qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QMainWindow>
   8 #include <QPixmap>
   9 #include <QProgressDialog>
  10 #include <QSpinBox>
  11 #include <QToolBar>
  12
  13 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  14 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  15 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  16 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  17 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  18 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  19
  20
  21 class QAction;
  22 class QLabel;
  23 class QStringList;
  24 class Mussa;
  25 class QAssistantClient;
  26
  27 class MussaWindow : public QMainWindow
  28 {
  29   Q_OBJECT
  30
  31 public:
  32   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  33   ~MussaWindow();
  34
  35   //! reset any attached window
  36   void clear();
  37
  38   //! switch to a new analysis
  39   void setAnalysis(Mussa *new_analysis);
  40 public slots:
  41   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  42   void about();
  43
  44   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  45   //\@{
  46   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  47   void createNewAnalysis();
  48   //! launch a sub analysis
  49   void createSubAnalysis();
  50   //\@}
  51
  52   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  53   //\@{
  54   //! load motifs
  55   void editMotifs();
  56   void loadMotifList();
  57   void saveMotifList();
  58   void toggleMotifs();
  59   //\@}
  60
  61   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  62   void loadMupa();
  63   //! load a previously run analysis
  64   void loadSavedAnalysis();
  65   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  66   void setSoftThreshold(int thres);
  67   //! update progress bar
  68   void updateProgress(const std::string& description, int cur, int max);
  69
  70   //! open a new mussa window so one can compare analyses
  71   void newMussaWindow();
  72
  73   void showMussaToolbar();
  74
  75   //! open new window showing our alignment
  76   void viewMussaAlignment();
  77
  78   //! display mussagl manual
  79   void showManual();
  80
  81   void assistantError(const QString message);
  82
  83 signals:
  84   void changedAnnotations();
  85
  86 protected:
  87   Mussa *analysis;
  88   std::list<boost::shared_ptr<MussaAlignedWindow> > aligned_windows;
  89   MotifEditor *motif_editor;
  90   MussaSetupDialog setup_analysis_dialog;
  91
  92   // display our wonderful mussa output
  93   SequenceBrowserWidget browser;
  94   QToolBar mussaViewTB;
  95   ZoomWidget zoom;
  96   ThresholdWidget threshold;
  97   QProgressDialog *progress_dialog;
  98
  99   QAction *aboutAction;
 100   QAction *closeAction;
 101   QAction *createNewAnalysisAction;
 102   QAction *createSubAnalysisAction;
 103   QAction *editMotifsAction;
 104   QAction *loadMotifListAction;
 105   QAction *loadMupaAction;
 106   QAction *loadSavedAnalysisAction;
 107   QAction *mussaManualAssistantAction;
 108   QAction *newMussaWindowAction;
 109   QAction *saveMotifListAction;
 110   QAction *showMussaViewToolbarAction;
 111   QAction *toggleMotifsAction;
 112   QAction *saveBrowserPixmapAction;
 113   QAction *whatsThisAction;
 114   QAction *viewMussaAlignmentAction;
 115
 116   QAssistantClient *manualAssistant;
 117
 118   //! initialze the actions
 119   void setupActions();
 120   //! initialize this windows menu object
 121   void setupMainMenu();
 122   //! initialize assistant client
 123   void setupAssistant();
 124   //! stub function to fill in QActions
 125   void NotImplementedBox();
 126
 127 protected slots:
 128   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 129   void updateAnalysis();
 130   //! update the view of conserved windows
 131   void updateLinks();
 132   //! update annotations?
 133   void updateAnnotations();
 134 };
 135
 136 #endif