qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QCloseEvent>
   8 #include <QDir>
   9 #include <QMainWindow>
  10 #include <QPixmap>
  11 #include <QProgressDialog>
  12 #include <QSpinBox>
  13 #include <QToolBar>
  14 #include <QProcess>
  15
  16 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  17 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  18 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  19 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  20 #include "qui/subanalysis/SubanalysisWindow.hpp"
  21 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  22 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  23
  24
  25 class QAction;
  26 class QLabel;
  27 class QStringList;
  28 class Mussa;
  29 class QAssistantClient;
  30 class MussaWindow;
  31
  32 typedef boost::shared_ptr<MussaWindow> MussaWindowRef;
  33
  34 class MussaWindow : public QMainWindow
  35 {
  36   Q_OBJECT
  37
  38 public:
  39   MussaWindow(MussaRef analysis, QWidget *parent=0);
  40
  41 public:
  42   //! reset any attached window
  43   void clear();
  44
  45   //! switch to a new analysis
  46   void setAnalysis(MussaRef new_analysis);
  47
  48   //! ask the user what to do if we're going to lose data
  49   //! returns true if getting rid of this analysis is safe
  50   bool isClearingAnalysisSafe();
  51
  52 public slots:
  53   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  54   void about();
  55
  56   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  57   //\@{
  58   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  59   void createNewAnalysis();
  60   //! launch a sub analysis
  61   void createSubAnalysis();
  62   //! save an analysis
  63   void saveAnalysis();
  64   //! save an analysis after prompting for new name
  65   void saveAnalysisAs();
  66   //! set the window modified flag
  67   void updateAnalysisModified(bool);
  68   //! try to conver the mussa analysis_path to a title
  69   void updateTitle();
  70   //\@}
  71
  72   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  73   //\@{
  74   //! load motifs
  75   void editMotifs();
  76   void loadMotifList();
  77   void saveMotifList();
  78   void toggleMotifs();
  79   //\@}
  80
  81   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  82   void loadMupa();
  83   //! load a previously run analysis
  84   void loadSavedAnalysis();
  85   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  86   void setSoftThreshold(int thres);
  87   //! update progress bar
  88   void updateProgress(const QString& description, int cur, int max);
  89
  90   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  91   void newMussaWindow();
  92
  93   void showMussaToolbar();
  94   //! display how many base pairs were copied on the status bar
  95   void showBasePairsCopied(size_t);
  96
  97
  98   //! open new window showing our alignment
  99   void viewMussaAlignment();
 100
 101   //! display mussagl manual
 102   void showManual();
 103
 104   void assistantError(const QString message);
 105
 106 signals:
 107   void changedAnnotations();
 108   void changedMotifs();
 109
 110 protected:
 111   //! shared_ptr to our analysis
 112   MussaRef analysis;
 113   //! the default directory we should loand and save from
 114   boost::shared_ptr<QDir> default_dir;
 115   std::list<MussaAlignedWindowRef> aligned_windows;
 116   MotifEditor *motif_editor;
 117   MussaSetupDialog *setup_analysis_dialog;
 118   SubanalysisWindowRef subanalysis_window;
 119
 120   // display our wonderful mussa output
 121   SequenceBrowserWidget *browser;
 122   QToolBar *mussaViewTB;
 123   ZoomWidget *zoom;
 124   ThresholdWidget *threshold;
 125   QProgressDialog *progress_dialog;
 126
 127   QAction *aboutAction;
 128   QAction *closeAction;
 129   QAction *createNewAnalysisAction;
 130   QAction *createSubAnalysisAction;
 131   QAction *saveAnalysisAction;
 132   QAction *saveAnalysisAsAction;
 133   QAction *editMotifsAction;
 134   QAction *loadMotifListAction;
 135   QAction *loadMupaAction;
 136   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 137   QAction *mussaManualAssistantAction;
 138   QAction *newMussaWindowAction;
 139   QAction *saveMotifListAction;
 140   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 141   QAction *toggleMotifsAction;
 142   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 143   QAction *whatsThisAction;
 144   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 145
 146   //QAssistantClient *manualAssistant;
 147   QProcess *assistantProcess;
 148
 149   //! initialze the actions
 150   void setupActions();
 151   //! handle close events (AKA prompt if we should save)
 152   void closeEvent(QCloseEvent *event);
 153   //! initialize this windows menu object
 154   void setupMainMenu();
 155   //! initialize all of our widgets
 156   void setupWidgets();
 157   //! initialize assistant client
 158   void setupAssistant();
 159   //! stub function to fill in QActions
 160   void NotImplementedBox();
 161
 162 protected slots:
 163   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 164   void updateAnalysis();
 165   //! update the view of conserved windows
 166   void updateLinks();
 167   //! update annotations?
 168   void updateAnnotations();
 169 };
 170
 171 #endif