qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QMainWindow>
   8 #include <QPixmap>
   9 #include <QProgressDialog>
  10 #include <QSpinBox>
  11 #include <QToolBar>
  12
  13 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  14 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  15 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  16 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  17 #include "qui/SubanalysisWindow.hpp"
  18 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  19 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  20
  21
  22 class QAction;
  23 class QLabel;
  24 class QStringList;
  25 class Mussa;
  26 class QAssistantClient;
  27
  28 class MussaWindow : public QMainWindow
  29 {
  30   Q_OBJECT
  31
  32 public:
  33   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  34
  35   //! reset any attached window
  36   void clear();
  37
  38   //! switch to a new analysis
  39   void setAnalysis(Mussa *new_analysis);
  40
  41   //! ask the user what to do if we're going to lose data
  42   //! returns true if getting rid of this analysis is safe
  43   bool isClearingAnalysisSafe();
  44
  45 public slots:
  46   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  47   void about();
  48
  49   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  50   //\@{
  51   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  52   void createNewAnalysis();
  53   //! launch a sub analysis
  54   void createSubAnalysis();
  55   //! save an analysis
  56   void saveAnalysis();
  57   //! save an analysis after prompting for new name
  58   void saveAnalysisAs();
  59   //\@}
  60
  61   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  62   //\@{
  63   //! load motifs
  64   void editMotifs();
  65   void loadMotifList();
  66   void saveMotifList();
  67   void toggleMotifs();
  68   //\@}
  69
  70   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  71   void loadMupa();
  72   //! load a previously run analysis
  73   void loadSavedAnalysis();
  74   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  75   void setSoftThreshold(int thres);
  76   //! update progress bar
  77   void updateProgress(const std::string& description, int cur, int max);
  78
  79   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  80   void newMussaWindow();
  81
  82   void showMussaToolbar();
  83
  84   //! open new window showing our alignment
  85   void viewMussaAlignment();
  86
  87   //! display mussagl manual
  88   void showManual();
  89
  90   void assistantError(const QString message);
  91
  92 signals:
  93   void changedAnnotations();
  94
  95 protected:
  96   Mussa *analysis;
  97   std::list<boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> > aligned_windows;
  98   MotifEditor *motif_editor;
  99   MussaSetupDialog setup_analysis_dialog;
 100   SubanalysisWindow subanalysis_window;
 101
 102   // display our wonderful mussa output
 103   SequenceBrowserWidget browser;
 104   QToolBar mussaViewTB;
 105   ZoomWidget zoom;
 106   ThresholdWidget threshold;
 107   QProgressDialog *progress_dialog;
 108
 109   QAction *aboutAction;
 110   QAction *closeAction;
 111   QAction *createNewAnalysisAction;
 112   QAction *createSubAnalysisAction;
 113   QAction *saveAnalysisAction;
 114   QAction *saveAnalysisAsAction;
 115   QAction *editMotifsAction;
 116   QAction *loadMotifListAction;
 117   QAction *loadMupaAction;
 118   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 119   QAction *mussaManualAssistantAction;
 120   QAction *newMussaWindowAction;
 121   QAction *saveMotifListAction;
 122   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 123   QAction *toggleMotifsAction;
 124   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 125   QAction *whatsThisAction;
 126   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 127
 128   QAssistantClient *manualAssistant;
 129
 130   //! initialze the actions
 131   void setupActions();
 132   //! handle close events (AKA prompt if we should save)
 133   void closeEvent(QCloseEvent *event);
 134   //! initialize this windows menu object
 135   void setupMainMenu();
 136   //! initialize assistant client
 137   void setupAssistant();
 138   //! stub function to fill in QActions
 139   void NotImplementedBox();
 140
 141 protected slots:
 142   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 143   void updateAnalysis();
 144   //! update the view of conserved windows
 145   void updateLinks();
 146   //! update annotations?
 147   void updateAnnotations();
 148 };
 149
 150 #endif