qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QMainWindow>
   8 #include <QPixmap>
   9 #include <QProgressDialog>
  10 #include <QSpinBox>
  11 #include <QToolBar>
  12
  13 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  14 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  15 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  16 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  17 #include "qui/SubanalysisWindow.hpp"
  18 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  19 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  20
  21
  22 class QAction;
  23 class QLabel;
  24 class QStringList;
  25 class Mussa;
  26 class QAssistantClient;
  27
  28 class MussaWindow : public QMainWindow
  29 {
  30   Q_OBJECT
  31
  32 public:
  33   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  34
  35   //! reset any attached window
  36   void clear();
  37
  38   //! switch to a new analysis
  39   void setAnalysis(Mussa *new_analysis);
  40
  41   //! ask the user what to do if we're going to lose data
  42   //! returns true if getting rid of this analysis is safe
  43   bool isClearingAnalysisSafe();
  44
  45 public slots:
  46   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  47   void about();
  48
  49   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  50   //\@{
  51   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  52   void createNewAnalysis();
  53   //! launch a sub analysis
  54   void createSubAnalysis();
  55   //! save an analysis
  56   void saveAnalysis();
  57   //! save an analysis after prompting for new name
  58   void saveAnalysisAs();
  59   //\@}
  60
  61   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  62   //\@{
  63   //! load motifs
  64   void editMotifs();
  65   void loadMotifList();
  66   void saveMotifList();
  67   void toggleMotifs();
  68   //\@}
  69
  70   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  71   void loadMupa();
  72   //! load a previously run analysis
  73   void loadSavedAnalysis();
  74   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  75   void setSoftThreshold(int thres);
  76   //! update progress bar
  77   void updateProgress(const std::string& description, int cur, int max);
  78
  79   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  80   void newMussaWindow();
  81
  82   void showMussaToolbar();
  83
  84   //! open new window showing our alignment
  85   void viewMussaAlignment();
  86
  87   //! display mussagl manual
  88   void showManual();
  89
  90   void assistantError(const QString message);
  91
  92 signals:
  93   void changedAnnotations();
  94
  95 protected:
  96   //! reference to our analysis
  97   Mussa *analysis;
  98   //! the default directory we should loand and save from
  99   boost::filesystem::path default_dir;
 100   std::list<boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> > aligned_windows;
 101   MotifEditor *motif_editor;
 102   MussaSetupDialog *setup_analysis_dialog;
 103   boost::shared_ptr<SubanalysisWindow> subanalysis_window;
 104
 105   // display our wonderful mussa output
 106   SequenceBrowserWidget *browser;
 107   QToolBar *mussaViewTB;
 108   ZoomWidget *zoom;
 109   ThresholdWidget *threshold;
 110   QProgressDialog *progress_dialog;
 111
 112   QAction *aboutAction;
 113   QAction *closeAction;
 114   QAction *createNewAnalysisAction;
 115   QAction *createSubAnalysisAction;
 116   QAction *saveAnalysisAction;
 117   QAction *saveAnalysisAsAction;
 118   QAction *editMotifsAction;
 119   QAction *loadMotifListAction;
 120   QAction *loadMupaAction;
 121   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 122   QAction *mussaManualAssistantAction;
 123   QAction *newMussaWindowAction;
 124   QAction *saveMotifListAction;
 125   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 126   QAction *toggleMotifsAction;
 127   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 128   QAction *whatsThisAction;
 129   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 130
 131   QAssistantClient *manualAssistant;
 132
 133   //! initialze the actions
 134   void setupActions();
 135   //! handle close events (AKA prompt if we should save)
 136   void closeEvent(QCloseEvent *event);
 137   //! initialize this windows menu object
 138   void setupMainMenu();
 139   //! initialize assistant client
 140   void setupAssistant();
 141   //! stub function to fill in QActions
 142   void NotImplementedBox();
 143
 144 protected slots:
 145   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 146   void updateAnalysis();
 147   //! update the view of conserved windows
 148   void updateLinks();
 149   //! update annotations?
 150   void updateAnnotations();
 151 };
 152
 153 #endif