qui/motif_editor/MotifElement.cpp

   1 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
   2 #include "alg/alphabet.hpp"
   3
   4 #include <iostream>
   5
   6 MotifElement::MotifElement() :
   7   enabled(true),
   8   color(Color(1.0,0.0,0.0,1.0)),
   9   motif(Sequence::nucleic_alphabet)
  10 {
  11 }
  12
  13 MotifElement::MotifElement(const Sequence& seq, Color c) :
  14   enabled(true),
  15   color(c),
  16   motif(seq)
  17 {
  18 }
  19
  20 bool MotifElement::isEmpty() const
  21 {
  22   if (motif.get_name().size() == 0 and motif.size() == 0) {
  23     return true;
  24   }
  25   return false;
  26 }
  27 //! should we search the analysis for this element?
  28 bool MotifElement::isEnabled() const
  29 {
  30   return enabled;
  31 }
  32
  33 //! set the state for searching the analysis for this element?
  34 void MotifElement::setEnabled(bool enabled_)
  35 {
  36   enabled = enabled_;
  37 }
  38
  39 //! return color should this motif be drawn as
  40 Color MotifElement::getColor() const
  41 {
  42   return color;
  43 }
  44
  45 //! set what color this motif should be drawn as
  46 void MotifElement::setColor(const Color& c)
  47 {
  48   color = c;
  49 }
  50
  51 //! return color should this motif be drawn as
  52 QColor MotifElement::getQColor() const
  53 {
  54   QColor qcolor;
  55   qcolor.setRgbF(color.r(), color.g(), color.b(), color.a());
  56   return qcolor;
  57 }
  58
  59 //! set what color this motif should be drawn as
  60 void MotifElement::setQColor(const QColor& c)
  61 {
  62   color = Color(c.redF(), c.greenF(), c.blueF(), c.alphaF());
  63 }
  64
  65 //! return sequence
  66 const Sequence& MotifElement::getSequence() const
  67 {
  68   return motif;
  69 }
  70
  71 //! set sequence
  72 void MotifElement::setSequence(const Sequence& seq)
  73 {
  74   motif = seq;
  75 }
  76
  77 //! set sequence text
  78 void MotifElement::setSequence(const std::string& seq_text)
  79 {
  80   motif.set_sequence(seq_text, Sequence::nucleic_alphabet);
  81 }
  82
  83 QString MotifElement::getSequenceText() const
  84 {
  85   return QString(motif.get_sequence().c_str());
  86 }
  87
  88 //! get sequence name
  89 std::string MotifElement::getName() const
  90 {
  91   return motif.get_name();
  92 }
  93
  94 //! set sequence name
  95 void MotifElement::setName(const std::string& seq_name)
  96 {
  97   motif.set_fasta_header(seq_name);
  98 }