qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5
   6 #include <QMainWindow>
   7 #include <QPixmap>
   8 #include <QSpinBox>
   9 #include <QToolBar>
  10
  11 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  12 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  13 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  14 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  15 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  16 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  17
  18
  19 class QAction;
  20 class QLabel;
  21 class QStringList;
  22 class Mussa;
  23 class QAssistantClient;
  24
  25 class MussaWindow : public QMainWindow
  26 {
  27   Q_OBJECT
  28
  29 public:
  30   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  31   ~MussaWindow();
  32
  33   //! switch to a new analysis
  34   void setAnalysis(Mussa *new_analysis);
  35 public slots:
  36   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  37   void about();
  38
  39   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  40   //\@{
  41   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  42   void createNewAnalysis();
  43   //! launch a sub analysis
  44   void createSubAnalysis();
  45   //\@}
  46
  47   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  48   //\@{
  49   //! load motifs
  50   void editMotifs();
  51   void loadMotifList();
  52   void saveMotifList();
  53   void toggleMotifs();
  54   //\@}
  55
  56   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  57   void loadMupa();
  58   //! load a previously run analysis
  59   void loadSavedAnalysis();
  60   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  61   void setSoftThreshold(int thres);
  62
  63   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  64   void newMussaWindow();
  65
  66   void showMussaToolbar();
  67
  68   //! open new window showing our alignment
  69   void viewMussaAlignment();
  70
  71   //! display mussagl manual
  72   void showManual();
  73
  74   void assistantError(const QString message);
  75
  76 signals:
  77   void changedAnnotations();
  78
  79 protected:
  80   Mussa *analysis;
  81   std::list<MussaAlignedWindow *> aligned_windows;
  82   MotifEditor *motif_editor;
  83   MussaSetupDialog setup_analysis_dialog;
  84
  85   // display our wonderful mussa output
  86   SequenceBrowserWidget browser;
  87   QToolBar mussaViewTB;
  88   ZoomWidget zoom;
  89   ThresholdWidget threshold;
  90
  91   QAction *aboutAction;
  92   QAction *closeAction;
  93   QAction *createNewAnalysisAction;
  94   QAction *createSubAnalysisAction;
  95   QAction *editMotifsAction;
  96   QAction *loadMotifListAction;
  97   QAction *loadMupaAction;
  98   QAction *loadSavedAnalysisAction;
  99   QAction *mussaManualAssistantAction;
 100   QAction *newMussaWindowAction;
 101   QAction *saveMotifListAction;
 102   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 103   QAction *toggleMotifsAction;
 104   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 105   QAction *whatsThisAction;
 106   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 107
 108   QAssistantClient *manualAssistant;
 109
 110   //! initialze the actions
 111   void setupActions();
 112   //! initialize this windows menu object
 113   void setupMainMenu();
 114   //! initialize assistant client
 115   void setupAssistant();
 116   //! stub function to fill in QActions
 117   void NotImplementedBox();
 118
 119 protected slots:
 120   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 121   void updateAnalysis();
 122   //! update the view of conserved windows
 123   void updateLinks();
 124   //! update annotations?
 125   void updateAnnotations();
 126 };
 127
 128 #endif