qui/motif_editor/MotifElement.cpp

   1 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
   2
   3 #include <iostream>
   4
   5 MotifElement::MotifElement() :
   6   enabled(true),
   7   color(Color(1.0,0.0,0.0,1.0)),
   8   motif()
   9 {
  10 }
  11
  12 MotifElement::MotifElement(const Sequence& seq, Color c) :
  13   enabled(true),
  14   color(c),
  15   motif(seq)
  16 {
  17 }
  18
  19 bool MotifElement::isEmpty() const
  20 {
  21   if (motif.get_name().size() == 0 and motif.size() == 0) {
  22     return true;
  23   }
  24   return false;
  25 }
  26 //! should we search the analysis for this element?
  27 bool MotifElement::isEnabled() const
  28 {
  29   return enabled;
  30 }
  31
  32 //! set the state for searching the analysis for this element?
  33 void MotifElement::setEnabled(bool enabled_)
  34 {
  35   enabled = enabled_;
  36 }
  37
  38 //! return color should this motif be drawn as
  39 Color MotifElement::getColor() const
  40 {
  41   return color;
  42 }
  43
  44 //! set what color this motif should be drawn as
  45 void MotifElement::setColor(const Color& c)
  46 {
  47   color = c;
  48 }
  49
  50 //! return color should this motif be drawn as
  51 QColor MotifElement::getQColor() const
  52 {
  53   QColor qcolor;
  54   qcolor.setRgbF(color.r(), color.g(), color.b(), color.a());
  55   return qcolor;
  56 }
  57
  58 //! set what color this motif should be drawn as
  59 void MotifElement::setQColor(const QColor& c)
  60 {
  61   color = Color(c.redF(), c.greenF(), c.blueF(), c.alphaF());
  62 }
  63
  64 //! return sequence
  65 const Sequence& MotifElement::getSequence() const
  66 {
  67   return motif;
  68 }
  69
  70 //! set sequence
  71 void MotifElement::setSequence(const Sequence& seq)
  72 {
  73   motif = seq;
  74 }
  75
  76 //! set sequence text
  77 void MotifElement::setSequence(const std::string& seq_text)
  78 {
  79   motif.set_sequence(seq_text);
  80 }
  81
  82 QString MotifElement::getSequenceText() const
  83 {
  84   return QString(motif.get_sequence().c_str());
  85 }
  86
  87 //! get sequence name
  88 std::string MotifElement::getName() const
  89 {
  90   return motif.get_name();
  91 }
  92
  93 //! set sequence name
  94 void MotifElement::setName(const std::string& seq_name)
  95 {
  96   motif.set_fasta_header(seq_name);
  97 }