qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QDir>
   8 #include <QMainWindow>
   9 #include <QPixmap>
  10 #include <QProgressDialog>
  11 #include <QSpinBox>
  12 #include <QToolBar>
  13
  14 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  15 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  16 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  17 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  18 #include "qui/SubanalysisWindow.hpp"
  19 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  20 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  21
  22
  23 class QAction;
  24 class QLabel;
  25 class QStringList;
  26 class Mussa;
  27 class QAssistantClient;
  28
  29 class MussaWindow : public QMainWindow
  30 {
  31   Q_OBJECT
  32
  33 public:
  34   MussaWindow(MussaRef analysis, QWidget *parent=0);
  35
  36   //! reset any attached window
  37   void clear();
  38
  39   //! switch to a new analysis
  40   void setAnalysis(MussaRef new_analysis);
  41
  42   //! ask the user what to do if we're going to lose data
  43   //! returns true if getting rid of this analysis is safe
  44   bool isClearingAnalysisSafe();
  45
  46 public slots:
  47   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  48   void about();
  49
  50   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  51   //\@{
  52   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  53   void createNewAnalysis();
  54   //! launch a sub analysis
  55   void createSubAnalysis();
  56   //! save an analysis
  57   void saveAnalysis();
  58   //! save an analysis after prompting for new name
  59   void saveAnalysisAs();
  60   //! try to conver the mussa analysis_path to a title
  61   void updateTitle();
  62   //\@}
  63
  64   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  65   //\@{
  66   //! load motifs
  67   void editMotifs();
  68   void loadMotifList();
  69   void saveMotifList();
  70   void toggleMotifs();
  71   //\@}
  72
  73   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  74   void loadMupa();
  75   //! load a previously run analysis
  76   void loadSavedAnalysis();
  77   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  78   void setSoftThreshold(int thres);
  79   //! update progress bar
  80   void updateProgress(const std::string& description, int cur, int max);
  81
  82   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  83   void newMussaWindow();
  84
  85   void showMussaToolbar();
  86   //! display how many base pairs were copied on the status bar
  87   void showBasePairsCopied(size_t);
  88
  89
  90   //! open new window showing our alignment
  91   void viewMussaAlignment();
  92
  93   //! display mussagl manual
  94   void showManual();
  95
  96   void assistantError(const QString message);
  97
  98 signals:
  99   void changedAnnotations();
 100   void changedMotifs();
 101
 102 protected:
 103   //! shared_ptr to our analysis
 104   MussaRef analysis;
 105   //! the default directory we should loand and save from
 106   boost::shared_ptr<QDir> default_dir;
 107   std::list<boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> > aligned_windows;
 108   MotifEditor *motif_editor;
 109   MussaSetupDialog *setup_analysis_dialog;
 110   SubanalysisWindowRef subanalysis_window;
 111
 112   // display our wonderful mussa output
 113   SequenceBrowserWidget *browser;
 114   QToolBar *mussaViewTB;
 115   ZoomWidget *zoom;
 116   ThresholdWidget *threshold;
 117   QProgressDialog *progress_dialog;
 118
 119   QAction *aboutAction;
 120   QAction *closeAction;
 121   QAction *createNewAnalysisAction;
 122   QAction *createSubAnalysisAction;
 123   QAction *saveAnalysisAction;
 124   QAction *saveAnalysisAsAction;
 125   QAction *editMotifsAction;
 126   QAction *loadMotifListAction;
 127   QAction *loadMupaAction;
 128   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 129   QAction *mussaManualAssistantAction;
 130   QAction *newMussaWindowAction;
 131   QAction *saveMotifListAction;
 132   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 133   QAction *toggleMotifsAction;
 134   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 135   QAction *whatsThisAction;
 136   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 137
 138   QAssistantClient *manualAssistant;
 139
 140   //! initialze the actions
 141   void setupActions();
 142   //! handle close events (AKA prompt if we should save)
 143   void closeEvent(QCloseEvent *event);
 144   //! initialize this windows menu object
 145   void setupMainMenu();
 146   //! initialize assistant client
 147   void setupAssistant();
 148   //! stub function to fill in QActions
 149   void NotImplementedBox();
 150
 151 protected slots:
 152   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 153   void updateAnalysis();
 154   //! update the view of conserved windows
 155   void updateLinks();
 156   //! update annotations?
 157   void updateAnnotations();
 158 };
 159
 160 #endif