qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QMainWindow>
   8 #include <QPixmap>
   9 #include <QProgressDialog>
  10 #include <QSpinBox>
  11 #include <QToolBar>
  12
  13 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  14 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  15 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  16 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  17 #include "qui/SubanalysisWindow.hpp"
  18 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  19 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  20
  21
  22 class QAction;
  23 class QLabel;
  24 class QStringList;
  25 class Mussa;
  26 class QAssistantClient;
  27
  28 class MussaWindow : public QMainWindow
  29 {
  30   Q_OBJECT
  31
  32 public:
  33   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  34
  35   //! reset any attached window
  36   void clear();
  37
  38   //! switch to a new analysis
  39   void setAnalysis(Mussa *new_analysis);
  40 public slots:
  41   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  42   void about();
  43
  44   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  45   //\@{
  46   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  47   void createNewAnalysis();
  48   //! launch a sub analysis
  49   void createSubAnalysis();
  50   //\@}
  51
  52   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  53   //\@{
  54   //! load motifs
  55   void editMotifs();
  56   void loadMotifList();
  57   void saveMotifList();
  58   void toggleMotifs();
  59   //\@}
  60
  61   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  62   void loadMupa();
  63   //! load a previously run analysis
  64   void loadSavedAnalysis();
  65   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  66   void setSoftThreshold(int thres);
  67   //! update progress bar
  68   void updateProgress(const std::string& description, int cur, int max);
  69
  70   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  71   void newMussaWindow();
  72
  73   void showMussaToolbar();
  74
  75   //! open new window showing our alignment
  76   void viewMussaAlignment();
  77
  78   //! display mussagl manual
  79   void showManual();
  80
  81   void assistantError(const QString message);
  82
  83 signals:
  84   void changedAnnotations();
  85
  86 protected:
  87   Mussa *analysis;
  88   std::list<boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> > aligned_windows;
  89   MotifEditor *motif_editor;
  90   MussaSetupDialog setup_analysis_dialog;
  91   SubanalysisWindow subanalysis_window;
  92
  93   // display our wonderful mussa output
  94   SequenceBrowserWidget browser;
  95   QToolBar mussaViewTB;
  96   ZoomWidget zoom;
  97   ThresholdWidget threshold;
  98   QProgressDialog *progress_dialog;
  99
 100   QAction *aboutAction;
 101   QAction *closeAction;
 102   QAction *createNewAnalysisAction;
 103   QAction *createSubAnalysisAction;
 104   QAction *editMotifsAction;
 105   QAction *loadMotifListAction;
 106   QAction *loadMupaAction;
 107   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 108   QAction *mussaManualAssistantAction;
 109   QAction *newMussaWindowAction;
 110   QAction *saveMotifListAction;
 111   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 112   QAction *toggleMotifsAction;
 113   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 114   QAction *whatsThisAction;
 115   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 116
 117   QAssistantClient *manualAssistant;
 118
 119   //! initialze the actions
 120   void setupActions();
 121   //! initialize this windows menu object
 122   void setupMainMenu();
 123   //! initialize assistant client
 124   void setupAssistant();
 125   //! stub function to fill in QActions
 126   void NotImplementedBox();
 127
 128 protected slots:
 129   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 130   void updateAnalysis();
 131   //! update the view of conserved windows
 132   void updateLinks();
 133   //! update annotations?
 134   void updateAnnotations();
 135 };
 136
 137 #endif