qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5
   6 #include <QMainWindow>
   7 #include <QPixmap>
   8 #include <QSpinBox>
   9 #include <QToolBar>
  10
  11 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  13 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  14
  15 class QAction;
  16 class QLabel;
  17 class Mussa;
  18
  19 class MussaWindow : public QMainWindow
  20 {
  21   Q_OBJECT
  22
  23 public:
  24   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  25
  26 public slots:
  27   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  28   void about();
  29
  30   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  31   //\@{
  32   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  33   void createNewAnalysis();
  34   //! launch a sub analysis
  35   void createSubAnalysis();
  36   //\@}
  37
  38   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  39   //\@{
  40   //! load motifs
  41   void loadMotifList();
  42   void saveMotifList();
  43   void toggleMotifs();
  44   //\@}
  45
  46   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  47   void loadMupa();
  48   //! load a previously run analysis
  49   void loadSavedAnalysis();
  50   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  51   void setSoftThreshold(int thres);
  52
  53   void showMussaToolbar();
  54
  55   //! open new window showing our alignment
  56   void viewMussaAlignment();
  57
  58 protected:
  59   Mussa *analysis;
  60   std::list<MussaAlignedWindow *> aligned_windows;
  61
  62   // display our wonderful mussa output
  63   SequenceBrowserWidget browser;
  64   QToolBar mussaViewTB;
  65   QSpinBox zoomBox;
  66   ThresholdWidget threshold;
  67   QLabel zoomLabel;
  68
  69   QAction *aboutAction;
  70   QAction *closeAction;
  71   QAction *createNewAnalysisAction;
  72   QAction *createSubAnalysisAction;
  73   QAction *loadMotifListAction;
  74   QAction *loadMupaAction;
  75   QAction *loadSavedAnalysisAction;
  76   QAction *saveMotifListAction;
  77   QAction *showMussaViewToolbarAction;
  78   QAction *toggleMotifsAction;
  79   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  80   QAction *whatsThisAction;
  81   QAction *viewMussaAlignmentAction;
  82
  83   //! initialze the actions
  84   void setupActions();
  85   //! initialize this windows menu object
  86   void setupMainMenu();
  87   //! stub function to fill in QActions
  88   void NotImplementedBox();
  89   //! update the SequenceBrowser with our analysis
  90   void updateAnalysis();
  91   //! update the view of conserved windows
  92   void updateLinks();
  93 };
  94
  95 #endif