qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5
   6 #include <QMainWindow>
   7 #include <QPixmap>
   8 #include <QSpinBox>
   9 #include <QToolBar>
  10
  11 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  12 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  13 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  14 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  15 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  16 #include "qui/ZoomWidget.hpp"
  17
  18
  19 class QAction;
  20 class QLabel;
  21 class Mussa;
  22
  23 class MussaWindow : public QMainWindow
  24 {
  25   Q_OBJECT
  26
  27 public:
  28   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  29
  30   //! switch to a new analysis
  31   void setAnalysis(Mussa *new_analysis);
  32 public slots:
  33   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  34   void about();
  35
  36   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  37   //\@{
  38   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  39   void createNewAnalysis();
  40   //! launch a sub analysis
  41   void createSubAnalysis();
  42   //\@}
  43
  44   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  45   //\@{
  46   //! load motifs
  47   void editMotifs();
  48   void loadMotifList();
  49   void saveMotifList();
  50   void toggleMotifs();
  51   //\@}
  52
  53   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  54   void loadMupa();
  55   //! load a previously run analysis
  56   void loadSavedAnalysis();
  57   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  58   void setSoftThreshold(int thres);
  59
  60   void showMussaToolbar();
  61
  62   //! open new window showing our alignment
  63   void viewMussaAlignment();
  64
  65 signals:
  66   void changedAnnotations();
  67
  68 protected:
  69   Mussa *analysis;
  70   std::list<MussaAlignedWindow *> aligned_windows;
  71   MotifEditor *motif_editor;
  72   MussaSetupDialog setup_analysis_dialog;
  73
  74   // display our wonderful mussa output
  75   SequenceBrowserWidget browser;
  76   QToolBar mussaViewTB;
  77   ZoomWidget zoom;
  78   ThresholdWidget threshold;
  79
  80   QAction *aboutAction;
  81   QAction *closeAction;
  82   QAction *createNewAnalysisAction;
  83   QAction *createSubAnalysisAction;
  84   QAction *editMotifsAction;
  85   QAction *loadMotifListAction;
  86   QAction *loadMupaAction;
  87   QAction *loadSavedAnalysisAction;
  88   QAction *saveMotifListAction;
  89   QAction *showMussaViewToolbarAction;
  90   QAction *toggleMotifsAction;
  91   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  92   QAction *whatsThisAction;
  93   QAction *viewMussaAlignmentAction;
  94
  95   //! initialze the actions
  96   void setupActions();
  97   //! initialize this windows menu object
  98   void setupMainMenu();
  99   //! stub function to fill in QActions
 100   void NotImplementedBox();
 101
 102 protected slots:
 103   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 104   void updateAnalysis();
 105   //! update the view of conserved windows
 106   void updateLinks();
 107   //! update annotations?
 108   void updateAnnotations();
 109 };
 110
 111 #endif