qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <QMainWindow>
   5 #include <QPixmap>
   6 #include <QSpinBox>
   7 #include <QToolBar>
   8
   9 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  10 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  11
  12 class QAction;
  13 class QLabel;
  14 class Mussa;
  15
  16 class MussaWindow : public QMainWindow
  17 {
  18   Q_OBJECT
  19
  20 public:
  21   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  22
  23 public slots:
  24   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  25   void about();
  26
  27   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  28   //\@{
  29   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  30   void createNewAnalysis();
  31   //! launch a sub analysis
  32   void createSubAnalysis();
  33   //\@}
  34
  35   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  36   //\@{
  37   //! load motifs
  38   void loadMotifList();
  39   void saveMotifList();
  40   void toggleMotifs();
  41   //\@}
  42
  43   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  44   void loadMupa();
  45   //! load a previously run analysis
  46   void loadSavedAnalysis();
  47   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  48   void setSoftThreshold(int thres);
  49
  50   void showMussaToolbar();
  51
  52 protected:
  53   Mussa *analysis;
  54   // display our wonderful mussa output
  55   SequenceBrowserWidget browser;
  56   QToolBar mussaViewTB;
  57   QSpinBox zoomBox;
  58   ThresholdWidget threshold;
  59   QLabel zoomLabel;
  60
  61   QAction *aboutAction;
  62   QAction *closeAction;
  63   QAction *createNewAnalysisAction;
  64   QAction *createSubAnalysisAction;
  65   QAction *loadMotifListAction;
  66   QAction *loadMupaAction;
  67   QAction *loadSavedAnalysisAction;
  68   QAction *saveMotifListAction;
  69   QAction *showMussaViewToolbarAction;
  70   QAction *toggleMotifsAction;
  71   QAction *whatsThisAction;
  72   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  73
  74   //! initialze the actions
  75   void setupActions();
  76   //! initialize this windows menu object
  77   void setupMainMenu();
  78   //! stub function to fill in QActions
  79   void NotImplementedBox();
  80   //! update the SequenceBrowser with our analysis
  81   void updateAnalysis();
  82   //! update the view of conserved windows
  83   void updateLinks();
  84 };
  85
  86 #endif