qui/MussaWindow.cpp

   1 #include <QAction>
   2 #include <QDir>
   3 #include <QFileDialog>
   4 #include <QHBoxLayout>
   5 #include <QIcon>
   6 #include <QMenuBar>
   7 #include <QMessageBox>
   8 #include <QScrollBar>
   9 #include <QStatusBar>
  10 #include <QString>
  11 #include <QWhatsThis>
  12
  13 #include "qui/MussaWindow.hpp"
  14 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  15 #include "mussa_exceptions.hpp"
  16
  17 #include <iostream>
  18
  19 using namespace std;
  20
  21 MussaWindow::MussaWindow(Mussa *analysis_, QWidget *parent) :
  22   QMainWindow(parent),
  23   analysis(analysis_),
  24   motif_editor(0),
  25   browser(this),
  26   mussaViewTB("Path Views"),
  27   zoomBox(),
  28   threshold(),
  29   zoomLabel(),
  30   closeAction(0) // initialize one of the pointers to null as a saftey flag
  31 {
  32   setupActions();
  33   setupMainMenu();
  34
  35   //This next setWhatsThis function prevents
  36   // a segfault when using WhatsThis feature with
  37   // opengl widget.
  38   //scene->setWhatsThis(tr("Mussa in OpenGL!"));
  39   setCentralWidget(&browser);
  40   // well updatePosition isn't quite right as we really just need
  41   // to call update()
  42   connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()), &browser, SLOT(update()));
  43
  44   mussaViewTB.addAction(toggleMotifsAction);
  45
  46   zoomLabel.setPixmap(QIcon("icons/viewmag.png").pixmap(16, 16));
  47   zoomLabel.setToolTip(tr("Zoom"));
  48   zoomLabel.setWhatsThis(tr("Zoom magnification factor"));
  49   mussaViewTB.addWidget(&zoomLabel);
  50
  51   zoomBox.setToolTip(tr("Zoom"));
  52   zoomBox.setWhatsThis(tr("Zoom magnification factor"));
  53   zoomBox.setRange(1,10000000);
  54   mussaViewTB.addWidget(&zoomBox);
  55   connect(&zoomBox, SIGNAL(valueChanged(int)),
  56           &browser, SLOT(setZoom(int)));
  57
  58   threshold.setRange(19, 30);
  59   threshold.setThreshold(19);
  60   //scene->setClipPlane(20);
  61   // FIXME: for when we get the paths drawn at the appropriate depth
  62   //connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  63   //        this, SLOT(setClipPlane(int)));
  64   connect(&threshold, SIGNAL(thresholdChanged(int)),
  65           this, SLOT(setSoftThreshold(int)));
  66   mussaViewTB.addWidget(&threshold);
  67
  68   addToolBar(&mussaViewTB);
  69
  70   statusBar()->showMessage("Welcome to mussa", 2000);
  71   updateAnalysis();
  72 }
  73
  74 void MussaWindow::setupActions()
  75 {
  76   // we really don't want to run this more than once.
  77   assert (closeAction == 0);
  78
  79   // the ever popular about box
  80   aboutAction = new QAction(tr("&About"), this);
  81   connect(aboutAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(about()));
  82   aboutAction->setIcon(QIcon("icons/info.png"));
  83
  84   // add exit
  85   closeAction = new QAction(tr("&Close"), this);
  86   closeAction->setStatusTip(tr("Close this window"));
  87   connect(closeAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(close()));
  88   closeAction->setIcon(QIcon("icons/exit.png"));
  89
  90   createNewAnalysisAction = new QAction(tr("Define Analysis"), this);
  91   connect(createNewAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  92           this, SLOT(createNewAnalysis()));
  93   createNewAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/filenew.png"));
  94
  95   createSubAnalysisAction = new QAction(tr("Define SubAnalysis"), this);
  96   connect(createSubAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
  97           this, SLOT(createSubAnalysis()));
  98
  99   editMotifsAction = new QAction(tr("Edit Motifs"), this);;
 100   connect(editMotifsAction, SIGNAL(triggered()), this, SLOT(editMotifs()));
 101
 102   loadMotifListAction = new QAction(tr("Load Motif List"), this);
 103   connect(loadMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 104           this, SLOT(loadMotifList()));
 105   loadMotifListAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 106
 107   loadMupaAction = new QAction(tr("Load Mussa Parameters"), this);
 108   connect(loadMupaAction, SIGNAL(triggered()),
 109           this, SLOT(loadMupa()));
 110   loadMupaAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 111
 112   loadSavedAnalysisAction = new QAction(tr("Load &Analysis"), this);
 113   connect(loadSavedAnalysisAction, SIGNAL(triggered()),
 114           this, SLOT(loadSavedAnalysis()));
 115   loadSavedAnalysisAction->setIcon(QIcon("icons/fileopen.png"));
 116
 117   saveMotifListAction = new QAction(tr("Save Motifs"), this);
 118   connect(saveMotifListAction, SIGNAL(triggered()),
 119           this, SLOT(saveMotifList()));
 120   saveMotifListAction->setIcon(QIcon("icons/filesave.png"));
 121
 122   showMussaViewToolbarAction = new QAction(tr("Show Toolbar"), this);
 123   connect(showMussaViewToolbarAction, SIGNAL(triggered()),
 124           this, SLOT(showMussaToolbar()));
 125   showMussaViewToolbarAction->setCheckable(true);
 126   showMussaViewToolbarAction->setChecked(true);
 127
 128   toggleMotifsAction = new QAction(tr("Toggle Motifs"), this);
 129   connect(toggleMotifsAction, SIGNAL(triggered()),
 130           this, SLOT(toggleMotifs()));
 131   toggleMotifsAction->setCheckable(true);
 132   toggleMotifsAction->setIcon(QIcon("icons/motif_icon.png"));
 133   toggleMotifsAction->setWhatsThis(tr("Toggle motif annotations on/off\n\n"
 134                                    "You can load motif annotations via "
 135                                    "'File->Load Motif List' menu option."));
 136
 137   //Save pixel map action
 138   saveBrowserPixmapAction = new QAction(tr("Save to image..."), this);
 139   connect(saveBrowserPixmapAction, (SIGNAL(triggered())),
 140           &browser, SLOT(promptSaveBrowserPixmap()));
 141   saveBrowserPixmapAction->setIcon(QIcon("icons/image2.png"));
 142
 143   viewMussaAlignmentAction = new QAction(tr("View mussa alignment"), this);
 144   connect(viewMussaAlignmentAction, SIGNAL(triggered()),
 145           this, SLOT(viewMussaAlignment() ));
 146   viewMussaAlignmentAction->setWhatsThis(tr("Create a zoomed in window "
 147                                             "showing alignment of the seqcomp "
 148                                             "defined paths"));
 149
 150   whatsThisAction = QWhatsThis::createAction(this);
 151   whatsThisAction->setIcon(QIcon("icons/help.png"));
 152
 153 }
 154
 155 void MussaWindow::setupMainMenu()
 156 {
 157   // we need to run setupActions first
 158   assert (closeAction != 0);
 159
 160   QMenu *newMenu;
 161   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&File"));
 162   newMenu->addAction(createNewAnalysisAction);
 163   newMenu->addAction(loadMupaAction);
 164   newMenu->addAction(loadSavedAnalysisAction);
 165   //newMenu->addAction(createSubAnalysisAction);
 166   newMenu->addSeparator();
 167   newMenu->addAction(loadMotifListAction);
 168   newMenu->addAction(saveMotifListAction);
 169   newMenu->addSeparator();
 170   newMenu->addAction(saveBrowserPixmapAction);
 171   newMenu->addSeparator();
 172   newMenu->addAction(closeAction);
 173
 174   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&View"));
 175   newMenu->addAction(editMotifsAction);
 176   newMenu->addAction(viewMussaAlignmentAction);
 177   newMenu->addAction(showMussaViewToolbarAction);
 178
 179   newMenu = menuBar()->addMenu(tr("&Help"));
 180   newMenu->addAction(whatsThisAction);
 181   newMenu->addSeparator();
 182   newMenu->addAction(aboutAction);
 183 }
 184
 185 void MussaWindow::about()
 186 {
 187   QString msg("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 188               "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 189               "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n");
 190    msg += "\n\r";
 191    msg += "Path: ";
 192    msg += QDir::currentPath();
 193    msg += "\n";
 194    msg += "OpenGL: ";
 195    msg += (char *)glGetString(GL_VERSION);
 196    msg += "\n";
 197    QMessageBox::about(this, tr("About mussa"), msg);
 198    /*
 199                       tr("Welcome to Multiple Species Sequence Analysis\n"
 200               "(c) 2005-2006 California Institute of Technology\n"
 201               "Tristan De Buysscher, Diane Trout\n"));
 202   */
 203
 204 }
 205
 206 void MussaWindow::createNewAnalysis()
 207 {
 208   MussaSetupDialog *msd = new MussaSetupDialog(this);
 209   if (msd->exec())
 210   {
 211     std::cout << "New mussa exp. defined!\n";
 212     Mussa *m = 0;
 213     m = msd->getMussa();
 214     std::cout << " Mussa Object at: " << m << "\n";
 215     delete m;
 216   }
 217   else
 218   {
 219     std::cout << "New mussa exp. aborted!\n";
 220   }
 221   delete msd;
 222 }
 223
 224 void MussaWindow::createSubAnalysis()
 225 {
 226   NotImplementedBox();
 227 }
 228
 229 void MussaWindow::editMotifs()
 230 {
 231   if (motif_editor != 0) {
 232     motif_editor->hide();
 233     delete motif_editor;
 234   }
 235   motif_editor = new MotifEditor(analysis);
 236   connect(motif_editor, SIGNAL(changedMotifs()),
 237           this, SLOT(updateAnnotations()));
 238   motif_editor->show();
 239 }
 240
 241 void MussaWindow::loadMotifList()
 242 {
 243   QString caption("Load a motif list");
 244   QString filter("Motif list(*.txt *.mtl)");
 245   QString path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 246                                                    caption,
 247                                                    QDir::currentPath(),
 248                                                    filter);
 249   // user hit cancel?
 250   if (path.isNull())
 251     return;
 252   // try to load safely
 253   try {
 254     analysis->load_motifs(path.toStdString());
 255   } catch (runtime_error e) {
 256     QString msg("Unable to load ");
 257     msg += path;
 258     msg += "\n";
 259     msg += e.what();
 260     QMessageBox::warning(this, "Load Motifs", msg);
 261   }
 262   assert (analysis != 0);
 263 }
 264
 265 void MussaWindow::saveMotifList()
 266 {
 267   NotImplementedBox();
 268 }
 269
 270 void MussaWindow::loadMupa()
 271 {
 272   QString caption("Load a mussa parameter file");
 273   QString filter("Mussa Parameters (*.mupa)");
 274   QString mupa_path = QFileDialog::getOpenFileName(this,
 275                                                    caption,
 276                                                    QDir::currentPath(),
 277                                                    filter);
 278   // user hit cancel?
 279   if (mupa_path.isNull())
 280     return;
 281   // try to load safely
 282   try {
 283     Mussa *m = new Mussa;
 284     m->load_mupa_file(mupa_path.toStdString());
 285     m->analyze(0, 0, Mussa::TransitiveNway, 0.0);
 286     // only switch mussas if we loaded without error
 287     delete analysis;
 288     analysis = m;
 289     updateAnalysis();
 290   } catch (mussa_load_error e) {
 291     QString msg("Unable to load ");
 292     msg += mupa_path;
 293     msg += "\n";
 294     msg += e.what();
 295     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 296   }
 297   assert (analysis != 0);
 298 }
 299
 300 void MussaWindow::loadSavedAnalysis()
 301 {
 302   QString caption("Load a previously run analysis");
 303   QString muway_dir = QFileDialog::getExistingDirectory(this,
 304                                                         caption,
 305                                                         QDir::currentPath());
 306   // user hit cancel?
 307   if (muway_dir.isNull())
 308     return;
 309   // try to safely load
 310   try {
 311     Mussa *m = new Mussa;
 312     m->load(muway_dir.toStdString());
 313     // only switch mussas if we loaded without error
 314     delete analysis;
 315     analysis = m;
 316     updateAnalysis();
 317   } catch (mussa_load_error e) {
 318     QString msg("Unable to load ");
 319     msg += muway_dir;
 320     msg += "\n";
 321     msg += e.what();
 322     QMessageBox::warning(this, "Load Parameter", msg);
 323   }
 324   assert (analysis != 0);
 325 }
 326
 327 void MussaWindow::setSoftThreshold(int threshold)
 328 {
 329   if (analysis->get_soft_thres() != threshold) {
 330     analysis->set_soft_thres(threshold);
 331     analysis->nway();
 332     updateLinks();
 333     update();
 334   }
 335 }
 336
 337 void MussaWindow::showMussaToolbar()
 338 {
 339   if (mussaViewTB.isVisible())
 340     mussaViewTB.hide();
 341   else
 342     mussaViewTB.show();
 343 }
 344
 345 void MussaWindow::toggleMotifs()
 346 {
 347   NotImplementedBox();
 348 }
 349
 350 void MussaWindow::NotImplementedBox()
 351 {
 352   QMessageBox::warning(this, QObject::tr("mussa"), QObject::tr("Not implemented yet"));
 353 }
 354
 355 void MussaWindow::viewMussaAlignment()
 356 {
 357   const set<int>& selected_paths = browser.selectedPaths();
 358   if (selected_paths.size() == 0 ) {
 359     QMessageBox::warning(this,
 360                          QObject::tr("mussa"),
 361                          QObject::tr("you should probably select some paths "
 362                                      "first"));
 363   } else {
 364     MussaAlignedWindow *ma_win = new MussaAlignedWindow(*analysis,
 365                                                         selected_paths);
 366     connect(this, SIGNAL(changedAnnotations()),
 367             ma_win, SLOT(update()));
 368     aligned_windows.push_back(ma_win);
 369     ma_win->show();
 370   }
 371 }
 372
 373 void MussaWindow::updateAnalysis()
 374 {
 375   cout << "analysis updated" << endl;
 376   for (list<MussaAlignedWindow *>::iterator maw_i = aligned_windows.begin();
 377        maw_i != aligned_windows.end();
 378        ++maw_i)
 379   {
 380     (*maw_i)->hide();
 381     delete *maw_i;
 382   }
 383
 384   browser.clear();
 385   const vector<Sequence>& seqs = analysis->sequences();
 386   browser.setSequences(seqs, analysis->colorMapper());
 387   updateLinks();
 388   browser.zoomOut();
 389   cout << "browser zoom " <<  browser.zoom() << endl;
 390   zoomBox.setValue(browser.zoom());
 391 }
 392
 393 void MussaWindow::updateAnnotations()
 394 {
 395   // motifs were changed in the sequences by
 396   // Mussa::update_sequences_motifs
 397   emit changedAnnotations();
 398   browser.update();
 399 }
 400
 401 void MussaWindow::updateLinks()
 402 {
 403   browser.clear_links();
 404   bool reversed = false;
 405   const NwayPaths& nway = analysis->paths();
 406
 407   typedef list<ExtendedConservedPath> conserved_paths;
 408   typedef conserved_paths::const_iterator const_conserved_paths_itor;
 409   for(const_conserved_paths_itor path_itor = nway.refined_pathz.begin();
 410       path_itor != nway.refined_pathz.end();
 411       ++path_itor)
 412   {
 413     // since we were drawing to the start of a window, and opengl lines
 414     // are centered around the two connecting points our lines were slightly
 415     // offset. the idea of window_offset is to adjust them to the
 416     // right for forward compliment or left for reverse compliment
 417     // FIXME: figure out how to unit test these computations
 418     //GLfloat window_offset = (path_itor->window_size)/2.0;
 419
 420     size_t track_len = path_itor->track_indexes.size();
 421     vector<int> normalized_path;
 422     normalized_path.reserve(track_len);
 423     vector<bool> rc_flags(false, track_len);
 424     for (size_t track_i=0; track_i != track_len; ++track_i)
 425     {
 426       int x = path_itor->track_indexes[track_i];
 427       // at some point when we modify the pathz data structure to keep
 428       // track of the score we can put grab the depth here.
 429       //
 430       // are we reverse complimented?
 431       if ( x>=0) {
 432         reversed = false;
 433       } else {
 434         reversed = true;
 435         x = -x; // make positive
 436       }
 437       normalized_path.push_back(x);
 438       rc_flags.push_back(reversed);
 439     }
 440     browser.link(normalized_path, rc_flags, path_itor->window_size);
 441   }
 442   browser.update();
 443 }
 444