qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QMainWindow>
   8 #include <QPixmap>
   9 #include <QProgressDialog>
  10 #include <QSpinBox>
  11 #include <QToolBar>
  12
  13 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  14 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  15 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  16 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  17 #include "qui/SubanalysisWindow.hpp"
  18 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  19 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  20
  21
  22 class QAction;
  23 class QLabel;
  24 class QStringList;
  25 class Mussa;
  26 class QAssistantClient;
  27
  28 class MussaWindow : public QMainWindow
  29 {
  30   Q_OBJECT
  31
  32 public:
  33   MussaWindow(MussaRef analysis=0, QWidget *parent=0);
  34
  35   //! reset any attached window
  36   void clear();
  37
  38   //! switch to a new analysis
  39   void setAnalysis(MussaRef new_analysis);
  40
  41   //! ask the user what to do if we're going to lose data
  42   //! returns true if getting rid of this analysis is safe
  43   bool isClearingAnalysisSafe();
  44
  45 public slots:
  46   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  47   void about();
  48
  49   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  50   //\@{
  51   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  52   void createNewAnalysis();
  53   //! launch a sub analysis
  54   void createSubAnalysis();
  55   //! save an analysis
  56   void saveAnalysis();
  57   //! save an analysis after prompting for new name
  58   void saveAnalysisAs();
  59   //! try to conver the mussa analysis_path to a title
  60   void updateTitle();
  61   //\@}
  62
  63   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  64   //\@{
  65   //! load motifs
  66   void editMotifs();
  67   void loadMotifList();
  68   void saveMotifList();
  69   void toggleMotifs();
  70   //\@}
  71
  72   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  73   void loadMupa();
  74   //! load a previously run analysis
  75   void loadSavedAnalysis();
  76   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  77   void setSoftThreshold(int thres);
  78   //! update progress bar
  79   void updateProgress(const std::string& description, int cur, int max);
  80
  81   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  82   void newMussaWindow();
  83
  84   void showMussaToolbar();
  85
  86   //! open new window showing our alignment
  87   void viewMussaAlignment();
  88
  89   //! display mussagl manual
  90   void showManual();
  91
  92   void assistantError(const QString message);
  93
  94 signals:
  95   void changedAnnotations();
  96   void changedMotifs();
  97
  98 protected:
  99   //! shared_ptr to our analysis
 100   MussaRef analysis;
 101   //! the default directory we should loand and save from
 102   boost::filesystem::path default_dir;
 103   std::list<boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> > aligned_windows;
 104   MotifEditor *motif_editor;
 105   MussaSetupDialog *setup_analysis_dialog;
 106   SubanalysisWindowRef subanalysis_window;
 107
 108   // display our wonderful mussa output
 109   SequenceBrowserWidget *browser;
 110   QToolBar *mussaViewTB;
 111   ZoomWidget *zoom;
 112   ThresholdWidget *threshold;
 113   QProgressDialog *progress_dialog;
 114
 115   QAction *aboutAction;
 116   QAction *closeAction;
 117   QAction *createNewAnalysisAction;
 118   QAction *createSubAnalysisAction;
 119   QAction *saveAnalysisAction;
 120   QAction *saveAnalysisAsAction;
 121   QAction *editMotifsAction;
 122   QAction *loadMotifListAction;
 123   QAction *loadMupaAction;
 124   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 125   QAction *mussaManualAssistantAction;
 126   QAction *newMussaWindowAction;
 127   QAction *saveMotifListAction;
 128   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 129   QAction *toggleMotifsAction;
 130   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 131   QAction *whatsThisAction;
 132   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 133
 134   QAssistantClient *manualAssistant;
 135
 136   //! initialze the actions
 137   void setupActions();
 138   //! handle close events (AKA prompt if we should save)
 139   void closeEvent(QCloseEvent *event);
 140   //! initialize this windows menu object
 141   void setupMainMenu();
 142   //! initialize assistant client
 143   void setupAssistant();
 144   //! stub function to fill in QActions
 145   void NotImplementedBox();
 146
 147 protected slots:
 148   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 149   void updateAnalysis();
 150   //! update the view of conserved windows
 151   void updateLinks();
 152   //! update annotations?
 153   void updateAnnotations();
 154 };
 155
 156 #endif