qui/MussaWindow.cpp

   1 #include <QAction>
   2 #include <QDir>
   3 #include <QFileDialog>
   4 #include <QHBoxLayout>
   5 #include <QIcon>
   6 #include <QMenuBar>
   7 #include <QMessageBox>
   8 #include <QScrollBar>
   9 #include <QStatusBar>
  10 #include <QString>
  11 #include <QWhatsThis>
  12
  13 #include "qui/MussaWindow.hpp"
  14 #include "mussa_exceptions.hpp"
  15
  16 #include <iostream>
  17
  18 #include <boost/filesystem/path.hpp>
  19 namespace fs = boost::filesystem;
  20
  21 using namespace std;
  22
  23 MussaWindow::MussaWindow(Mussa *analysis_, QWidget *parent) :
  24   QMainWindow(parent),
  25   analysis(analysis_),
  26   motif_editor(0),
  27   browser(this),
  28   mussaViewTB("Path Views"),
  29   zoom(),
  30   threshold(),
  31   closeAction(0) // initialize one of the pointers to null as a saftey flag
  32 {
  33   setupActions();
  34   setupMainMenu();
  35
  36   //This next setWhatsThis function prevents
  37   // a segfault when using WhatsThis feature with
  38   // opengl widget.
  39   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  40   setCentralWidget(&browser);
  41   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  42   // to call update()
  43   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), &browser, SLOT(update()));
  44
  45   mussaViewTB.addAction(toggleMotifsAction);
  46   mussaViewTB.addWidget(&zoom);
  47
  48   connect(&zoom, SIGNAL(valueChanged(double)),
  49           &browser, SLOT(setZoom(double)));
  50
  51   // threshold range is set in updateAnalysis
  52
  53   //scene->setClipPlane(20);
  54   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  55   //connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  56   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  57   connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  58           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  59   mussaViewTB.addWidget(&threshold);
  60
  61   addToolBar(&mussaViewTB);
  62
  63   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  64   updateAnalysis();
  65 }
  66
  67 MussaWindow::~MussaWindow()
  68 {
  69   if (analysis != 0) delete analysis;
  70   aligned_windows.clear();
  71   if (motif_editor != 0) delete motif_editor;
  72
  73   if (aboutAction != 0) delete aboutAction;
  74   if (closeAction != 0) delete closeAction;
  75   if (createNewAnalysisAction != 0) delete createNewAnalysisAction;
  76   if (createSubAnalysisAction != 0) delete createSubAnalysisAction;
  77   if (editMotifsAction != 0) delete editMotifsAction;
  78   if (loadMotifListAction != 0) delete loadMotifListAction;
  79   if (loadMupaAction != 0) delete loadMupaAction;
  80   if (loadSavedAnalysisAction != 0) delete loadSavedAnalysisAction;
  81   if (newMussaWindowAction != 0) delete newMussaWindowAction;
  82   if (saveMotifListAction != 0) delete saveMotifListAction;
  83   if (showMussaViewToolbarAction != 0) delete showMussaViewToolbarAction;
  84   if (toggleMotifsAction != 0) delete toggleMotifsAction;
  85   if (saveBrowserPixmapAction != 0) delete saveBrowserPixmapAction;
  86 }
  87
  88 void MussaWindow::setAnalysis(Mussa *new_analysis)
  89 {
  90   if (new_analysis != 0) {
  91     // only switch mussas if we loaded without error
  92     delete analysis;
  93     analysis = new_analysis;
  94     setWindowTitle(analysis->get_name().c_str());
  95     updateAnalysis();
  96   }
  97 }
  98
  99 void MussaWindow::setupActions()
 100 {
 101   // we really don't want to run this more than once.
 102   assert (closeAction == 0);
 103
 104   // the ever popular about box
 105   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
 106   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
 107   aboutAction->setIcon(QIcon(":/icons/info.png"));
 108
 109   // add exit
 110   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
 111   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
 112   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
 113   closeAction->setIcon(QIcon(":/icons/exit.png"));
 114
 115   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Define Analysis"), this);
 116   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 117           this, SLOT(createNewAnalysis()));
 118   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/filenew.png"));
 119
 120   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Define SubAnalysis"), this);
 121   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 122           this, SLOT(createSubAnalysis()));
 123
 124   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 125   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 126
 127   loadMotifListAction = new QAction(tr("Load Motif List"), this);
 128   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 129           this, SLOT(loadMotifList()));
 130   loadMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 131
 132   loadMupaAction = new QAction(tr("Load Mussa Parameters"), this);
 133   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 134           this, SLOT(loadMupa()));
 135   loadMupaAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 136
 137   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("Load &Analysis"), this);
 138   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 139           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 140   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon(":/icons/fileopen.png"));
 141
 142   newMussaWindowAction = new QAction(tr("&New Mussa Window"), this);
 143   newMussaWindowAction->setStatusTip("open another mussa window to allow comparing results");
 144   connect(newMussaWindowAction, SIGNAL(triggered()),
 145           this, SLOT(newMussaWindow()));
 146   newMussaWindowAction->setIcon(QIcon(":/icons/window_new.png"));
 147
 148   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 149   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 150           this, SLOT(saveMotifList()));
 151   saveMotifListAction->setIcon(QIcon(":/icons/filesave.png"));
 152
 153   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 154   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 155           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 156   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 157   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 158
 159   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 160   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 161           this, SLOT(toggleMotifs()));
 162   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 163   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon(":/icons/motif_icon.png"));
 164   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 165                                    "You can load motif annotations via "
 166                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 167
 168   //Save pixel map action
 169   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 170   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 171           &browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 172   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon(":/icons/image2.png"));
 173
 174   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View mussa alignment"), this);
 175   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 176           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 177   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 178                                             "showing alignment of the seqcomp "
 179                                             "defined paths"));
 180
 181   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 182   whatsThisAction->setIcon(QIcon(":/icons/help.png"));
 183
 184 }
 185
 186 void MussaWindow::setupMainMenu()
 187 {
 188   // we need to run setupActions first
 189   assert (closeAction != 0);
 190
 191   QMenu *newMenu;
 192   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 193   newMenu->addAction(newMussaWindowAction);
 194   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 195   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 196   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 197   //newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 198   newMenu->addSeparator();
 199   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 200   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 201   newMenu->addSeparator();
 202   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 203   newMenu->addSeparator();
 204   newMenu->addAction(closeAction);
 205
 206   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 207   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 208   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 209   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 210
 211   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 212   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 213   newMenu->addSeparator();
 214   newMenu->addAction(aboutAction);
 215 }
 216
 217 void MussaWindow::about()
 218 {
 219   QString msg("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 220               "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 221               "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n");
 222    msg += "\n\r";
 223    msg += "Path: ";
 224    msg += QDir::currentPath();
 225    msg += "\n";
 226    msg += "OpenGL: ";
 227    msg += (char *)glGetString(GL_VERSION);
 228    msg += "\n";
 229    QMessageBox::about(this, tr("About mussa"), msg);
 230 }
 231
 232 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 233 {
 234   try {
 235     if (setup_analysis_dialog.exec()) {
 236       Mussa *m = 0;
 237       m = setup_analysis_dialog.getMussa();
 238       setAnalysis(m);
 239     } else {
 240       std::cout << "New mussa exp. aborted!\n";
 241     }
 242   } catch(mussa_error e) {
 243     QString msg(e.what());
 244     QMessageBox::warning(this, tr("Create New Analysis"), msg);
 245   }
 246 }
 247
 248 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 249 {
 250   NotImplementedBox();
 251 }
 252
 253 void MussaWindow::editMotifs()
 254 {
 255   if (motif_editor != 0) {
 256     motif_editor->hide();
 257     delete motif_editor;
 258   }
 259   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 260   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 261           this, SLOT(updateAnnotations()));
 262   motif_editor->show();
 263 }
 264
 265 void MussaWindow::loadMotifList()
 266 {
 267   QString caption("Load a motif list");
 268   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 269   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 270                                                    caption,
 271                                                    QDir::currentPath(),
 272                                                    filter);
 273   // user hit cancel?
 274   if (path.isNull())
 275     return;
 276   // try to load safely
 277   try {
 278     fs::path converted_path(path.toStdString(), fs::native);
 279     analysis->load_motifs(converted_path);
 280   } catch (runtime_error e) {
 281     QString msg("Unable to load ");
 282     msg += path;
 283     msg += "\n";
 284     msg += e.what();
 285     QMessageBox::warning(this, "Load Motifs", msg);
 286   }
 287   assert (analysis != 0);
 288 }
 289
 290 void MussaWindow::saveMotifList()
 291 {
 292   NotImplementedBox();
 293 }
 294
 295 void MussaWindow::loadMupa()
 296 {
 297   QString caption("Load a mussa parameter file");
 298   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 299   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 300                                                    caption,
 301                                                    QDir::currentPath(),
 302                                                    filter);
 303   // user hit cancel?
 304   if (mupa_path.isNull())
 305     return;
 306   // try to load safely
 307   try {
 308     Mussa *m = new Mussa;
 309     fs::path converted_path(mupa_path.toStdString(), fs::native);
 310     m->load_mupa_file(converted_path);
 311     m->analyze(0, 0, Mussa::TransitiveNway, 0.0);
 312     setAnalysis(m);
 313     setWindowTitle(converted_path.native_file_string().c_str());
 314   } catch (mussa_load_error e) {
 315     QString msg("Unable to load ");
 316     msg += mupa_path;
 317     msg += "\n";
 318     msg += e.what();
 319     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 320   }
 321   assert (analysis != 0);
 322 }
 323
 324 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 325 {
 326   QString caption("Load a previously run analysis");
 327   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(this,
 328                                                         caption,
 329                                                         QDir::currentPath());
 330   // user hit cancel?
 331   if (muway_dir.isNull())
 332     return;
 333   // try to safely load
 334   try {
 335     Mussa *m = new Mussa;
 336     fs::path converted_path(muway_dir.toStdString(), fs::native);
 337     m->load(converted_path);
 338     // only switch mussas if we loaded without error
 339     setAnalysis(m);
 340     setWindowTitle(converted_path.native_file_string().c_str());
 341   } catch (mussa_load_error e) {
 342     QString msg("Unable to load ");
 343     msg += muway_dir;
 344     msg += "\n";
 345     msg += e.what();
 346     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 347   }
 348   assert (analysis != 0);
 349 }
 350
 351 void MussaWindow::newMussaWindow()
 352 {
 353   Mussa *a = new Mussa();
 354   MussaWindow *win = new MussaWindow(a);
 355   win->show();
 356 }
 357
 358 void MussaWindow::setSoftThreshold(int threshold)
 359 {
 360   if (analysis->get_soft_thres() != threshold) {
 361     analysis->set_soft_thres(threshold);
 362     analysis->nway();
 363     updateLinks();
 364     update();
 365   }
 366 }
 367
 368 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 369 {
 370   if (mussaViewTB.isVisible())
 371     mussaViewTB.hide();
 372   else
 373     mussaViewTB.show();
 374 }
 375
 376 void MussaWindow::toggleMotifs()
 377 {
 378   NotImplementedBox();
 379 }
 380
 381 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 382 {
 383   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 384 }
 385
 386 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 387 {
 388   const set<int>& selected_paths = browser.selectedPaths();
 389   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 390     QMessageBox::warning(this,
 391                          QObject::tr("mussa"),
 392                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 393                                      "first"));
 394   } else {
 395     MussaAlignedWindow *ma_win = new MussaAlignedWindow(*analysis,
 396                                                         selected_paths);
 397     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 398             ma_win, SLOT(update()));
 399     aligned_windows.push_back(ma_win);
 400     ma_win->show();
 401   }
 402 }
 403
 404 void MussaWindow::updateAnalysis()
 405 {
 406   threshold.setRange(analysis->get_threshold(),analysis->get_window());
 407   for (list<MussaAlignedWindow *>::iterator maw_i = aligned_windows.begin();
 408        maw_i != aligned_windows.end();
 409        ++maw_i)
 410   {
 411     (*maw_i)->hide();
 412     delete *maw_i;
 413   }
 414
 415   browser.clear();
 416   const vector<Sequence>& seqs = analysis->sequences();
 417   browser.setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 418   updateLinks();
 419   browser.zoomOut();
 420   zoom.setValue(browser.zoom());
 421 }
 422
 423 void MussaWindow::updateAnnotations()
 424 {
 425   // motifs were changed in the sequences by
 426   // Mussa::update_sequences_motifs
 427   emit changedAnnotations();
 428   browser.update();
 429 }
 430
 431 void MussaWindow::updateLinks()
 432 {
 433   browser.clear_links();
 434   bool reversed = false;
 435   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 436
 437   typedef list<ExtendedConservedPath> conserved_paths;
 438   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 439   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 440       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 441       ++path_itor)
 442   {
 443     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 444     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 445     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 446     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 447     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 448     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 449
 450     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 451     vector<int> normalized_path;
 452     normalized_path.reserve(track_len);
 453     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 454     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 455     {
 456       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 457       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 458       // track of the score we can put grab the depth here.
 459       //
 460       // are we reverse complimented?
 461       if ( x>=0) {
 462         reversed = false;
 463       } else {
 464         reversed = true;
 465         // make positive
 466         x = -x;
 467       }
 468       normalized_path.push_back(x);
 469       rc_flags.push_back(reversed);
 470     }
 471     browser.link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 472   }
 473   browser.update();
 474 }
 475