qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QMainWindow>
   8 #include <QPixmap>
   9 #include <QProgressDialog>
  10 #include <QSpinBox>
  11 #include <QToolBar>
  12
  13 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  14 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  15 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  16 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  17 #include "qui/SubanalysisWindow.hpp"
  18 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  19 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  20
  21
  22 class QAction;
  23 class QLabel;
  24 class QStringList;
  25 class Mussa;
  26 class QAssistantClient;
  27
  28 class MussaWindow : public QMainWindow
  29 {
  30   Q_OBJECT
  31
  32 public:
  33   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  34
  35   //! reset any attached window
  36   void clear();
  37
  38   //! switch to a new analysis
  39   void setAnalysis(Mussa *new_analysis);
  40 public slots:
  41   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  42   void about();
  43
  44   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  45   //\@{
  46   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  47   void createNewAnalysis();
  48   //! launch a sub analysis
  49   void createSubAnalysis();
  50   //! save an analysis
  51   void saveAnalysis();
  52   //\@}
  53
  54   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  55   //\@{
  56   //! load motifs
  57   void editMotifs();
  58   void loadMotifList();
  59   void saveMotifList();
  60   void toggleMotifs();
  61   //\@}
  62
  63   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  64   void loadMupa();
  65   //! load a previously run analysis
  66   void loadSavedAnalysis();
  67   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  68   void setSoftThreshold(int thres);
  69   //! update progress bar
  70   void updateProgress(const std::string& description, int cur, int max);
  71
  72   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  73   void newMussaWindow();
  74
  75   void showMussaToolbar();
  76
  77   //! open new window showing our alignment
  78   void viewMussaAlignment();
  79
  80   //! display mussagl manual
  81   void showManual();
  82
  83   void assistantError(const QString message);
  84
  85 signals:
  86   void changedAnnotations();
  87
  88 protected:
  89   Mussa *analysis;
  90   std::list<boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> > aligned_windows;
  91   MotifEditor *motif_editor;
  92   MussaSetupDialog setup_analysis_dialog;
  93   SubanalysisWindow subanalysis_window;
  94
  95   // display our wonderful mussa output
  96   SequenceBrowserWidget browser;
  97   QToolBar mussaViewTB;
  98   ZoomWidget zoom;
  99   ThresholdWidget threshold;
 100   QProgressDialog *progress_dialog;
 101
 102   QAction *aboutAction;
 103   QAction *closeAction;
 104   QAction *createNewAnalysisAction;
 105   QAction *createSubAnalysisAction;
 106   QAction *saveAnalysisAction;
 107   QAction *editMotifsAction;
 108   QAction *loadMotifListAction;
 109   QAction *loadMupaAction;
 110   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 111   QAction *mussaManualAssistantAction;
 112   QAction *newMussaWindowAction;
 113   QAction *saveMotifListAction;
 114   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 115   QAction *toggleMotifsAction;
 116   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 117   QAction *whatsThisAction;
 118   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 119
 120   QAssistantClient *manualAssistant;
 121
 122   //! initialze the actions
 123   void setupActions();
 124   //! initialize this windows menu object
 125   void setupMainMenu();
 126   //! initialize assistant client
 127   void setupAssistant();
 128   //! stub function to fill in QActions
 129   void NotImplementedBox();
 130
 131 protected slots:
 132   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 133   void updateAnalysis();
 134   //! update the view of conserved windows
 135   void updateLinks();
 136   //! update annotations?
 137   void updateAnnotations();
 138 };
 139
 140 #endif