qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QDir>
   8 #include <QMainWindow>
   9 #include <QPixmap>
  10 #include <QProgressDialog>
  11 #include <QSpinBox>
  12 #include <QToolBar>
  13
  14 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  15 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  16 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  17 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  18 #include "qui/SubanalysisWindow.hpp"
  19 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  20 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  21
  22
  23 class QAction;
  24 class QLabel;
  25 class QStringList;
  26 class Mussa;
  27 class QAssistantClient;
  28
  29 class MussaWindow : public QMainWindow
  30 {
  31   Q_OBJECT
  32
  33 public:
  34   MussaWindow(MussaRef analysis, QWidget *parent=0);
  35
  36   //! reset any attached window
  37   void clear();
  38
  39   //! switch to a new analysis
  40   void setAnalysis(MussaRef new_analysis);
  41
  42   //! ask the user what to do if we're going to lose data
  43   //! returns true if getting rid of this analysis is safe
  44   bool isClearingAnalysisSafe();
  45
  46 public slots:
  47   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  48   void about();
  49
  50   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  51   //\@{
  52   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  53   void createNewAnalysis();
  54   //! launch a sub analysis
  55   void createSubAnalysis();
  56   //! save an analysis
  57   void saveAnalysis();
  58   //! save an analysis after prompting for new name
  59   void saveAnalysisAs();
  60   //! set the window modified flag
  61   void updateAnalysisModified(bool);
  62   //! try to conver the mussa analysis_path to a title
  63   void updateTitle();
  64   //\@}
  65
  66   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  67   //\@{
  68   //! load motifs
  69   void editMotifs();
  70   void loadMotifList();
  71   void saveMotifList();
  72   void toggleMotifs();
  73   //\@}
  74
  75   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  76   void loadMupa();
  77   //! load a previously run analysis
  78   void loadSavedAnalysis();
  79   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  80   void setSoftThreshold(int thres);
  81   //! update progress bar
  82   void updateProgress(const std::string& description, int cur, int max);
  83
  84   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  85   void newMussaWindow();
  86
  87   void showMussaToolbar();
  88   //! display how many base pairs were copied on the status bar
  89   void showBasePairsCopied(size_t);
  90
  91
  92   //! open new window showing our alignment
  93   void viewMussaAlignment();
  94
  95   //! display mussagl manual
  96   void showManual();
  97
  98   void assistantError(const QString message);
  99
 100 signals:
 101   void changedAnnotations();
 102   void changedMotifs();
 103
 104 protected:
 105   //! shared_ptr to our analysis
 106   MussaRef analysis;
 107   //! the default directory we should loand and save from
 108   boost::shared_ptr<QDir> default_dir;
 109   std::list<boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> > aligned_windows;
 110   MotifEditor *motif_editor;
 111   MussaSetupDialog *setup_analysis_dialog;
 112   SubanalysisWindowRef subanalysis_window;
 113
 114   // display our wonderful mussa output
 115   SequenceBrowserWidget *browser;
 116   QToolBar *mussaViewTB;
 117   ZoomWidget *zoom;
 118   ThresholdWidget *threshold;
 119   QProgressDialog *progress_dialog;
 120
 121   QAction *aboutAction;
 122   QAction *closeAction;
 123   QAction *createNewAnalysisAction;
 124   QAction *createSubAnalysisAction;
 125   QAction *saveAnalysisAction;
 126   QAction *saveAnalysisAsAction;
 127   QAction *editMotifsAction;
 128   QAction *loadMotifListAction;
 129   QAction *loadMupaAction;
 130   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 131   QAction *mussaManualAssistantAction;
 132   QAction *newMussaWindowAction;
 133   QAction *saveMotifListAction;
 134   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 135   QAction *toggleMotifsAction;
 136   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 137   QAction *whatsThisAction;
 138   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 139
 140   QAssistantClient *manualAssistant;
 141
 142   //! initialze the actions
 143   void setupActions();
 144   //! handle close events (AKA prompt if we should save)
 145   void closeEvent(QCloseEvent *event);
 146   //! initialize this windows menu object
 147   void setupMainMenu();
 148   //! initialize assistant client
 149   void setupAssistant();
 150   //! stub function to fill in QActions
 151   void NotImplementedBox();
 152
 153 protected slots:
 154   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 155   void updateAnalysis();
 156   //! update the view of conserved windows
 157   void updateLinks();
 158   //! update annotations?
 159   void updateAnnotations();
 160 };
 161
 162 #endif