SLOT(createSubAnalysis()));
 147
 148   saveAnalysisAction = new QAction(tr("&Save Analysis"), this);
 149   connect(saveAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 150           this, SLOT(saveAnalysis()));
 151   saveAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 152   saveAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_S);
 153
 154   saveAnalysisAsAction = new QAction(tr("Save Analysis &As"), this);
 155   connect(saveAnalysisAsAction, SIGNAL(triggered()),
 156           this, SLOT(saveAnalysisAs()));
 157   saveAnalysisAsAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 158
 159   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 160   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 161
 162   loadMotifListAction = new QAction(tr("Open Motif List"), this);
 163   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 164           this, SLOT(loadMotifList()));
 165   loadMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 166
 167   loadMupaAction = new QAction(tr("Create Analysis from File"), this);
 168   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 169           this, SLOT(loadMupa()));
 170   loadMupaAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 171
 172   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("&Open Existing &Analysis"), this);
 173   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 174           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 175   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 176   loadSavedAnalysisAction->setShortcut(Qt::CTRL | Qt::Key_O);
 177
 178   mussaManualAssistantAction = new QAction(tr("Mussagl Manual..."), this);
 179   mussaManualAssistantAction->setIcon(QIcon(":/icons/contents.png"));
 180   connect(mussaManualAssistantAction, SIGNAL(triggered()),
 181           this, SLOT(showManual()));
 182
 183   newMussaWindowAction = new QAction(tr("&New Mussa Window"), this);
 184   newMussaWindowAction->setStatusTip("open another mussa window to allow comparing results");
 185   connect(newMussaWindowAction, SIGNAL(triggered()),
 186           this, SLOT(newMussaWindow()));
 187   newMussaWindowAction->setIcon(QIcon(":/icons/window_new.png"));
 188
 189   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 190   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 191           this, SLOT(saveMotifList()));
 192   saveMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 193
 194   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 195   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 196           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 197   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 198   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 199
 200   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 201   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 202           this, SLOT(toggleMotifs()));
 203   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 204   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon(":/icons/motif_icon.png"));
 205   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 206                                    "You can load motif annotations via "
 207                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 208
 209   //Save pixel map action
 210   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 211   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 212           browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 213   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon(":/icons/image2.png"));
 214
 215   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View sequence alignment"), this);
 216   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 217           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 218   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 219                                             "showing alignment of the seqcomp "
 220                                             "defined paths"));
 221
 222   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 223   whatsThisAction->setIcon(QIcon(":/icons/help.png"));
 224
 225
 226 }
 227
 228 void MussaWindow::closeEvent(QCloseEvent *event)
 229 {
 230   if(isClearingAnalysisSafe()) {
 231     event->accept();
 232   } else {
 233     event->ignore();
 234   }
 235 }
 236
 237 void MussaWindow::setupMainMenu()
 238 {
 239   // we need to run setupActions first
 240   assert (closeAction != 0);
 241
 242   QMenu *newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 243
 244   newMenu->addAction(newMussaWindowAction);
 245   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 246   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 247   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 248   newMenu->addAction(saveAnalysisAction);
 249   newMenu->addAction(saveAnalysisAsAction);
 250   newMenu->addSeparator();
 251   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 252   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 253   newMenu->addSeparator();
 254   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 255   newMenu->addSeparator();
 256   newMenu->addAction(closeAction);
 257
 258   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Edit"));
 259   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 260   newMenu->addAction(browser->getCopySelectedSequenceAsStringAction());
 261   newMenu->addAction(browser->getCopySelectedSequenceAsFastaAction());
 262   newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 263   newMenu->addAction(browser->getEditSequencePropertiesAction());
 264
 265   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 266   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 267   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 268
 269   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 270   newMenu->addAction(mussaManualAssistantAction);
 271   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 272   newMenu->addSeparator();
 273   newMenu->addAction(aboutAction);
 274
 275   // add some extra features to the context menu
 276   QMenu *popupMenu = browser->getPopupMenu();
 277   if (popupMenu) {
 278     popupMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 279     popupMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 280   }
 281 }
 282
 283 void MussaWindow::setupAssistant()
 284 {
 285 #if defined(QT_QTASSISTANT_FOUND)
 286   QStringList manualAssistantArgs;
 287   manualAssistantArgs = QStringList();
 288   manualAssistantArgs << "-profile" << "./doc/manual/mussagl_manual.adp";
 289   manualAssistant = new QAssistantClient("assistant", this);
 290   manualAssistant->setArguments(manualAssistantArgs);
 291   connect(manualAssistant, SIGNAL(error(QString)),
 292           this, SLOT(assistantError(QString)));
 293 #endif
 294 }
 295
 296 void MussaWindow::about()
 297 {
 298   QString msg;
 299   msg += "Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n";
 300   msg += "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n";
 301   msg += "Diane Trout, Tristan De Buysscher, Brandon King\n";
 302   msg += "Version: ";
 303   msg += mussa_version;
 304   msg += "\n";
 305   msg += "OpenGL: ";
 306   msg += (char *)glGetString(GL_VERSION);
 307   msg += "\n";
 308   QMessageBox::about(this, tr("About mussa"), msg);
 309 }
 310
 311 void MussaWindow::clear()
 312 {
 313   aligned_windows.clear();
 314   browser->clear();
 315 }
 316
 317 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 318 {
 319   try {
 320     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 321     // but this should work for the moment.
 322     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 323
 324     if (setup_analysis_dialog->exec()) {
 325       setAnalysis(setup_analysis_dialog->getMussa());
 326     }
 327   } catch(mussa_error e) {
 328     QString msg(e.what());
 329     QMessageBox::warning(this, tr("Create New Analysis"), msg);
 330   }
 331 }
 332
 333 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 334 {
 335   list<SequenceLocation> result;
 336   SequenceLocationModel& model = subanalysis_window->getModel();
 337   browser->copySelectedTracksAsSeqLocation(result);
 338   for(list<SequenceLocation>::iterator result_itor = result.begin();
 339       result_itor != result.end();
 340       ++result_itor)
 341   {
 342     model.push_back(*result_itor);
 343   }
 344
 345   if (not subanalysis_window->isVisible()) {
 346     subanalysis_window->show();
 347   }
 348 }
 349
 350 void MussaWindow::saveAnalysis()
 351 {
 352   // if we've got an analysis
 353   if (analysis and not analysis->empty()) {
 354     // if it doesn't have a name we need to pick one
 355     if (analysis->get_analysis_path().empty()) {
 356       saveAnalysisAs();
 357     } else {
 358       // if we've got a name, has it changed any?
 359       // this doesn't work when a sequence changes something (like its
 360       // name)
 361       //else if (analysis->is_dirty())
 362       try {
 363         analysis->save();
 364       } catch (std::exception e) {
 365         QMessageBox::critical(this,
 366                               tr("Mussa Save Error"),
 367                               tr(e.what()),
 368                               QMessageBox::Ok, 0, 0);
 369   }
 370
 371     }
 372   }
 373 }
 374
 375 void MussaWindow::saveAnalysisAs()
 376 {
 377   std::auto_ptr<QFileDialog> dialog(new QFileDialog(this));
 378   dialog->setAcceptMode(QFileDialog::AcceptSave);
 379   dialog->setFileMode(QFileDialog::AnyFile);
 380   dialog->setDirectory(*default_dir);
 381
 382   QStringList fileNames;
 383   if (not dialog->exec()) {
 384     return;
 385   }
 386   fileNames = dialog->selectedFiles();
 387
 388   if (fileNames.size() != 1) {
 389     return;
 390   }
 391   try {
 392     fs::path save_path(fileNames[0].toStdString(), fs::native);
 393     // do you want to overwrite?
 394     if (fs::exists(save_path) and
 395         QMessageBox::question(
 396           this,
 397           tr("Overwrite File? -- Mussa"),
 398           tr("A file called %1 already exists"
 399              "do you want to overwrite it?")
 400              .arg(fileNames[0]),
 401           tr("&Yes"), tr("&No"),
 402           QString(), 0, 1)
 403         ) {
 404       return;
 405     }
 406     analysis->save(save_path);
 407     fs::path normalized_path = (save_path / "..").normalize();
 408     default_dir->setPath(normalized_path.native_directory_string().c_str());
 409   } catch (std::exception e) {
 410     QMessageBox::critical(this,
 411                           tr("Mussa Save Error"),
 412                           tr(e.what()),
 413                           QMessageBox::Ok, 0, 0);
 414   }
 415 }
 416
 417 bool MussaWindow::isClearingAnalysisSafe()
 418 {
 419   if (analysis and not analysis->empty() and analysis->is_dirty()) {
 420     switch (QMessageBox::question(
 421       this,
 422       tr("Save Unsaved Changes -- Mussa"),
 423       tr("There are unsaved changes,\ndo you want to save?"),
 424       tr("&Yes"), tr("&No"), tr("&Cancel"),
 425       0, 2)) {
 426     case 0:
 427       // save
 428       saveAnalysis();
 429       break;
 430     case 1:
 431       // don't save
 432       break;
 433     case 2:
 434       // don't replace
 435       return false;
 436       break;
 437     default:
 438       // error
 439       throw runtime_error("isClearingAnalysis QMesageBox failure");
 440     }
 441   }
 442   // if we're here we've been saved and can replace
 443   return true;
 444 }
 445
 446 void MussaWindow::editMotifs()
 447 {
 448   if (motif_editor != 0) {
 449     motif_editor->hide();
 450     delete motif_editor;
 451   }
 452   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 453   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 454           this, SLOT(updateAnnotations()));
 455   motif_editor->show();
 456 }
 457
 458 void MussaWindow::loadMotifList()
 459 {
 460   QString caption("Mussa Load Motifs");
 461   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 462   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 463                                               caption,
 464                                               default_dir->absolutePath(),
 465                                               filter);
 466   // user hit cancel?
 467   if (path.isNull())
 468     return;
 469   // try to load safely
 470   try {
 471     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 472     analysis->load_motifs(converted_path);
 473     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 474     emit changedMotifs();
 475   } catch (std::exception e) {
 476     QString msg("Unable to load ");
 477     msg += path;
 478     msg += "\n";
 479     msg += e.what();
 480     QMessageBox::warning(this, caption, msg);
 481   }
 482 }
 483
 484 void MussaWindow::saveMotifList()
 485 {
 486   QString caption("Mussa Save Motifs");
 487   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 488   QString path = QFileDialog::getSaveFileName(this,
 489                                               caption,
 490                                               default_dir->absolutePath(),
 491                                               filter);
 492   // user hit cancel?
 493   if (path.isNull())
 494     return;
 495   // try to load safely
 496   try {
 497     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 498     if (fs::extension(converted_path).size() == 0) {
 499       // no extension, so add one
 500       fs::path base_path = converted_path.branch_path();
 501       fs::path filename(converted_path.leaf() + ".mtl", fs::native);
 502       converted_path = base_path / filename;
 503     }
 504     analysis->save_motifs(converted_path);
 505     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 506   } catch (std::exception e) {
 507     QString msg("Unable to save ");
 508     msg += path;
 509     msg += "\n";
 510     msg += e.what();
 511     QMessageBox::warning(this, caption, msg);
 512   }}
 513
 514 void MussaWindow::loadMupa()
 515 {
 516   QString caption("Load a mussa parameter file");
 517   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 518   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(
 519                          this,
 520                          caption,
 521                          default_dir->absolutePath(),
 522                          filter
 523                       );
 524   // user hit cancel?
 525   if (mupa_path.isNull())
 526     return;
 527   // try to load safely
 528   try {
 529     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 530     // but this should work for the moment.
 531     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 532
 533     MussaRef m = Mussa::init();
 534     fs::path converted_path(mupa_path.toStdString(), fs::native);
 535     connect(m.get(), SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
 536             this, SLOT(updateProgress(const QString&, int, int)));
 537     m->load_mupa_file(converted_path);
 538     m->analyze();
 539     setAnalysis(m);
 540     updateTitle();
 541     // grab the path ignoring the mupa file portion
 542     default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 543   } catch (mussa_load_error e) {
 544     QString msg("Unable to load ");
 545     msg += mupa_path;
 546     msg += "\n";
 547     msg += e.what();
 548     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 549   }
 550   assert (analysis != 0);
 551 }
 552
 553 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 554 {
 555   QString caption("Load a previously run analysis");
 556   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(
 557                         this,
 558                         caption,
 559                         default_dir->absolutePath()
 560                       );
 561   // user hit cancel?
 562   if (muway_dir.isNull())
 563     return;
 564   // try to safely load
 565   try {
 566     // ideally we should open a new window if there's an analysis
 567     // but this should work for the moment.
 568     if (not isClearingAnalysisSafe()) return;
 569
 570     MussaRef m = Mussa::init();
 571     fs::path converted_path(muway_dir.toStdString(), fs::native);
 572     connect(m.get(), SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
 573             this, SLOT(updateProgress(const QString&, int, int)));
 574     m->load(converted_path);
 575     // only switch mussas if we loaded without error
 576     if (analysis->empty()) {
 577       // our current window is empty so load and replace.
 578       setAnalysis(m);
 579       updateTitle();
 580       default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 581     } else {
 582       MussaWindow *win = new MussaWindow(m);
 583       updateTitle();
 584       win->default_dir->setPath(converted_path.branch_path().native_directory_string().c_str());
 585       win->show();
 586     }
 587   } catch (boost::filesystem::filesystem_error e) {
 588     QString msg("Unable to load ");
 589     msg += muway_dir;
 590     msg += "\n";
 591     msg += e.what();
 592     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 593   } catch (mussa_load_error e) {
 594     QString msg("Unable to load ");
 595     msg += muway_dir;
 596     msg += "\n";
 597     msg += e.what();
 598     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 599   }
 600   assert (analysis != 0);
 601 }
 602
 603 void MussaWindow::newMussaWindow()
 604 {
 605   MussaWindow *win = new MussaWindow(Mussa::init());
 606   win->default_dir = default_dir;
 607   win->show();
 608 }
 609
 610 void MussaWindow::setSoftThreshold(int value)
 611 {
 612   if (analysis->get_soft_threshold() != value) {
 613     threshold->setEnabled( false );
 614     analysis->set_soft_threshold(value);
 615     analysis->nway();
 616     updateLinks();
 617     update();
 618     threshold->setEnabled( true );
 619   }
 620 }
 621
 622 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 623 {
 624   if (mussaViewTB->isVisible())
 625     mussaViewTB->hide();
 626   else
 627     mussaViewTB->show();
 628 }
 629
 630 void MussaWindow::showBasePairsCopied(size_t bp_copied)
 631 {
 632   QString msg("Copied ");
 633   QString num;
 634   num.setNum(bp_copied);
 635   msg += num + " base pairs";
 636   statusBar()->showMessage(msg, 5000);
 637 }
 638
 639
 640 void MussaWindow::toggleMotifs()
 641 {
 642   NotImplementedBox();
 643 }
 644
 645 void MussaWindow::showManual()
 646 {
 647 #if defined(QT_QTASSISTANT_FOUND)
 648   if (manualAssistant) {
 649     manualAssistant->openAssistant();
 650   } else {
 651     QMessageBox::warning(this,
 652                          tr("Mussa Help Error"),
 653                          tr("QtAssistant not setup correctly"),
 654                          QMessageBox::Ok,
 655                          QMessageBox::NoButton,
 656                          QMessageBox::NoButton);
 657   }
 658 #else
 659   QUrl manual_url("http://woldlab.caltech.edu/~king/mussagl_manual/");
 660   if (not QDesktopServices::openUrl(manual_url)) {
 661     QMessageBox::warning(this,
 662                          tr("Mussa Help Error"),
 663                          tr("Unable to launch webbrowser"),
 664                          QMessageBox::Ok,
 665                          QMessageBox::NoButton,
 666                          QMessageBox::NoButton);
 667   }
 668 #endif //QT_QTASSISTANT_FOUND
 669 }
 670
 671 void MussaWindow::assistantError(QString message)
 672 {
 673   //std::cout << "QAssistantError: " << message.toStdString() << "\n";
 674   QMessageBox::warning ( this, "Warning: Mussagl Manual", message,
 675                          QMessageBox::Ok,
 676                          QMessageBox::NoButton);
 677 }
 678
 679 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 680 {
 681   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 682 }
 683
 684 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 685 {
 686   const set<int>& selected_paths = browser->selectedPaths();
 687   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 688     QMessageBox::warning(this,
 689                          QObject::tr("mussa"),
 690                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 691                                      "first"));
 692   } else {
 693     MussaAlignedWindowRef ma_win(
 694       new MussaAlignedWindow(analysis, default_dir, selected_paths, subanalysis_window)
 695     );
 696
 697     aligned_windows.push_back(ma_win);
 698     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 699             aligned_windows.back().get(), SLOT(update()));
 700     aligned_windows.back()->show();
 701   }
 702 }
 703
 704 void MussaWindow::updateAnalysis()
 705 {
 706   const Mussa::vector_sequence_type& seqs = analysis->sequences();
 707   browser->setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 708   assert(browser->sequences().size() == analysis->size());
 709
 710   // setRange eventually emits something that causes updateLinks to be called
 711   // but it's possible for us to not have had a chance to set out sequences
 712   // yet.
 713   threshold->setRange(analysis->get_threshold(),analysis->get_window());
 714   updateLinks();
 715   browser->zoomOut();
 716   zoom->setValue(browser->zoom());
 717 }
 718
 719 void MussaWindow::updateAnnotations()
 720 {
 721   // motifs were changed in the sequences by
 722   // Mussa::update_sequences_motifs
 723   emit changedAnnotations();
 724   browser->update();
 725 }
 726
 727 void MussaWindow::updateLinks()
 728 {
 729   if(browser->sequences().size() == 0) {
 730     // we don't have any sequences load so we have no business setting links
 731     return;
 732   }
 733
 734   browser->clear_links();
 735   bool reversed = false;
 736   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 737
 738   typedef list<ConservedPath> conserved_paths;
 739   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 740   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 741       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 742       ++path_itor)
 743   {
 744     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 745     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 746     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 747     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 748     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 749     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 750
 751     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 752     vector<int> normalized_path;
 753     normalized_path.reserve(track_len);
 754     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 755     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 756     {
 757       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 758       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 759       // track of the score we can put grab the depth here.
 760       //
 761       // are we reverse complimented?
 762       if ( x>=0) {
 763         reversed = false;
 764       } else {
 765         reversed = true;
 766         // make positive
 767         x = -x;
 768       }
 769       normalized_path.push_back(x);
 770       rc_flags.push_back(reversed);
 771     }
 772     browser->link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 773   }
 774   browser->update();
 775 }
 776
 777 void
 778 MussaWindow::updateProgress(const QString& description, int current, int max)
 779 {
 780   // if we're done
 781   if (current == max) {
 782     if (progress_dialog != 0) {
 783       progress_dialog->hide();
 784       delete progress_dialog;
 785       progress_dialog = 0;
 786     }
 787   } else {
 788     // if we're starting, create the dialog
 789     if (progress_dialog == 0) {
 790       QString cancel("Cancel");
 791       progress_dialog = new QProgressDialog(description, cancel, current, max, this);
 792       progress_dialog->show();
 793     } else {
 794       // just update the dialog
 795       progress_dialog->setValue(current);
 796     }
 797   }
 798   qApp->processEvents();
 799 }
 800
 801 void MussaWindow::updateAnalysisModified(bool is_modified)
 802 {
 803   setWindowModified(is_modified);
 804 }
 805
 806 void MussaWindow::updateTitle()
 807 {
 808   if (analysis) {
 809     QString title(analysis->get_title().c_str());
 810     title += "[*]";
 811     setWindowTitle(title);
 812   }
 813 }